Datos Identificativos 2016/17
Asignatura (*) Técnicas de Manipulación y Análisis de Ácidos Nucleicos Código 653862227
Titulación
Mestrado Universitario en Asistencia e Investigación Sanitaria (plan 2012)
Descriptores Ciclo Periodo Curso Tipo Créditos
Máster Oficial 2º cuatrimestre
Primero Obligatoria 6
Idioma
Castellano
Gallego
Inglés
Modalidad docente Presencial
Prerrequisitos
Departamento Medicina
Coordinador/a
Díaz Prado, Silvia María
Correo electrónico
s.diaz1@udc.es
Profesorado
Díaz Prado, Silvia María
Vaamonde García, Carlos
Correo electrónico
s.diaz1@udc.es
carlos.vaamonde.garcia@udc.es
Web http://http://www.udc.es/fcs/ga/index.htm
Descripción general Estudos das técnias de manipulación e análise de ácidos núcleicos de uso habitual nos laboratorios de investigación biomédica.

Competencias del título
Código Competencias del título
A1 Capacidad para elegir y aplicar las metodologías de investigación más adecuadas a la investigación planteada.
A2 Capacidad para el diseño experimental y el completo desarrollo de proyectos de investigación en el ámbito sanitario, desde la formulación de la hipótesis de Investigación hasta la comunicación de los resultados.
B1 Capacidad para aplicar el método científico en la planificación y el desarrollo de la investigación sanitaria.
B2 Fluidez y propiedad en la comunicación científica oral y escrita.
B3 Compromiso por la calidad del desarrollo de la actividad investigadora.
B4 Capacidad de análisis y de síntesis.
B5 Habilidad para manejar distintas fuentes de información.
B6 Capacidad para trabajar de forma colaborativa en equipos multi e interdisciplinar.
B7 Capacidad de establecer una relación de empatía con los sujetos implicados en el desarrollo de la actividad investigadora.
C1 Expresarse correctamente, tanto de forma oral como escrita, en las lenguas oficiales de la comunidad autónoma.
C2 Dominar la expresión y la comprensión de forma oral y escrita de un idioma extranjero.
C3 Utilizar las herramientas básicas de las tecnologías de la información y las comunicaciones (TIC) necesarias para el ejercicio de su profesión y para el aprendizaje a lo largo de su vida.
C5 Entender la importancia de la cultura emprendedora y conocer los medios al alcance de las personas emprendedoras.
C6 Valorar críticamente el conocimiento, la tecnología y la información disponible para resolver los problemas con los que deben enfrentarse.
C7 Asumir como profesional y ciudadano la importancia del aprendizaje a lo largo de la vida.
C8 Valorar la importancia que tiene la investigación, la innovación y el desarrollo tecnológico en el avance socioeconómico y cultural de la sociedad.

Resultados de aprendizaje
Resultados de aprendizaje Competencias del título
Coñecer diferentes técnicas de illamento de ADN e de ARN e, en particular, a técnica de PCR. AI1
AI2
BM1
BM2
BM3
BM4
BM5
BM6
BM7
CM1
CM2
CM3
CM5
CM6
CM7
CM8
Alcanzar unha visión ampla de diferentes técnicas empregadas para a detección e análise da variabilidade xenética e da mutación. AI1
AI2
BM1
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BM6
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CM1
CM2
CM3
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CM8
Coñecer o funcionamento da PCR a Tempo Real. AI1
AI2
BM1
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CM1
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CM3
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Comprensión da técnica de secuenciación de ADN. AI1
AI2
BM1
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Entender os principios da técnica de FISH e coñecer as súas principais aplicacións. AI1
AI2
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BM7
CM1
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CM3
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CM8
Adquirir un coñecemento teórico e práctico de como realizar mutaxénese do ADN. AI1
AI2
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BM6
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CM1
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Coñecer técnicas de manipulación xenética e as súas aplicacións en Enxeñería Xenética. AI1
AI2
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Coñecer técnicas empregadas na xeneración dos vectores retrovirais e a transducción de células diana. AI1
AI2
BM1
BM2
BM3
BM4
BM5
BM6
CM1
CM2
CM3
CM5
CM6
CM7
CM8

Contenidos
Tema Subtema
Tema 1. Os ácidos nucleicos. 1.1. Estrutura dos ácidos nucleicos.
1.2. Función dos ácidos nucleicos.
1.3. Illamento dos ácidos nucleicos.
1.4. Cuantificación dos ácidos nucleicos.
Tema 2. A Reacción en Cadea da Polimerasa (PCR). 2.1. Variantes do método da PCR.
2.2 PCR cuantitativa ou en tempo real (qPCR): cuantificación absoluta e relativa.
2.3. Aplicacións da PCR na investigación médica.
Tema 3. A variabilidade xenética. 3.1. Técnicas de análise da variabilidade xenética: PCR e secuenciación do ADN.
3.2. Variabilidade xenética do ADN mitocondrial.
Tema 4. Ferramentas bioinformáticas para o análise de secuencias de ácidos nucleicos. 4.1. Para o análise de secuencias codificantes e non codificantes.
4.2. Para a búsqueda de polimorfismos e variabilidade en estudos poblacionais.
4.3. Para o análise de secuencias repetitivas e a súa implicación en diversas patoloxías.
Tema 5. Técnicas de inmunoprecipitación da cromatina (ChIP). 5.1. Para a detección de proteínas unidas a secuencias de ADN (ADN-ChIP)
5.2. Para a detección de proteínas unidas a secuencias de ARN (ARN-ChIP).
Tema 6. Introducción á citoxenética molecular. 6.1. Hibridación in-situ fluorescente (FISH). 6.2. Aplicacións da citoxenética na investigación: DNA Breakage Detection-FISH (DBD-FISH) e COFISH.
Tema 7. Metodoloxía da mutaxénese aleatoria e dirixida do ADN. 7.1. Aplicacións prácticas da mutaxénese aleatoria no laboratorio de investigación.
Tema 8. Enxeñería xenética. 8.1. A tecnoloxía do ADN recombinante.
8.2. Métodos de entrega de ADN: transfección e transducción.
8.3. Investigación en animais transxénicos. 8.4. Xeración de animais “knockout”.
PRÁCTICAS.
1.- Illamento do ARN a partir dun cultivo celular.
2.- Desenrrolo dunha RT-PCR
3.- Desenrrolo dunha PCR en tempo real.
4.- Secuenciación de ADN.
5.- Software de análise.
6.- Co-immunoprecipitacion.
7.- Estudo citoxenético.
8.- Mutaxénese.
9.- Transfección.
10.- Observación de resultados.

PRÁCTICAS (desenvolvemento):
1.- Illamento do ARN a partir dun cultivo celular. Cuantificación e análise do ARN illado mediante bioanalizador.
2.- Desenrrolo dunha RT-PCR: preparación das reaccións e programación do termociclador. Análise do ADNc obtido trala RT-PCR.
3.- Desenrrolo dunha PCR en tempo real: preparación das reacción e programación do termociclador. Interpretación dos resultados obtidos.
4.- Secuenciación de ADN. Visualización e funcionamento dun secuenciador automático de ADN.
5.- Software de análise. Emprego de diferentes softwares para a análise de secuencias de ácidos nucleicos.
6.- Co-immunoprecipitacion e identificación dos complexos proteicos que interaccionan cunha determinada proteína.
7.- Estudo citoxenético. Preparación de mostras para estudo citoxenético (cariotipo e FISH). Clasificación de cromosomas no cariotipo e identificación de anomalías cromosómicas mediante FISH.
8.- Mutaxénes. Mutaxénese dirixida de dominios ou residuos aminoacídicos en xenes de interese clínico. Estudos fenotípicos da selección de mutantes.
9.- Transfección de plásmidos en células eucariotas ou procariotas e estudo das células transfectadas.
10.- Observación de resultados. Observación ó microscopio de liñas de empaquetamento.

Planificación
Metodologías / pruebas Competéncias Horas presenciales Horas no presenciales / trabajo autónomo Horas totales
Lecturas B2 B4 B5 C1 C2 C3 C6 0 17 17
Prácticas de laboratorio A1 A2 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 C1 C2 C3 C5 C6 C7 C8 37 37 74
Prueba de respuesta múltiple A2 B1 B4 1 0 1
Sesión magistral A1 A2 B1 C5 C6 C8 18 36 54
 
Atención personalizada 4 0 4
 
(*)Los datos que aparecen en la tabla de planificación són de carácter orientativo, considerando la heterogeneidad de los alumnos

Metodologías
Metodologías Descripción
Lecturas Lectura dun artigo científico relevante e relacionado coa materia impartida.
Prácticas de laboratorio Desenvólvense técnicas de uso actual en investigación biomédica, que complementan os coñecementos impartidos na sesión maxistral.
Prueba de respuesta múltiple Exame tipo test, no que cada pregunta consiste en 4 afirmacións das que só unha é correcta.
Sesión magistral Clase teórica participativa, favorecendo o intercambio de opinións, o debate e a resposta das preguntas formuladas polo alumnado.

Atención personalizada
Metodologías
Lecturas
Prácticas de laboratorio
Sesión magistral
Descripción
Ó tratarse dun grupo reducido de alumnos, é posible a resolución de dúbidas e o seguimento individualizado durante o mesmo proceso de aprendizaxe.
En particular, a sesión maxistral é participativa, favorecendo o intercambio de opinións, o debate e a resposta das preguntas formuladas.
As prácticas de laboratorio son tuteladas en todo momento polo profesorado e, se é necesario, polo grupo de investigación no que se integra o alumno (desde o comezo do curso, cada alumno se integra no grupo de investigación no que vai desenvolver o seu Traballo Fin de Mestrado).

Evaluación
Metodologías Competéncias Descripción Calificación
Prácticas de laboratorio A1 A2 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 C1 C2 C3 C5 C6 C7 C8 Ó tratarse de un grupo reducido de alumnos, é posible un seguimento personalizado que facilita a avaliación continua. Terase en conta a asistencia, a participación activa e o traballo desenvolvido polo alumno. 50
Prueba de respuesta múltiple A2 B1 B4 Exame tipo test, no que cada pregunta consiste en 4 afirmacións das que só unha é correcta. 50
 
Observaciones evaluación
Para aprobar a materia, hai que obter globalmente un mínimo de 5 sobre 10 e, en cada metodoloxía avaliada, un mínimo de 2,5 sobre 5.

Fuentes de información
Básica

Bibliografía Básica:

1.- Kristin Edwards, Julie Logan and Nick Saunders. Real Time PCR: An essential guide. Genomics Proteomics and Bioinformatics Unit, Health Protection Agency, London. Horizon Bioscience (2004).

2.- Griffiths, Miller, Suzuki, Lewontin & Gelbart. Genética (7ª edición). Editorial McGraw-Hill (2001).

3.- Sambrook J et al. Molecular Cloning: A Laboratory Manual, second ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York (1989).

Complementária

Libros

- Kirstin Edwards, Julie Logan and Nick Saunders.Real Time PCR: An essential guide. Genomics Proteomics and Bioinformatics Unit, Health Protection Agency, London. Horizon Bioscience (2004).

- Rautenstrauss B, Liehr T. FISH Technology. Springer Lab Manual. Springer, Berlin (2002).

Artigos

- Bustin SA, Nolan T. Pitfalls of quantitative real-time reverse transcription polymerase chain reaction. Journal of Biomolecular Techniques 2004; 15:155-66.

- Bustin SA. Quantification of mRNA using real-time reverse transcription PCR: trends and problems. J Mol Endocrinnol 2002; 29: 23-9.

- Chen G, Sun H, Yang H, Kubelik D, Garcia B, Luo Y, Xiang Y, Qian A, Copeman L, Liu W, Cardella CJ, Wang W, Xiong Y, Wall W, White DJ, Zhong R. The role of anti-non-Gal antibodies in the development of acute humoral xenograft rejection of hDAF transgenic porcine kidneys in baboons receiving anti-Gal antibody neutralization therapy. Transplantation 2006; 81:273-83.

- Dinnyes A, Szmolenszky A. Animal cloning by nuclear transfer: state-of-the-art and future perspectives. 2005; 52:585-8.

- Helfand MS, Bethel CR, Hujer AM, Hujer KM, Anderson VE, Bonomo RA. Understanding resistance to beta-lactams and beta-lactamase inhibitors in the SHV beta-lactamase: lessons from the mutagenesis of SER-130. J Biol Chem 2003; 278:52724-9.

- Kay MA, Glorioso JC, Naldini L. Viral vectors for gene therapy: the art of turning infectious agents into vehicles of therapeutics. Nat Med 2001; 7:33-40.

- Nelson JD, Denisenko O, Bomsztyk K. Protocol for the fast chromatin immunoprecipitation (ChIP) method. Nature protocols 2006; 1:179-85.

- Rego I, Fernández-Moreno M, Fernández-López C, Gómez-Reino JJ, González A, Arenas J, Blanco FJ. Role of European mitocondrial DNA haplogroups in the prevalence of hip osteoarthritis in Galicia, Northern Spain. Ann Rheum Dis. 2010; 69:210-3.

Páxinas web

- DNA sequencing Tutorials: http://bioweb.uwlax.edu/GenWeb/Molecular/Theory/DNA_sequencing/dna_sequencing.htm

- Human Molecular Genetics 2. Tom Strachan; Ed. John Wiley & Sons. A texto completo en http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=books

- Universal Probe Library de Roche Applied Science: http://www.universalprobelibrary.com


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