Datos Identificativos 2015/16
Asignatura (*) Genómica Código 610441014
Titulación
Mestrado Universitario en Bioloxía Molecular , Celular e Xenética
Descriptores Ciclo Periodo Curso Tipo Créditos
Máster Oficial 2º cuatrimestre
 Primero Optativa 3
Idioma
Castellano
Gallego
Inglés
Modalidad docente Presencial
Prerrequisitos
Departamento Bioloxía Celular e Molecular
Coordinador/a
Becerra Fernandez, Manuel
 Correo electrónico
manuel.becerra@udc.es
Profesorado
Becerra Fernandez, Manuel
Vila Taboada, Marta
 Correo electrónico
manuel.becerra@udc.es
marta.vila.taboada@udc.es
Web
Descripción general Denomínase xenómica ao estudo integral do funcionamento, evolución e orixe dos xenomas. A xenómica utiliza coñemenetos derivados de distintas disciplinas como xenética, bioloxía molecular, bioquímica, informática, estatística, matemáticas e física.
A diferenza da xenética clásica que a partires dun fenotipo (xeralmente mutante) procura o xene ou xenes responsables dese fenotipo, a xenómica ten como obxectivo predicir a función dos xenes a partir da súa secuencia ou das súas interaccións con outros xenes.
As denominadas "ciencias ómicas" están na vangarda da ciencia, feito debido ás posibilidades abertas polas novas tecnoloxías de secuenciación masiva, aos avances en bioinformática e aos algoritmos cada vez máis sofisticados para análise de xenomas completos.

Competencias del título
Código Competencias del título
A1 Capacidad de utilizar técnicas e instrumentos habituales en la investigación biológica celular y molecular: que sean capaces de manejar las técnicas y protocolos así como comprender las potenciales de las mismas, sus usos y aplicaciones.
A3 Capacidad de utilizar herramientas Bioinformáticas a nivel de usuario.
A11 Capacidad de comprender la estructura, función y evolución de los genomas y aplicar las herramientas necesarias para su estudio.
B1 Capacidad de análisis y síntesis de problemas biológicos en relación con la Biología Molecular, Celular y Genética.
B2 Capacidad de toma de decisiones para la resolución de problemas: que sean capaces de aplicar los conocimientos teóricos y prácticos adquiridos en la formulación de problemas biológicos y la búsqueda de soluciones.
B3 Capacidad de gestión de la información: que sean capaces de reunir e interpretar datos, información y resultados relevantes, obtener conclusiones y emitir informes razonados sobre cuestiones científicas y biotecnológicas.
B5 Correcta comunicación oral y escrita sobre temas científicos en la lengua nativa y al menos en otra lengua de difusión Internacional.
B9 Capacidad de preparación, exposición y defensa de un trabajo.
C3 Utilizar las herramientas básicas de las tecnologías de la información y las comunicaciones (TIC) necesarias para el ejercicio de su profesión y para el aprendizaje a lo largo de su vida.
C8 Valorar la importancia que tiene la investigación, la innovación y el desarrollo tecnológico en el avance socioeconómico y cultural de la sociedad.

Resultados de aprendizaje
Resultados de aprendizaje Competencias del título
Utilizar herramientas moleculares para el conocimiento del genoma de diversos organismos AI1
 BI1
BI5
Comprender el estado actual del conocimiento en el campo de la genómica estructural, funcional y evolutiva AI1
 BI1
BI5
BI9
 CM8
Comprender los mecanismos de evolución de los genomas y de las herramientas moleculares y bioinformáticas para su estudio AI1
AI3
AI11
 BI1
BI2
BI9
Diseñar, interpretar y analizar experimentos y datos de microarrays de ADN AI3
 BI1
BI2
BI3
 CM3

Contenidos
Tema Subtema
Genómica estructural Cartografiado, secuenciación, anotación y bases de datos
El proyecto genoma humano
Next Generation Sequencing (NGS)
Genómica comparada Mecanismos de evolución genómica
Genomas de procariotas Metagenómica
Genomas de eucariotas Taxonomía
Paleogenómica
Medicina
Genómica funcional Microarrays y transcriptómica
Prácticas de bioinformática 1. Exploración de bases de datos (v.g. ENSEMBL) y proyectos genómicos: ENCODE, EXOME, 1000Genomes
2. Ensamblaje de un genoma organular secuenciado por NGS utilizando el software GENEIOUS
3. Análisis de expresión génica y microarrays

Planificación
Metodologías / pruebas Competéncias Horas presenciales Horas no presenciales / trabajo autónomo Horas totales
Sesión magistral A1 A11 B1 10 18.62 28.62
Presentación oral B5 B9 5 3 8
Eventos científicos y/o divulgativos C8 1 3 4
Prácticas a través de TIC A3 C3 10 20 30
Prueba objetiva B2 B3 2 0 2
 
Atención personalizada 2.38 0 2.38
 
(*)Los datos que aparecen en la tabla de planificación són de carácter orientativo, considerando la heterogeneidad de los alumnos

Metodologías
Metodologías Descripción
Sesión magistral Exposición oral complementada con el uso de medios audiovisuales con el fin de transmitir conocimientos y facilitar el aprendizaje.
Presentación oral Cada estudiante debe sintetizar en un máximo de 15 minutos el contenido de un artículo de revisión asignado por el profesorado con suficiente antelación.
Eventos científicos y/o divulgativos El alumnado debe asistir a la conferencia pronunciada por un especialista en genómica. El profesorado facilitará con suficiente antlación un artículo relacionado con el tema de la conferencia que, se espera, sirva como base de las preguntas al ponente.
Prácticas a través de TIC Las TIC constituyen un excelente soporte y canal para el tratamiento de la información y la aplicación práctica de conocimientos, facilitando así la comunicación y aprendizaje.
Prueba objetiva Proba escrita utilizada para la evaluación del aprendizaje y que puede combinar distintos tipos de preguntas.

Atención personalizada
Metodologías
Presentación oral
Prácticas a través de TIC
Descripción
La atención personalizada se concibe como tiempo de interacción directa del estudiante con el profesorado, bien presencialmente, bien vía correo electrónico.

Evaluación
Metodologías Competéncias Descripción Calificación
Sesión magistral A1 A11 B1 Asistencia y participación activa.
 10
Presentación oral B5 B9 Capacidad de síntesis, habilidades de comunicación.
 20
Prácticas a través de TIC A3 C3 Asistencia y participación activa.
En caso de alumnos semipresenciales se requerirá una memoria/cuestionario de prácticas: capacidad de síntesis y redacción.
 10
Prueba objetiva B2 B3 El examen escrito evaluará los conocimientos adquiridos durante las actividades anteriormente mencionadas. 50
Eventos científicos y/o divulgativos C8 Asistencia y participación en el turno de preguntas.
 10
 
Observaciones evaluación

Podrá optar a Matrícula de Honor el alumnado evaluado en la primera oportunidad (junio).

Fuentes de información
Básica McLachlan, G. J., Do, K-A., Ambroise, C (2004). Analyzing Microarray Gene Expression Data. Wiley-Interscience. John Wiley & Sons
Campbell, A.M & Heyer, L.J. (2007). Discovering Genomics, Proteomics & Bioinformatics. Pearson Benjamin Cummings
Bowtell, D., Sambrook, J. (2003). DNA Microarrays. Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Allison, David B., et al (2006). DNA microarrays and related genomics techniques design, analysis, and interpretation of experiments. Chapman & Hall/CRC
E. Rinaldis, A. Lahm. (2007). DNA microarrays: current applications. Wymondham: Horizon Bioscience
Lesk, Arthur M. (2012). Introduction to Genomics. Oxford University Press

Complementária Straalen, Nico M. van (2006). An introduction to ecological genomics. Oxford University Press
Zhanjiang, Liu (2007). Aquaculture genome techonologies. Blackwell
Futuyama, Douglas J. (2006). Evolution. Sinauer Associates
Dale Jeremy (2008). From genes to genomes: concepst and applications of DNA technology. John Wiley & Sons
Sensen, Christoph W. (2005). Handbook of genome research genomics, proteomics, metabolism, bioinformatics, ethical & legal issues . Wiley-VCH

RECURSOS EN INTERNET:


Biological database compilation at NAR:
http://nar.oupjournals.org/content/vol29/issue1

DOE Joint Genome Institut. Why sequence them?
http://www.jgi.doe.gov/sequencing/why/index.html

EMBL (European Molecular BIology Laboratory), Bioinformatics.
http://www-db.embl.de/jss/servlet/de.embl.bk.emblGroups.EmblGroupsOrg/serv_0?t=0

ExPASy (Expert Protein Analysis System).
http://us.expasy.org/

GeneMark:
http://opal.biology.gatech.edu/GeneMark/

GenomeNet (Kyoto University Bioinformatics Center).
http://www.genome.jp/

Genoscope. Le séquençage des génomes.
http://www.genoscope.cns.fr/externe/Francais/Sequencage/

GOLD (Genomes Online Database).
http://www.genomesonline.org/

Human genome: advanced annotation tutorial.

http://www.mad-cow.org/00/annotation_tutorial.html

Human Genome Project Information.

http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/home.shtml

Iañez Pareja, E. (1997). Introducción a los Proyectos Genoma.
http://www.ugr.es/~eianez/Biotecnologia/genoma-2.html

KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes).
http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html

Nacional Human Genome Research Institute:
http://www.genome.gov/

NCBI (National Center for Biotechnology Information).
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

The Sanger Institute.
http://www.sanger.ac.uk/

TIGR (The Institute for Genomic Research).
http://www.tigr.org/

tRNAscan-SE 1.21.
http://www.genetics.wustl.edu/eddy/tRNAscan-SE/

The WWW Virtual Library: Model Organisms:
http://www.ceolas.org/VL/mo/

ALGUNAS BASES DE DATOS DE MICROARRAYS DE ADN

ArrayExpress

http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/

ChipDB

http://staffa.wi.mit.edu/chipdb/public/

ExpressDB

http://twod.med.harvard.edu/ExpressDB/

Gene Expression Omnibus (GEO)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

READ (RIKEN cDNA Expression Array Database)

http://read.gsc.riken.go.jp/

Saccharomyces Genome Database (SGD)

http://genome-www4.Stanford.EDU/cgi-bin/SGD/expression/expressionConnection.pl

Standford Microarray Database ( SMD)

http://genome-www5.stanford.edu/

The Yale Microarray Database

http://www.med.yale.edu/microarray/

yeast Microarray Global Viewer (yMGV)

http://www.transcriptome.ens.fr/ymgv/


Recomendaciones
Asignaturas que se recomienda haber cursado previamente
Técnicas Celulares/610441001
Técnicas Moleculares/610441002
Mecanismos de generación de la variación genética/610441005
Regulación de la expresión génica/610441006
Bioinformática y Modelado de Biomoléculas/610441020

Asignaturas que se recomienda cursar simultáneamente
Proteómica/610441013
Cromosomas: Estructura. Función y Evolución/610441015
Genética Humana/610441016
Toxicología Genética/610441017

Asignaturas que continúan el temario
Trabajo de Máster/610441022

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