Competencias del título |
Código
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Competencias / Resultados del título
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A1 |
CE1 - Capacidad para conocer el ámbito de aplicación de la bioinformática y sus aspectos más importantes |
A2 |
CE2 - Definir, evaluar y seleccionar la arquitectura y el software más adecuado para la resolución de un problema en el campo de la Bioinformática |
A3 |
CE3 - Analizar, diseñar, desarrollar, implementar, verificar y documentar soluciones software eficientes sobre la base de un conocimiento adecuado de las teorías, modelos y técnicas actuales en el campo de la Bioinformática |
A8 |
CE8 - Comprender a base da información do material hereditario, a súa transmisión, análise e evolución |
A9 |
CE9 - Entender los beneficios y comprender los problemas asociados a la secuenciación y a la utilización de secuencias biológicas, así como conocer las estructuras y técnicas para su procesamiento |
B1 |
CB6 - Poseer y comprender conocimientos que aporten una base u oportunidad de ser originales en el desarrollo y/o aplicación de ideas, a menudo en un contexto de investigación |
B2 |
CB7 - Que los estudiantes sepan aplicar los conocimientos adquiridos y su capacidad de resolución de problemas en entornos nuevos o poco conocidos dentro de contextos más amplios (o multidisciplinares) relacionados con su área de estudio |
B8 |
CG3 - Ser capaz de trabajar en un equipo, en especial de carácter interdisciplinar |
C6 |
CT6 - Valorar críticamente el conocimiento, la tecnología y la información disponible para resolver los problemas con los que deben enfrentarse |
C7 |
CT7 - Mantener y asentar estrategias encaminadas a la actualización científica como criterio de mejora profesional. |
Resultados de aprendizaje |
Resultados de aprendizaje |
Competencias / Resultados del título |
Conocer las estructuras de datos básicas y los algoritmos utilizados para el almacenamiento compacto de secuencias biológicas y su procesamiento. |
AP1 AP2 AP9
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Analizar y comparar las estructuras de datos y la complejidad de los algoritmos que las manejan. |
AP2 AP3
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BP1
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CP6 CP7
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Entender, analizar, diseñar e implementar soluciones a diferentes problemas fundamentales del alineamiento de secuencias, como la corrección de errores en las lecturas, ensamblaje de cóntigos, relleno de huecos, etc. |
AP1 AP2 AP3 AP8 AP9
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BP1 BP2 BP8
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CP6 CP7
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Explicar, analizar, diseñar e implementar soluciones a problemas relacionados con la evolución, como ensamblaje de haplotipos, descubrimiento de motivos, patrones de permutaciones, reordenamiento del genoma, etc. |
AP1 AP2 AP3 AP8 AP9
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BP1 BP2 BP8
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CP6 CP7
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Contenidos |
Tema |
Subtema |
Introducción al análisis de algoritmos y complejidad |
Análisis de algoritmos
Complejidad |
Búsqueda de patrones en secuencias |
Métodos de búsqueda exacta
Métodos de búsqueda aproximada
Árboles y arrays de sufijos |
Introducción a la compresión e indexación de secuencias |
Técnicas de compresión
Índices y autoíndices |
Aplicaciones sobre secuencias biológicas |
Comparación de secuencias
Búsqueda de motivos
Reordenamiento del genoma
Alineamiento de secuencias
Ensamblaje de secuencias
Análisis filogenético |
Planificación |
Metodologías / pruebas |
Competencias / Resultados |
Horas lectivas (presenciales y virtuales) |
Horas trabajo autónomo |
Horas totales |
Prácticas a través de TIC |
A2 A3 B1 B2 B8 C6 C7 |
14 |
42 |
56 |
Trabajos tutelados |
A1 A2 A3 A8 A9 B1 B2 B8 C6 C7 |
3 |
30 |
33 |
Prueba mixta |
A1 A2 A3 A8 A9 B2 |
4 |
0 |
4 |
Sesión magistral |
A1 A2 A3 A8 A9 |
28 |
28 |
56 |
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Atención personalizada |
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1 |
0 |
1 |
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(*)Los datos que aparecen en la tabla de planificación són de carácter orientativo, considerando la heterogeneidad de los alumnos |
Metodologías |
Metodologías |
Descripción |
Prácticas a través de TIC |
Realización de prácticas en ordenador y boletines para desarrollar los conceptos adquiridos en las clases magistrales. |
Trabajos tutelados |
Realización de un trabajo, individualmente o en grupo, bajo la supervisión del equipo docente de la asignatura. |
Prueba mixta |
Realización de una prueba escrita para demostrar los conocimientos y competencias adquiridos en relación a la materia durante las sesiones magistrales y las prácticas en el aula. |
Sesión magistral |
Exposición de los contenidos de la asignatura |
Atención personalizada |
Metodologías
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Trabajos tutelados |
Prácticas a través de TIC |
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Descripción |
Entre el alumnado habrá diferencias notables en cuanto a su conocimiento sobre algoritmos y estructuras de datos. Por eso, se prevé una atención personalizada para las prácticas en el aula y para el trabajo, que se desarrollarán de forma individual o en grupo. |
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Evaluación |
Metodologías
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Competencias / Resultados |
Descripción
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Calificación
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Prueba mixta |
A1 A2 A3 A8 A9 B2 |
Constará de una prueba escrita en la que deben ser demostrados los conocimientos y las competencias adquiridos durante las clases magistrales y las prácticas.
Para aprobar la asignatura globalmente hay que obtener en la prueba mixta una NOTA MÍNIMA de 1,5 (sobre 3). No siendo así, la nota máxima GLOBAL de la asignatura no será en ningún caso superior a un 4,9 (y por lo tanto la asignatura se considerará SUSPENSA). |
30 |
Trabajos tutelados |
A1 A2 A3 A8 A9 B1 B2 B8 C6 C7 |
Los estudiantes deberán realizar un trabajo, individual o en grupo, sobre un artículo científico, teniendo que defenderlo de forma oral. En la segunda oportunidad a defensa del trabajo se realizará mediante una prueba escrita. |
20 |
Prácticas a través de TIC |
A2 A3 B1 B2 B8 C6 C7 |
Se realizará una evaluación del trabajo realizado por el alumnado durante las prácticas. Los estudiantes deberán entregar boletines con las soluciones a los problemas propuestos y defenderlos oralmente. En la segunda oportunidad a defensa de las prácticas se realizará mediante una prueba escrita. |
50 |
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Observaciones evaluación |
PRIMERA OPORTUNIDAD: Tendrá calificación de NO PRESENTADO cualquier estudiante que no realice la prueba mixta. SEGUNDA OPORTUNIDAD: Podrán presentarse a la segunda oportunidad ÚNICAMENTE aquellos estudiantes que no superen la materia en la primera oportunidad. La recuperación de cada una de las partes se hará de la siguiente forma: - Prácticas (50% de la nota final): los estudiantes deberán entregar los boletines propuestos y los defenderán mediante una prueba escrita.
- Trabajos tutelados (20% de la nota final): la defensa se realizará mediante una prueba escrita.
- Proba mixta (30% de la nota final): realización en las mismas condiciones que en la primera oportunidad.
- En caso de no realizar la recuperación de alguna de las partes, se conservará la nota obtenida en la primera oportunidad en esa parte.
- Para aprobar la asignatura es obligatorio obtener una nota mínima de 1,5 sobre 3 en la prueba mixta.
- Tendrá calificación de NO PRESENTADO cualquier estudiante que no opte a la recuperación de ninguna de las partes.
OPORTUNIDAD ADELANTADA: La evaluación en la oportunidad adelantada consistirá de una prueba escrita (100% de la nota final), que recogerá los conocimientos y competencias adquiridos durante las sesiones magistrales, prácticas y trabajo tutelado.
DISPENSA ACADÉMICA: Aquellos estudiantes con matrícula a tiempo parcial y dispensa académica que les exima de la asistencia a las clases deberán contactar con los docentes durante las dos primeras semanas de clase para establecer las condiciones de entrega y defensa de las prácticas y de los trabajos tutelados.
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Fuentes de información |
Básica
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Dan Gusfield (1997). Algorithms on Strings, Trees and Sequences. Cambridge University Press
Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner (2004). An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press
Veli Mäkinen, Djamal Belazzougui, Fabio Cunial, Alexandru I. Tomescu (2015). Genome-Scale Algorithm Design. Cambridge University Press |
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Complementária
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Enno Ohlebusch (2013). Bioinformatics Algorithms: Sequence Analysis, Genome Rearrangements, and Phylogenetic Reconstruction. Oldenbusch Verlag
A. Moffat y A. Turpin (2002). Compression and Coding Algorithms. Kluwer Academic Publishers
G. Navarro y M Raffinot (2002). Flexible Pattern Matching in Strings. Cambridge University Press
T. C. Bell, J. G. Clearly y I. H. Witten (1990). Text Compression. Prentice Hall |
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Recomendaciones |
Asignaturas que se recomienda haber cursado previamente |
Introducción a la biología molecular /614522004 | Genética y evolución molecular/614522005 | Genómica/614522006 | Fundamentos de bioinformática/614522008 | Introducción a la programación/614522001 |
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Asignaturas que se recomienda cursar simultáneamente |
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Asignaturas que continúan el temario |
Procesamiento avanzado de secuencias biológicas/614522020 | Aplicaciones y tendencias en bioinformática e ingeniería biomédica/614522021 |
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