Datos Identificativos 2018/19
Asignatura (*) Fundamentos de bioinformática Código 614522008
Titulación
Descriptores Ciclo Período Curso Tipo Créditos
Mestrado Oficial 1º cuadrimestre
Primeiro Obrigatoria 6
Idioma
Inglés
Modalidade docente Presencial
Prerrequisitos
Departamento Ciencias Biomédicas, Medicina e Fisioterapia
Computación
Coordinación
Munteanu , Cristian Robert
Correo electrónico
c.munteanu@udc.es
Profesorado
Munteanu , Cristian Robert
Pereira Loureiro, Javier
Correo electrónico
c.munteanu@udc.es
javier.pereira@udc.es
Web http://moodle.udc.es
Descrición xeral Esta materia impártese en inglés. Expóñense os conceptos sobre os principios básicos da anotación do xenoma, o análise de secuencias, as ferramentas de procesamento de información molecular, as ferramentas para deseño de fármacos e a avaliación da toxicidade, as bases de datos biolóxicas, omics e epixenética, os proxectos Xenoma humano, Varioma e Exposoma, e as aplicacións de bioinformática en la clínica.


Competencias
COMPETENCIAS / RESULTADOS DO TíTULO
TipoA Código  
TipoB Código  
TipoC Código  

Obxectivos de aprendizaxe

Contidos
Temas Subtemas
Fundamentos de Bioinformática Principios básicos de anotación de xenomas
Análise de secuencias
Ferramentas de procesamento de información molecular
Ferramentas para deseño de fármacos e a avaliación da toxicidade
Bases de datos biolóxicas
Omics e epixenética: Xenómica, proteómica, transcriptómica
Proxectos: Xenoma humán, Varioma, Exposoma
Aplicacións de bioinformática na clínica

Planificación
Metodoloxías / probas Competencias / Resultados Horas lectivas (presenciais e virtuais) Horas traballo autónomo Horas totais
Prácticas a través de TIC A1 A6 A7 B1 B2 B3 B5 B6 B7 B8 C1 C2 C3 C6 C8 30 30 60
Presentación oral A1 C1 C2 C3 C6 C8 5 5 10
Traballos tutelados A1 C1 C2 C3 C6 C8 10 10 20
Proba obxectiva A1 A6 A7 B1 B2 B3 B5 B6 B7 B8 C1 C2 C3 C6 C8 1 14 15
Sesión maxistral A1 A6 A7 B1 B2 B3 B5 B6 B7 B8 C1 C2 C3 C6 C8 20 20 40
 
Atención personalizada 5 0 5
 
*Os datos que aparecen na táboa de planificación son de carácter orientativo, considerando a heteroxeneidade do alumnado

Metodoloxías
Metodoloxías Descrición
Prácticas a través de TIC Practicas en laboratorios de practicas
Presentación oral Exposición en publico do traballo tutelado
Traballos tutelados Traballo practico sobre o contido teórico da materia
Proba obxectiva Exame sobre os contidos teóricos e os traballos tutelados realizados durante a materia. Esta proba poderá ser compensada polos traballos tutelados.
Sesión maxistral Clases teóricas nas aulas

Atención personalizada
Metodoloxías
Traballos tutelados
Proba obxectiva
Presentación oral
Sesión maxistral
Prácticas a través de TIC
Descrición
Para resolver os aspectos mais complexos da materia, realizaranse titorías individuais ou grupais cos alumnos.

Avaliación
Metodoloxías Competencias / Resultados Descrición Cualificación
Traballos tutelados A1 C1 C2 C3 C6 C8 O traballo proposto na materia será parte da avaliación. 30
Proba obxectiva A1 A6 A7 B1 B2 B3 B5 B6 B7 B8 C1 C2 C3 C6 C8 En caso de consideralo necesario, poderase realizar un exame sobre os contidos teóricos e prácticos da materia, incluíndo os temas das clases maxistrales e os traballos tutelados que se expoñen publicamente. O profesor poderá distribuír os puntos desta proba entre as outras metodoloxías en caso de consideralo oportuno. 30
Presentación oral A1 C1 C2 C3 C6 C8 A exposición en público do traballo tutelado formará parte da valoración final da materia. 30
Prácticas a través de TIC A1 A6 A7 B1 B2 B3 B5 B6 B7 B8 C1 C2 C3 C6 C8 Valorarase a calidade e entrega en prazo nas practicas. 10
 
Observacións avaliación

Para superar a materia será preciso
obter un porcentaxe mínimo en cada unha das metodoloxías


Fontes de información
Bibliografía básica Stekel, Dov. (2003). Microarray bioinformatics. Cambridge: Cambridge University Press, 2003
Ohlebusch, Enno (2013). Bioinformatics algorithms : sequence analysis, genome rearrangements, and phylogenetic reconstruction. Ulm : Oldenbusch Verlag
Dan E. Krane, Michael L. Raymer (2003). Fundamental concepts of bioinformatics. San Francisco, California : Benjamin Cummings
Edward Keedwell and Ajit Narayanan (2005). Intelligent bioinformatics the application of artificial intelligence techniques to bioinformatics problems. Chichester : John Wiley & Sons

Graph-based Processing of Macromolecular Information, Current Bioinformatics 10(5): 606-631 (2016), DOI: 10.2174/1574893610666151008012438 | Cristian R. Munteanu, Vanessa Aguiar-Pulido, Ana Freire, Marcos Martínez-Romero, Ana B. Porto-Pazos, Javier Pereira, Julian Dorado | online


RRegrs: An R package for Computer-aided Model Selection with Multiple Regression Models, Journal of Cheminformatics  7(1), 1-16, doi:10.1186/s13321-015-0094-2 (2015) | Georgia Tsiliki, Cristian R. Munteanu, Jose A Seoane, Carlos Fernandez-Lozano, Haralambos Sarimveis, Egon L. Willighagen | GitHub| 10.5281/zenodo.21946 | online 

Bio-AIMS Collection of Chemoinformatics Web Tools based on Molecular Graph Information and Artificial Intelligence Models, Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening 18(8):735-50 (2015) | Cristian R. Munteanu, Humberto González-Díaz, Rafael García, Mabel Loza, Alejandro Pazos | online 

S2SNet: A Tool for Transforming Characters and Numeric Sequences into Star Network Topological Indices in Chemoinformatics, Bioinformatics, Biomedical, and Social-Legal sciences, Current Bioinformatics 8(4), 429-437 (2013) | Cristian R. Munteanu, Alexandre L Magalhães, Aliuska Duardo Sánchez, Alejandro Pazos, Humberto González-Díaz | online

Tutorial Biopython: http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html
Bibliografía complementaria



Recomendacións
Materias que se recomenda ter cursado previamente

Materias que se recomenda cursar simultaneamente

Materias que continúan o temario

Observacións

Materia impartida en inglés



(*)A Guía docente é o documento onde se visualiza a proposta académica da UDC. Este documento é público e non se pode modificar, salvo casos excepcionais baixo a revisión do órgano competente dacordo coa normativa vixente que establece o proceso de elaboración de guías