Datos Identificativos 2014/15
Asignatura (*) Bioinformática Código 610475104
Titulación
Mestrado Universitario en Biotecnoloxía Avanzada
Descriptores Ciclo Período Curso Tipo Créditos
Mestrado Oficial 1º cuadrimestre
 Primeiro Obrigatoria 3
Idioma
Castelán
Galego
Inglés
Prerrequisitos
Departamento Bioloxía Celular e Molecular
Tecnoloxías da Información e as Comunicacións
Coordinación
Dorado de la Calle, Julian
 Correo electrónico
julian.dorado@udc.es
Profesorado
Becerra Fernandez, Manuel
Dorado de la Calle, Julian
Rodriguez Torres, Ana Maria
 Correo electrónico
manuel.becerra@udc.es
julian.dorado@udc.es
ana.rodriguez.torres@udc.es
Web http://webs.uvigo.es/masterbiotecnoloxiaavanzada/
Descrición xeral EN LA DOCENCIA DE LA MATERIA PARTICIPA TAMBIÉN EL SIGUIENTE PROFESOR DE LA UVIGO:
Carlos Alberto Canchaya Sánchez (e-mail: canchaya@uvigo.es)

La realización de experimentos en biología genera cada vez un mayor número de datos. La gestión y análisis de estos datos sería ya imposible sin la utilización de herramientas informáticas dentro de la disciplina de la bioinformática.
En la bioinformática se mezclan conocimientos y técnicas de la informática y las matemáticas aplicadas a las ciencias de la vida, en especial la biología.
Dentro de la bioinformática se estudia la codificación de datos y su almacenamiento en bases de datos. La disponibilidad y el acceso a bases de datos y la aplicación de distintos algoritmos de procesado de datos.
En esta asignatura se verá la aplicación de la bioinformática a distintos ámbitos de la biología molecular desde el análisis de secuencias al estudio de la estructura de proteínas y ácidos nucleicos.

Competencias do título
Código Competencias da titulación
A3 Coñecer as aplicacións biotecnolóxicas dos microorganismos, plantas e animais e saber manipulalos de cara á súa aplicación biotecnolóxica.
A7 Saber buscar, obter e interpretar a información das bases de datos biolóxicos: xenómicas, proteómicas, transcriptómicas e metabolómicas e utilizar as ferramentas básicas da bioinformática.
B1 Capacidade de análise e síntese (localización de problemas e identificación das causas e a súa tipoloxía).
B2 Capacidade de organización e planificación de todos os recursos (humanos, materiais, información e infraestruturas).
B3 Capacidade de xestión da información (con apoio de tecnoloxías da información e as comunicacións).
B4 Capacidade de planificación e elaboración de estudos técnicos en biotecnoloxía microbiana, vexetal e animal.
B5 Capacidade de identificar problemas, buscar solucións e aplicalas nun contexto biotecnolóxico profesional ou de investigación.
B10 Capacidade de Traballo nun contexto de sostibilidade, caracterizado por: sensibilidade polo medio ambiente e polos diferentes organismos que o integran así como concienciación polo desenvolvemento sostible.
B11 Racionamento crítico e respecto profundo pola ética e a integridade intelectual.
B12 Adaptación a novas situacións legais, ou novidades tecnolóxicas así como a excepcionalidades asociadas a situacións de urxencia.
B13 Aprendizaxe autónoma.
B15 Sensibilización cara á calidade, o respecto medioambiental e o consumo responsable de recursos e a recuperación de residuos.
C3 Utilizar as ferramentas básicas das tecnoloxías da información e as comunicacións (TIC) necesarias para o exercicio da súa profesión e para a aprendizaxe ao longo da súa vida.
C6 Valorar criticamente o coñecemento, a tecnoloxía e a información dispoñible para resolver os problemas cos que deben enfrontarse.

Resultados de aprendizaxe
Competencias de materia (Resultados de aprendizaxe) Competencias da titulación
Poder utilizar y gestionar de forma básica sistemas operativos basados en Unix AM7
 BM1
BM2
BM3
BM4
BM5
BM11
BM12
BM13
Ser capaz de acceder y buscar en bases de datos de ácidos nucleicos, proteínas y estructuras AM3
AM7
 BM1
BM2
BM3
BM4
BM5
BM11
BM12
BM13
BM15
Ser capaz de alinear y comparar secuencias de ADN y proteínas. AM3
AM7
 BM1
BM2
BM3
BM4
BM10
BM11
BM12
BM13
BM15
Poder construir árboles filogenéticos moleculares AM3
AM7
 BM1
BM2
BM3
BM4
BM5
BM10
BM11
BM12
BM13
BM15
Saber anotar y ensamblar secuencias AM7
 BM1
BM2
BM3
BM4
BM5
BM10
BM11
BM12
BM13
Ser capaz de realizar una predicción de las características unidimensionales y de la estructura tridimensional de una proteína basándose en datos y programas disponibles en la web AM3
AM7
 BM1
BM2
BM3
BM4
BM5
BM10
BM11
BM12
BM13
BM15
 CM3
CM6

Contidos
Temas Subtemas
Unix Introducción a los Sistemas Operativos. Comandos básicos. Sistema de archivos. Gestión de archivos y directorios. Otros comandos.
Evolución molecular Homología molecular: sustitución, inserción y deleción. Alineamiento múltiple. Modelos de sustitución nucleotídica y aminoacídica. Selección de modelos. Métodos filogenéticos. Reconstrucción de máxima verosimilitud. Error y confianza filogenética.
Análisis genómico Búsquedas en bases de datos: BLAST. Proyectos genoma. Genómica Estructural. Secuenciación. Predicción génica. Anotación Funcional. Genómica Comparativa.
Biología estructural I Predicción de características 1 D de proteínas. Modelado por homología. Modelado mediante threading o diseño por homología remota. Métodos ab initio. Docking molecular: Predicción de interacciones proteína-sustrato y proteína-proteína. Evaluación de los métodos de predicción.
Biología estructural II Predicción de estructuras de RNA. Bases de datos y servidores de programas de análisis de: secuencias, motivos estructurales y estructuras funcionales.

Planificación
Metodoloxías / probas Horas presenciais Horas non presenciais / traballo autónomo Horas totais
Sesión maxistral 11 5.5 16.5
Prácticas a través de TIC 11 16.5 27.5
Foro virtual 0 1 1
Resumo 0 14 14
Proba obxectiva 2 12 14
 
Atención personalizada 2 0 2
 
*Os datos que aparecen na táboa de planificación son de carácter orientativo, considerando a heteroxeneidade do alumnado

Metodoloxías
Metodoloxías Descrición
Sesión maxistral clases de presentación de contenidos, de ejercicios y de discusión
Prácticas a través de TIC ejercicios en el ordenador
Foro virtual Discusión online
Resumo Informe/memoria razonada sobre los ejercicios prácticos realizados en el ordenador durante la clase (a entregar en las 24 horas siguientes a la clase). La extensión será de un máximo de 10 páginas sobre las actividades prácticas realizadas en cada una de las sesiones (se incluirán capturas de pantalla y texto explicativo).
Proba obxectiva Examen sobre contenidos teóricos o prácticos

Atención personalizada
Metodoloxías
Sesión maxistral
Prácticas a través de TIC
Foro virtual
Proba obxectiva
Resumo
Descrición
Se responderá a las cuestiones particulares de cada alumno

Avaliación
Metodoloxías Descrición Cualificación
Proba obxectiva Se realizará una prueba tipo test para evaluar los conocimientos adquiridos durante la realización de las clases magistrales y las prácticas en ordenador 25
Resumo Se evaluará el resumen/informe razonado/memoria sobre los ejercicios prácticos en el ordenador realizados en clase. El resumen/informe/memoria se deberá entregar en las 24 horas siguientes a la clase. Cada informe supondrá el 15% de la calificación. Habrá que realizar un informe por cada una de las sesiones, en total 5 informes lo que supone el 75% de la nota. 75
 
Observacións avaliación

El examen final de la primera oportunidad se realizará el lunes posterior a la finalización de las clases de la materia.
Tendrán prioridad para obtener MH aquellos alumnos que se evalúen en la primera oportunidad.
En la segunda oportunidad se seguirán los mismos criterios.

Fontes de información
Bibliografía básica

Arthur M. Lesk (2008). Introduction to Bioinformatics, 3ª edición. Oxford University Press.

David W. Mount (2004). Bioinformatics. Sequence and genome analysis, 2ª edición. CSHL Press.
Bibliografía complementaria


Recomendacións
Materias que se recomenda ter cursado previamente

Materias que se recomenda cursar simultaneamente

Materias que continúan o temario
Enxeñaría xenética e transxénese/610475101
Xenómica e Proteómica/610475103
Técnicas de aplicación en biotecnoloxía/610475107

Observacións

Dado que parte de la bibliografía recomendada para esta materia se encuentra en inglés, es aconsejable tener conocimientos de esta lengua, por lo menos, a nivel de comprensión de textos escritos.



(*)A Guía docente é o documento onde se visualiza a proposta académica da UDC. Este documento é público e non se pode modificar, salvo casos excepcionais baixo a revisión do órgano competente dacordo coa normativa vixente que establece o proceso de elaboración de guías