Datos Identificativos 2015/16
Asignatura (*) Bioinformática Código 610475104
Titulación
Mestrado Universitario en Biotecnoloxía Avanzada
Descriptores Ciclo Periodo Curso Tipo Créditos
Máster Oficial 1º cuatrimestre
 Primero Obligatoria 3
Idioma
Castellano
Gallego
Inglés
Modalidad docente Presencial
Prerrequisitos
Departamento Bioloxía Celular e Molecular
Tecnoloxías da Información e as Comunicacións
Coordinador/a
Dorado de la Calle, Julian
 Correo electrónico
julian.dorado@udc.es
Profesorado
Becerra Fernandez, Manuel
Dorado de la Calle, Julian
Rodriguez Torres, Ana Maria
 Correo electrónico
manuel.becerra@udc.es
julian.dorado@udc.es
ana.rodriguez.torres@udc.es
Web http://mba.uvigo.es/
Descripción general EN LA DOCENCIA DE LA MATERIA PARTICIPA TAMBIÉN EL SIGUIENTE PROFESOR DE LA UVIGO:
Carlos Alberto Canchaya Sánchez (e-mail: canchaya@uvigo.es)

La realización de experimentos en biología genera cada vez un mayor número de datos. La gestión y análisis de estos datos sería ya imposible sin la utilización de herramientas informáticas dentro de la disciplina de la bioinformática.
En la bioinformática se mezclan conocimientos y técnicas de la informática y las matemáticas aplicadas a las ciencias de la vida, en especial la biología.
Dentro de la bioinformática se estudia la codificación de datos y su almacenamiento en bases de datos. La disponibilidad y el acceso a bases de datos y la aplicación de distintos algoritmos de procesado de datos.
En esta asignatura se verá la aplicación de la bioinformática a distintos ámbitos de la biología molecular desde el análisis de secuencias al estudio de la estructura de proteínas y ácidos nucleicos.

Competencias del título
Código Competencias del título
A3 Conocer las aplicaciones biotecnológicas de los microorganismos, plantas y animales y saber manipularlos de cara a su aplicación biotecnológica.
A7 Saber buscar, obtener e interpretar la información de las bases de datos biológicas: genómicas, proteómicas, transcriptómicas y metabolómicas y utilizar las herramientas básicas de la bioinformática.
B1 Capacidad de análisis y síntesis (localización de problemas e identificación de las causas y su tipología).
B2 Capacidad de organización y planificación de todos los recursos (humanos, materiales, información e infraestructuras).
B3 Capacidad de gestión de la información (con apoyo de tecnologías de la información y las comunicaciones).
B4 Capacidad de planificación y elaboración de estudios técnicos en biotecnología microbiana, vegetal y animal.
B5 Capacidad de identificar problemas, buscar soluciones y aplicarlas en un contexto biotecnológico profesional o de investigación.
B10 Capacidad de Trabajo en un contexto de sostenibilidad, caracterizado por: sensibilidad por el medio ambiente y por los diferentes organismos que lo integran así como concienciación por el desarrollo sostenible.
B11 Racionamiento crítico y respeto profundo por la ética y la integridad intelectual.
B12 Adaptación a nuevas situaciones legales, o novedades tecnológicas así como a excepcionalidades asociadas a situaciones de emergencia.
B13 Aprendizaje autónomo.
B15 Sensibilización hacia la calidad, el respeto medioambiental y el consumo responsable de recursos y la recuperación de residuos.
C3 Utilizar las herramientas básicas de las tecnologías de la información y las comunicaciones (TIC) necesarias para el ejercicio de su profesión y para el aprendizaje a lo largo de su vida.
C6 Valorar críticamente el conocimiento, la tecnología y la información disponible para resolver los problemas con los que deben enfrentarse.

Resultados de aprendizaje
Resultados de aprendizaje Competencias del título
Poder utilizar y gestionar de forma básica sistemas operativos basados en Unix AM7
 BM1
BM2
BM3
BM4
BM5
BM11
BM12
BM13
Ser capaz de acceder y buscar en bases de datos de ácidos nucleicos, proteínas y estructuras AM3
AM7
 BM1
BM2
BM3
BM4
BM5
BM11
BM12
BM13
BM15
Ser capaz de alinear y comparar secuencias de ADN y proteínas. AM3
AM7
 BM1
BM2
BM3
BM4
BM10
BM11
BM12
BM13
BM15
Poder construir árboles filogenéticos moleculares AM3
AM7
 BM1
BM2
BM3
BM4
BM5
BM10
BM11
BM12
BM13
BM15
Saber anotar y ensamblar secuencias AM7
 BM1
BM2
BM3
BM4
BM5
BM10
BM11
BM12
BM13
Ser capaz de realizar una predicción de las características unidimensionales y de la estructura tridimensional de una proteína basándose en datos y programas disponibles en la web AM3
AM7
 BM1
BM2
BM3
BM4
BM5
BM10
BM11
BM12
BM13
BM15
 CM3
CM6

Contenidos
Tema Subtema
Unix Introducción a los Sistemas Operativos. Comandos básicos. Sistema de archivos. Gestión de archivos y directorios. Otros comandos.
Evolución molecular Homología molecular: sustitución, inserción y deleción. Alineamiento múltiple. Modelos de sustitución nucleotídica y aminoacídica. Selección de modelos. Métodos filogenéticos. Reconstrucción de máxima verosimilitud. Error y confianza filogenética.
Análisis genómico Búsquedas en bases de datos: BLAST. Proyectos genoma. Genómica Estructural. Secuenciación. Predicción génica. Anotación Funcional. Genómica Comparativa.
Biología estructural Visualización de macromoléculas, estructura de DNA y RNA, estructura de proteínas y su predicción, predicción de Interacciones proteína-sustrato y proteína-proteína
Biología estructural II Predicción de estructuras de RNA. Bases de datos y servidores de programas de análisis de: secuencias, motivos estructurales y estructuras funcionales.

Planificación
Metodologías / pruebas Competéncias Horas presenciales Horas no presenciales / trabajo autónomo Horas totales
Sesión magistral A3 11 5.5 16.5
Prácticas a través de TIC A7 B3 B5 B12 C3 11 16.5 27.5
Foro virtual B10 B11 B15 0 1 1
Resumen B2 B4 C6 0 14 14
Prueba objetiva B1 B13 2 12 14
 
Atención personalizada 2 0 2
 
(*)Los datos que aparecen en la tabla de planificación són de carácter orientativo, considerando la heterogeneidad de los alumnos

Metodologías
Metodologías Descripción
Sesión magistral clases de presentación de contenidos, de ejercicios y de discusión
Prácticas a través de TIC ejercicios en el ordenador
Foro virtual Discusión online
Resumen Informe/memoria razonada sobre los ejercicios prácticos realizados en el ordenador durante la clase (a entregar en las 24 horas siguientes a la clase). La extensión será de un máximo de 10 páginas sobre las actividades prácticas realizadas en cada una de las sesiones (se incluirán capturas de pantalla y texto explicativo).
Prueba objetiva Examen sobre contenidos teóricos o prácticos

Atención personalizada
Metodologías
Sesión magistral
Prácticas a través de TIC
Foro virtual
Prueba objetiva
Resumen
Descripción
Se responderá a las cuestiones particulares de cada alumno

Evaluación
Metodologías Competéncias Descripción Calificación
Prueba objetiva B1 B13 Se realizará una prueba tipo test para evaluar los conocimientos adquiridos durante la realización de las clases magistrales y las prácticas en ordenador 25
Resumen B2 B4 C6 Se evaluará el resumen/informe razonado/memoria sobre los ejercicios prácticos en el ordenador realizados en clase. El resumen/informe/memoria se deberá entregar en las 24 horas siguientes a la clase. Cada informe supondrá el 15% de la calificación. Habrá que realizar un informe por cada una de las sesiones, en total 5 informes lo que supone el 75% de la nota. 75
 
Observaciones evaluación

El examen final de la primera oportunidad se realizará el lunes posterior a la finalización de las clases de la materia.
Tendrán prioridad para obtener MH aquellos alumnos que se evalúen en la primera oportunidad.
En la segunda oportunidad se seguirán los mismos criterios.

Fuentes de información
Básica

Arthur M. Lesk (2008). Introduction to Bioinformatics, 3ª edición. Oxford University Press.

David W. Mount (2004). Bioinformatics. Sequence and genome analysis, 2ª edición. CSHL Press.
Complementária


Recomendaciones
Asignaturas que se recomienda haber cursado previamente
Ingeniería Genética y Transgénesis/610475101
Genómica y Proteómica/610475103
Técnicas de aplicación en biotecnología/610475107

Asignaturas que se recomienda cursar simultáneamente

Asignaturas que continúan el temario

Otros comentarios

Dado que parte de la bibliografía recomendada para esta materia se encuentra en inglés, es aconsejable tener conocimientos de esta lengua, por lo menos, a nivel de comprensión de textos escritos.



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