Datos Identificativos 2012/13
Asignatura (*) Xenómica Código 610441014
Titulación
Mestrado Universitario en Bioloxía Molecular , Celular e Xenética
Descriptores Ciclo Período Curso Tipo Créditos
Mestrado Oficial 2º cuadrimestre
 Primeiro Optativa 3
Idioma
Castelán
Galego
Inglés
Prerrequisitos
Departamento Bioloxía Celular e Molecular
Coordinación
Becerra Fernandez, Manuel
 Correo electrónico
manuel.becerra@udc.es
Profesorado
Becerra Fernandez, Manuel
 Correo electrónico
manuel.becerra@udc.es
Web
Descrición xeral Se denomina genómica al conjunto de ciencias y técnicas dedicadas al estudio integral del funcionamiento, la evolución y el origen de los genomas. La genómica usa conocimientos derivados de distintas ciencias como son: genética, biología molecular, bioquímica, informática, estadística, matemáticas, física, etc.
A diferencia de la genética clásica que a partir de un fenotipo, generalmente mutante, busca el o los genes responsables de dicho fenotipo, la genómica tiene como objetivo predecir la función de los genes a partir de su secuencia o de sus interacciones con otros genes.
Las ciencias genómicas han tenido un importante auge en los últimos años, sobre todo gracias a las tecnologías avanzadas de secuenciación de ADN, a los avances en bioinformática y a las técnicas cada vez más sofisticadas para realizar análisis de genomas completos.

Competencias do título
Código Competencias da titulación

Resultados de aprendizaxe
Competencias de materia (Resultados de aprendizaxe) Competencias da titulación
Utilizar herramientas moleculares para el conocimiento del genoma de diversos organismos AI1
AI11
 BI1
BI2
BI3
BI4
BI5
BI6
BI7
BI8
BI9
 CM1
CM2
CM3
CM4
CM5
CM6
CM7
CM8
Comprender el estado actual del conocimiento en el campo de la genómica estructural, funcional y evolutiva AI1
AI11
 BI1
BI2
BI3
BI4
BI5
BI6
BI7
BI8
BI9
 CM1
CM2
CM3
CM4
CM5
CM6
CM7
CM8
Comprender los mecanismos de evolución de los genomas y de las herramientas moleculares y bioinformáticas para su estudio AI1
AI3
AI11
 BI1
BI2
BI3
BI4
BI5
BI6
BI7
BI8
BI9
 CM1
CM2
CM3
CM4
CM5
CM6
CM7
CM8
Diseñar, interpretar y analizar experimentos y datos de microarrays de ADN AI1
AI3
AI11
 BI1
BI2
BI3
 CM3

Contidos
Temas Subtemas
Organización general de genomas y escala evolutiva: Genomas de RNA y de DNA. Características de la estructura de los genomas procariotas vs eucariotas. Genes procariotas vs eucariotas. Tamaño de los genomas. Significado evolutivo del Valor C. Familias génicas. DNA repetido. Genomas de organismos modelo. Genomas mitocondrial y cloroplástico. Genómica evolutiva.
Técnicas: Estrategias de secuenciación. Análisis de ligamento. Mapas físicos de alta y baja resolución. Ensamblaje de secuencias. Métodos de predicción de genes. Estrategias de interrupción génica y caracterización fenotípica. Microarrays de ADN: metodología, tipos de plataformas, diseño experimental, análisis de datos.
Aplicaciones Bioinformáticas: Herramientas para la comparación de genomas. Análisis de expresión génica y microarrays. Programas de clustering y análisis de correspondencia.

Planificación
Metodoloxías / probas Horas presenciais Horas non presenciais / traballo autónomo Horas totais
Sesión maxistral 7 18.62 25.62
Prácticas de laboratorio 10 20 30
Prácticas a través de TIC 5 10 15
Proba obxectiva 2 0 2
 
Atención personalizada 2.38 0 2.38
 
*Os datos que aparecen na táboa de planificación son de carácter orientativo, considerando a heteroxeneidade do alumnado

Metodoloxías
Metodoloxías Descrición
Sesión maxistral Exposición oral complementada con el uso de medios audiovisuales con la finalidad de transmitir conocimientos y facilitar el aprendizaje.
Prácticas de laboratorio Metodología que permite al alumnado aprender de forma efectiva, a través de actividades de carácter práctico (demostraciones, simulaciones, etc.) la teoría de un ámbito de conocimiento, mediante la utilización de las tecnologías de la información y las comunicaciones.
Prácticas a través de TIC Las TIC suponen un excelente soporte y canal para el tratamiento de la información y la aplicación práctica de conocimientos, facilitando el aprendizaje y el desarrollo de habilidades por parte del alumnado.
Proba obxectiva Prueba escrita utilizada para la evaluación del aprendizaje.
La prueba objetiva puede combinar distintos tipos de preguntas.

Atención personalizada
Metodoloxías
Prácticas de laboratorio
Prácticas a través de TIC
Descrición
La atención personalizada que se describe en relación a estas metodologías se conciben como momentos de trabajo presencial del alumno con el profesor por lo que implican una participación obligatoria para el alumno.
La forma y el momento en que se desarrollará se indicará en relación a cada actividad a lo largo del curso según el plan de trabajo de la asignatura

Avaliación
Metodoloxías Descrición Cualificación
Sesión maxistral Se valorará la asistencia y la participación activa a las sesiones magistrales. 20
Prácticas de laboratorio Se evaluará la asistencia regular y la participación activa a las prácticas de laboratorio. 20
Prácticas a través de TIC Se valorará la asistencia y la participación activa durante las sesiones de prácticas a través de TIC. 20
Proba obxectiva Se realizará una prueba objetiva para evaluar los conocimientos adquiridos durante la realización de las clases magistrales así como las prácticas a través de TIC y de laboratorio. 40
 
Observacións avaliación
Podrán optar a MH aquellos alumnos que se evalúen en la primera oportunidad de Junio.

Fontes de información
Bibliografía básica McLachlan, G. J., Do, K-A., Ambroise, C (2004). Analyzing Microarray Gene Expression Data. Wiley-Interscience. John Wiley & Sons
Bowtell, D., Sambrook, J. (2003). DNA Microarrays. Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Allison, David B., et al (2006). DNA microarrays and related genomics techniques design, analysis, and interpretation of experiments. Chapman & Hall/CRC
E. Rinaldis, A. Lahm. (2007). DNA microarrays: current applications. Wymondham: Horizon Bioscience
Mushegian, Arcady R. (2007). Foundations of comparative genomics. Academic Press
Hunt. S. P., Livesey, R. (2001). Functional genomics. A practical approach. Oxford University Press
Brown, Terry A. (2008). Genomas. Médica Panamericana
Sussman, Hillary E. y Smit, María (2006). Genomes. Cold Spring Harbor Laboratory Press
Meyers, Robert A. (2007). Genomics and genetics : from molecular details to analysis and techniques. Wiley-VCH
Gregory, T. Ryan (2005). The evolution of the genome. Elsevier Academic Press
Lynch, Michael (2007). The origins of genome architecture. Sinauer Associates

Bibliografía complementaria Straalen, Nico M. van (2006). An introduction to ecological genomics. Oxford University Press
Zhanjiang, Liu (2007). Aquaculture genome techonologies. Blackwell
Futuyama, Douglas J. (2006). Evolution. Sinauer Associates
Dale Jeremy (2008). From genes to genomes: concepst and applications of DNA technology. John Wiley & Sons
Sensen, Christoph W. (2005). Handbook of genome research genomics, proteomics, metabolism, bioinformatics, ethical & legal issues . Wiley-VCH

RECURSOS EN INTERNET:


Biological database compilation at NAR:
http://nar.oupjournals.org/content/vol29/issue1

DOE Joint Genome Institut. Why sequence them?
http://www.jgi.doe.gov/sequencing/why/index.html

EMBL (European Molecular BIology Laboratory), Bioinformatics.
http://www-db.embl.de/jss/servlet/de.embl.bk.emblGroups.EmblGroupsOrg/serv_0?t=0

ExPASy (Expert Protein Analysis System).
http://us.expasy.org/

GeneMark:
http://opal.biology.gatech.edu/GeneMark/

GenomeNet (Kyoto University Bioinformatics Center).
http://www.genome.jp/

Genoscope. Le séquençage des génomes.
http://www.genoscope.cns.fr/externe/Francais/Sequencage/

GOLD (Genomes Online Database).
http://www.genomesonline.org/

Human genome: advanced annotation tutorial.

http://www.mad-cow.org/00/annotation_tutorial.html

Human Genome Project Information.

http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/home.shtml

Iañez Pareja, E. (1997). Introducción a los Proyectos Genoma.
http://www.ugr.es/~eianez/Biotecnologia/genoma-2.html

KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes).
http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html

Nacional Human Genome Research Institute:
http://www.genome.gov/

NCBI (National Center for Biotechnology Information).
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

The Sanger Institute.
http://www.sanger.ac.uk/

TIGR (The Institute for Genomic Research).
http://www.tigr.org/

tRNAscan-SE 1.21.
http://www.genetics.wustl.edu/eddy/tRNAscan-SE/

The WWW Virtual Library: Model Organisms:
http://www.ceolas.org/VL/mo/

ALGUNAS BASES DE DATOS DE MICROARRAYS DE ADN

ArrayExpress

http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/

ChipDB

http://staffa.wi.mit.edu/chipdb/public/

ExpressDB

http://twod.med.harvard.edu/ExpressDB/

Gene Expression Omnibus (GEO)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

READ (RIKEN cDNA Expression Array Database)

http://read.gsc.riken.go.jp/

Saccharomyces Genome Database (SGD)

http://genome-www4.Stanford.EDU/cgi-bin/SGD/expression/expressionConnection.pl

Standford Microarray Database ( SMD)

http://genome-www5.stanford.edu/

The Yale Microarray Database

http://www.med.yale.edu/microarray/

yeast Microarray Global Viewer (yMGV)

http://www.transcriptome.ens.fr/ymgv/


Recomendacións
Materias que se recomenda ter cursado previamente
Traballo de Máster/610441022

Materias que se recomenda cursar simultaneamente
Proteómica/610441013
Cromosomas: Estructura. Función e Evolución/610441015
Xenética Humana/610441016
Toxicología Xenética/610441017

Materias que continúan o temario
Técnicas Celulares/610441001
Técnicas Moleculares/610441002
Mecanismos de xeración da variación xenética/610441005
Regulación da expresión xénica/610441006
Bioinformática e Modelado de Biomoléculas/610441020

Observacións


(*)A Guía docente é o documento onde se visualiza a proposta académica da UDC. Este documento é público e non se pode modificar, salvo casos excepcionais baixo a revisión do órgano competente dacordo coa normativa vixente que establece o proceso de elaboración de guías