Datos Identificativos 2014/15
Asignatura (*) Métodos e Técnicas de Estudo en Xenética Código 610212501
Titulación
Licenciado en Bioloxía
Descriptores Ciclo Período Curso Tipo Créditos
1º e 2º Ciclo 1º cuadrimestre
 Quinto Troncal 5.5
Idioma
Castelán
Galego
Prerrequisitos
Departamento Bioloxía Celular e Molecular
Coordinación
Martinez Lage, Andres
 Correo electrónico
andres.martinez@udc.es
Profesorado
Martinez Lage, Andres
 Correo electrónico
andres.martinez@udc.es
Web http://cie48.udc.es
Descrición xeral Nesta materias se abordarán diferentes aspectos da análise xenético e evolutivo mediante a realización e emprego de diferntes ferramentas moleculares e virtuales.

Competencias do título
Código Competencias da titulación

Resultados de aprendizaxe
Competencias de materia (Resultados de aprendizaxe) Competencias da titulación
Elección de las técnicas y métodos más apropiados para abordar el estudio de un determinado problema genético.
Aplicar técnicas e instrumental para el análisis de problemas genéticos
Se fomentará la adsquisición de las siguientes competencias

Contidos
Temas Subtemas
Análisis genético Tema 1.- Genética práctica de Drosophila.
Unidades de contenido: Drosophila como organismo modelo. El genoma de Drosophila melanogaster. Citogenética. Notación convencional de mutaciones. Identificación de mutaciones visibles. Inserción mediada por elemento P.
Actividad 1: Práctica en laboratorio real.
Actividad 2: Proyección del vídeo “Drosophila as a model organism”.
Actividad 3: Cuestionario.
Recursos: Material biológico y equipo de laboratorio, vídeo educativo.
Evaluación: Examen teórico y práctico.

Tema 2.- Determinación de la base genética de un carácter.
Unidades de contenido: Genotipo y fenotipo. Variación. Dominancia y recesividad. Los cruzamientos como herramienta de análisis genético. La selección como causa de pérdida de variación genética. “Fitness” biológica. Adaptación en ambientes extremos.
Actividad 1: Clase teórica.
Actividad 2: Proyección del vídeo “Ratas y super-ratas, hierbas y super-hierbas”.
Actividad 3: Cuestionario.
Actividad 4: Práctica en laboratorio virtual.
Recursos: Biblioteca, web, vídeo educativo.
Evaluación: Presentación escrita y oral. Examen teórico.

Tema 3: Southern, Northern y Western.
Unidades de contenido: Descripción de las técnicas. Aplicaciones. Problemas más frecuentes en el laboratorio.
Actividad 1: Práctica en laboratorio virtual.
Recursos: Biblioteca, web.
Evaluación: Presentación escrita y oral. Examen teórico.

Tema 4: Reacción en cadena de la polimerasa (PCR).
Unidades de contenido: Descripción de la PCR. Aplicaciones. Diseño de oligonucleótidos. Problemas más frecuentes en el laboratorio.
Actividad 1: Práctica en laboratorio real.
Actividad 2: Práctica en laboratorio virtual.
Actividad 3: Práctica en aula de informática.
Recursos: Biblioteca, web, material y equipos de laboratorio.
Evaluación: Presentación escrita y oral. Examen teórico.

Tema 5: Hibridación “in-situ”.
Unidades de contenido: Descripción de las técnicas. Aplicaciones. Problemas más frecuentes en el laboratorio.
Actividad 1: Práctica en laboratorio virtual.
Recursos: Biblioteca, web.
Evaluación: Presentación escrita y oral. Examen teórico.

Tema 6.- Minado de datos a través de la red.
Unidades de contenido: Las herramientas de la plataforma “Entrez”. Proyectos Genoma. Bases de datos de promotores y genes.
Actividad 1: Prácticas en aula de informática.
Recursos: Biblioteca, web.
Evaluación: Examen práctico.

Tema 7: “Microarrays” de DNA.
Unidades de contenido: Descripción de las técnicas. Aplicaciones. Problemas más frecuentes en el laboratorio.
Actividad 1: Práctica en laboratorio virtual.
Recursos: Biblioteca, web.
Evaluación: Presentación escrita y oral. Examen teórico.

Tema 8: Marcadores moleculares.
Unidades de contenido: Clases de marcadores. Aplicaciones. Problemas más frecuentes en el laboratorio.
Actividad 1: Práctica en laboratorio virtual.
Recursos: Biblioteca, web.
Evaluación: Presentación escrita y oral. Examen teórico.

Tema 9.- Análisis genético de enfermedades humanas.
Unidades de contenido: Cartografía genética. Análisis de ligamiento. Genealogías. Algunas casos ejemplares.
Actividad 1: Práctica en laboratorio virtual.
Recursos: Biblioteca, web.
Evaluación: Presentación escrita y oral. Examen teórico.
Análisis de la variación genética Tema 1.- Diversidad biológica.
Unidades de contenido: Evolución fenotípica. Evolución molecular. Selección natural. Deriva genética.
Actividad 1: Clase teórica.
Actividad 2: Proyección del vídeo “Patrones de diversidad”.
Actividad 3: Proyección del vídeo “Patrones de evolución”.
Actividad 4: Cuestionario
Recursos: Biblioteca, web, vídeo educativo.
Evaluación: Examen teórico.

Tema 2.- Un caso práctico: variación natural en la capacidad cianogénica de Trifolium repens.
Unidades de contenido: Características generales del trébol blanco (Trifolium repens). Bioquímica de la cianogénesis. Variación genética asociada a la cianogénesis. Ensayo experimental para el genotipado de las muestras.
Actividad 1: Práctica en laboratorio real.
Recursos: Material biológico y equipo de laboratorio.
Evaluación: Examen tórico y práctico.

Tema 3.- Análisis del polimorfismo y la divergencia nucleotídica.
Unidades de contenido: Modelos de evolución del DNA. Medidas del grado de polimorfismo. Medidas del grado de divergencia. Diferencias sinónimas, no-sinónimas y silenciosas. Sesgo en el uso de codones.
Actividad 1: Clase teórica.
Actividad 2: Práctica en aula de informática.
Actividad 3: Cuestionario.
Recursos: Biblioteca, web, programas informáticos.
Evaluación: Examen teórico y práctico.

Tema 4: Análisis filogenético.
Unidades de contenido: Formatos de archivos de secuencias moleculares. Alineamiento de secuencias. Métodos de reconstrucción filogenética. Arboles filogenéticos.
Actividad 1: Clase teórica.
Actividad 2: Clase práctica en aula de informática.
Actividad 3: Cuestionario.
Recursos: Biblioteca, web, programas informáticos.
Evaluación: Examen teórico y práctico.

Alteraciones del genoma o de la expresión de los genes. Tema 1.- La mutación como causa última de la variación genética.
Unidades de contenido: Concepto de mutación. Mutación directa y reversa. Alelos silvestres y mutantes. Tratamiento de la mutación en Genética de Poblaciones. Transiciones y transversiones. Indels. Los elementos transponibles como agentes mutagénicos.
Actividad 1: Clase teórica.
Actividad 2: Proyección del vídeo “Genes que saltan”.
Actividad 3: Cuestionario.
Recursos: Biblioteca. Web. Vídeo educativo.
Evaluación: Examen teórico.

Tema 2: Métodos de mutagénesis.
Unidades de contenido: Descripción de las técnicas. Aplicaciones. Problemas más frecuentes en el laboratorio.
Actividad 1: Práctica en laboratorio virtual.
Recursos: Biblioteca, web.
Evaluación: Presentación escrita y oral. Examen teórico.

Tema 3: Clonación celular de DNA.
Unidades de contenido: Descripción de las técnicas. Aplicaciones. Problemas más frecuentes en el laboratorio.
Actividad 1: Práctica en laboratorio virtual.
Recursos: Biblioteca, web.
Evaluación: Presentación escrita y oral. Examen teórico.

Tema 4: Clonación de organismos mediante transferencia nuclear.
Unidades de contenido: Descripción de las técnicas. Aplicaciones. Problemas más frecuentes en el laboratorio.
Actividad 1: Práctica en laboratorio virtual.
Recursos: Biblioteca, web.
Evaluación: Presentación escrita y oral. Examen teórico.

Tema 5: Mutagénesis y “fitness” en fagos.
Unidades de contenido: Cultivo de bacterias y bacteriófagos. Uso del transiluminador como fuente controlada de radiaciones UV. Mutagénesis y reparación. Fotorreactivación. Efectos de las mutaciones sobre la “fitness”. Medida de la “fitness” de un bacteriófago.
Actividad 1: Práctica en laboratorio real
Recursos: Material biológico y equipo de laboratorio.
Evaluación: Examen teórico y práctico.

Tema 6: Silenciamiento de genes.
Unidades de contenido: Descripción de las técnicas. Aplicaciones. Problemas más frecuentes en el laboratorio.
Actividad 1: Práctica en laboratorio virtual.
Recursos: Biblioteca, web.
Evaluación: Presentación escrita y oral. Examen teórico.

Tema 7: Terapia génica.
Unidades de contenido: Descripción de las técnicas. Aplicaciones. Problemas más frecuentes en el laboratorio.
Actividad 1: Práctica en laboratorio virtual.
Recursos: Biblioteca, web.
Evaluación: Presentación escrita y oral. Examen teórico.

Tema 8.- Mosaicos genéticos.
Unidades de contenido: Descripción de las técnicas. Aplicaciones. Problemas más frecuentes en el laboratorio.
Actividad 1: Práctica en laboratorio virtual.
Recursos: Biblioteca, web.
Evaluación: Presentación escrita y oral. Examen teórico.

Tema 9.- Transformación de embriones y rescate de fenotipos mutantes.
Unidades de contenido: Descripción de las técnicas. Aplicaciones. Problemas más frecuentes en el laboratorio.
Actividad 1: Práctica en laboratorio virtual.
Recursos: Biblioteca, web.
Evaluación: Presentación escrita y oral. Examen teórico.

Planificación
Metodoloxías / probas Horas presenciais Horas non presenciais / traballo autónomo Horas totais
Proba obxectiva 3.5 129.5 133
 
Atención personalizada 4.5 0 4.5
 
*Os datos que aparecen na táboa de planificación son de carácter orientativo, considerando a heteroxeneidade do alumnado

Metodoloxías
Metodoloxías Descrición
Proba obxectiva (profesor) Prepara examen y califica las respuestas al examen
(alumno) Reflexiona, efectúa cálculos, responde a los cuestionarios y problemas, entrega su examen

Atención personalizada
Metodoloxías
Descrición
Cuatro reuniones cortas (15') con cada alumno distribuidas a lo largo del curso (1 h en total), para orientarle en el seguimiento de la asignatura.

Avaliación
Metodoloxías Descrición Cualificación
Proba obxectiva Examen preguntas test y/o respuesta breve 100
 
Observacións avaliación

En esta materia no hay docencia. Todas las consultas que desee hacer el alumnado con respecto a la misma se realizarán al profesor Andrés Martínez

Fontes de información
Bibliografía básica

Bibliografía complementaria:


Griffiths, A. R. F., Miller, J. H., Suzuki, D. T., Lewontin, R. C., & Gelbart, W. M. 2008. Genética. McGraw-Hill.

Bethesda (MD). 2010. Coffee Break. Es una colección de informes cortos sobre recientes descubrimientos biológicos. Cada informe incorpora tutoriales interactivos que muestran cómo se usan las herramientas bioinformáticas en la investigación científica. Accesible “on line” a través del enlace a “books” del servidor del NCBI (http://www.ncbi.nih.gov/entrez/).

Bethesda (MD). 2010. Genes and disease. Colección de artículos que se va incrementando continuamente. Accesible “on line” a través del enlace a “books” del servidor del NCBI (http://www.ncbi.nih.gov/entrez/).

Bergman, N. H. (ed). 2007. Comparative Genomics. Humana Press (http://www.ncbi.nih.govhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?book=comgen/entrez/).

Brown, T. A. 2002. Genomes. Oxford University Press. Accesible “on line” a través del enlace a “books” del servidor del NCBI

Greenspan, R. J. 1997. Fly pushing. Cold Spring Harbor Laboratory Press.

Koonin, E. V., & Galperin, M. Y. 2003. Sequence – Evolution – Function. Comparative Approaches in Comparative Genomics. Norwell. Accesible “on line” a través del enlace a “books” del servidor del NCBI (http://www.ncbi.nih.gov/entrez/).

Strachan, R., & Read, A. P. 2004. Human Molecular Genetics 2. Oxford University Press. Accesible “on line” a través del enlace a “books” del servidor del NCBI (http://www.ncbi.nih.gov/entrez/).

Recursos web:

Se pretende que buena parte del trabajo de esta materia pueda llevarse a cabo como si se tratase de un curso a distancia. Para ello, todos los contenidos relacionados con las prácticas de bioinformática (guiones, programas y archivos de apoyo) y los cuestionarios de teoría se hallan accesibles a través de un servidor web personal (http://cie48.udc.es). Este mismo servidor permite gestionar la reserva de horas de tutoría y las consultas de los alumnos por correo electrónico.

Otros materiales de apoyo:

Audiovisuales: Parte de los contenidos teóricos del curso se transmiten mediante vídeos científicos comerciales.
Bibliografía complementaria


Recomendacións
Materias que se recomenda ter cursado previamente
Xenética Evolutiva/610212621
Xenética Humana/610212622

Materias que se recomenda cursar simultaneamente

Materias que continúan o temario
Bioestatística/610212201
Xenética/610212303
Análise Bioestatística/610212304

Observacións


(*)A Guía docente é o documento onde se visualiza a proposta académica da UDC. Este documento é público e non se pode modificar, salvo casos excepcionais baixo a revisión do órgano competente dacordo coa normativa vixente que establece o proceso de elaboración de guías