Denomínase xenómica ao estudo integral do funcionamento, evolución e orixe dos xenomas. A xenómica utiliza coñecementos derivados de distintas disciplinas como xenética, bioloxía molecular, bioquímica, informática, estatística, matemáticas e física.
A diferenza da xenética clásica que a partires dun fenotipo (xeralmente mutante) procura o xene ou xenes responsables dese fenotipo, a xenómica ten como obxectivo predicir a función dos xenes a partir da súa secuencia ou das súas interaccións con outros xenes.
As denominadas ciencias ómicas están na vangarda da ciencia, feito debido ás posibilidades abertas polas novas tecnoloxías de secuenciación masiva, aos avances en bioinformática e aos algoritmos cada vez máis sofisticados para análise de xenomas completos.
Competencias do título
Código
Competencias / Resultados do título
Resultados de aprendizaxe
Resultados de aprendizaxe
Competencias / Resultados do título
Utilizar ferramentas moleculares para o coñecemento do xenoma de diversos organismos
AI3 AI11
CM3
Comprender o estado actual do coñecemento no eido da xenómica estrutural, funcional e evolutiva
AI3 AI11
BI1 BI5 BI9
CM2 CM8
Comprender os mecanismos de evolución dos xenomas e das ferramentas moleculares e bioinformáticas para o seu estudo
AI3 AI11
BI1 BI5 BI9
CM2 CM8
Deseñar, interpretar e analizar experimentos e datos de microarrays de ADN
AI3 AI11
Contidos
Temas
Subtemas
O proxecto Xenoma Humano
Historia e resultados
Next Generation Sequencing (NGS)
Plataformas
Librarías paired-end
Introdución ao tratamento dos datos
Genome wide association studies (GWAS)
Digital genetic testing
Xenómica funcional
Estudo do transcriptoma: microarrais e NGS (RNA-seq)
Epixenómica
Prácticas de bioinformática
1. Tratamento de datos NGS utilizando a plataforma GALAXY.
2. Análise da expresión xénica utilizando a plataforma BABELOMICS.
3. Análise farmacoxenómica utilizando a base de datos PHARMGKB.
4. Introdución ao visor xenómico IGV.
Planificación
Metodoloxías / probas
Competencias / Resultados
Horas lectivas (presenciais e virtuais)
Horas traballo autónomo
Horas totais
Prácticas a través de TIC
A3 A11 B1 B5 B9 C2 C3
7
21
28
Sesión maxistral
A3 A11 B1 C8
14
28
42
Proba obxectiva
A3 A11 B1 C8
2
0
2
Atención personalizada
3
0
3
*Os datos que aparecen na táboa de planificación son de carácter orientativo, considerando a heteroxeneidade do alumnado
Metodoloxías
Metodoloxías
Descrición
Prácticas a través de TIC
As TIC constitúen un excelente soporte e canle para o tratamento da información e a aplicación práctica de coñecementos, facilitando a comunicación e aprendizaxe.
Sesión maxistral
O profesorado explica os contidos principais procurando a máxima interacción co alumnado.
Proba obxectiva
Proba escrita utilizada para a avaliación da aprendizaxe e que pode combinar distintos tipos de preguntas.
Atención personalizada
Metodoloxías
Prácticas a través de TIC
Descrición
A atención personalizada concíbese como tempo de interacción directa entre estudante e profesorado, ben presencialmente ben vía correo electrónico ou SKYPE.
Avaliación
Metodoloxías
Competencias / Resultados
Descrición
Cualificación
Proba obxectiva
A3 A11 B1 C8
Exame de tipo test (con posibilidade de preguntas de resposta curta) que vai avaliar a comprensión e interrelación dos contidos traballados durante as as devanditas actividades.
Cómpre acadar 28 (dos 70 puntos) nesta proba para superar a materia.
70
Prácticas a través de TIC
A3 A11 B1 B5 B9 C2 C3
A asistencia ás clases prácticas é obrigatoria.
O alumnado semipresencial que non poida asistir por causas xustificadas deberán consultar co profesorado como proceder.
Todo o alumnado terá que realizar un exame no que resolver determinados exercicios utilizando o seu ordenador persoal e os programas informáticos utilizados nas clases.
Cómpre acadar 15 (dos 30) puntos nesta proba para superar a materia.
30
Observacións avaliación
Aqueles alumnos cunha suma de puntuacións igual ou superior a 50 (de 100) puntos, pero que non acadasen os mínimos esixidos nos exames de prácticas e proba obxectiva recibirán na acta unha cualificación final de 4,5 (sobre 10). Gardaránse as cualificacións aprobadas entre primeira e segunda oportunidade.
Poderá optar a Matrícula de Honra o alumnado avaliado na primeira oportunidade.
A cualificación de NON PRESENTADO só figurará para aquel alumnado que non realizase NINGUNHA das actividades avaliables.
No caso de situacións excepcionais debidamente xustificadas poderán adoptarse medidas adicionais para que o estudante poda superar a materia, tales como flexibilidade na data de presentación de traballos ou realización dunha proba global de avaliación da aprendizaxe.
Fontes de información
Bibliografía básica
McLachlan, G. J., Do, K-A., Ambroise, C (2004). Analyzing Microarray Gene Expression Data. Wiley-Interscience. John Wiley & Sons
Pevsner, J. (2015). Bioinformatics and Functional Genomics. Wiley Blackwell
Kulkarni, S., Pfeifer, J. (2015). Clinical Genomics. A guide to Clinical NGS. Academic Press, Elsevier
Robison, P.N., Piro, R.M., Jäger, M. (2018). Computational Exome and Genome Analysis. CRC Press, Taylor & Francis Group
Bowtell, D., Sambrook, J. (2003). DNA Microarrays. Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Allison, David B., et al (2006). DNA microarrays and related genomics techniques design, analysis, and interpretation of experiments. Chapman & Hall/CRC
E. Rinaldis, A. Lahm. (2007). DNA microarrays: current applications. Wymondham: Horizon Bioscience
Brown, T. A. (2018). Genomes4. Garland Science
Bibliografía complementaria
(). .
Zhanjiang, Liu (2007). Aquaculture genome techonologies. Blackwell
Dale Jeremy (2008). From genes to genomes: concepst and applications of DNA technology. John Wiley & Sons
Sensen, Christoph W. (2005). Handbook of genome research genomics, proteomics, metabolism, bioinformatics, ethical & legal issues . Wiley-VCH
RECURSOS EN INTERNET:
Biological database compilation at NAR: http://nar.oupjournals.org/content/vol29/issue1
DOE Joint Genome Institut. Why sequence them? http://www.jgi.doe.gov/sequencing/why/index.html
Mecanismos de xeración da variación xenética/610441005
Regulación da expresión xénica/610441006
Bioinformática e Modelado de Biomoléculas/610441020
Materias que se recomenda cursar simultaneamente
Proteómica/610441013
Cromosomas: Estructura. Función e Evolución/610441015
Xenética Humana/610441016
Toxicología Xenética/610441017
Materias que continúan o temario
Traballo de Máster/610441022
Observacións
Asúmese que o alumnado que cursa esta materia conta cun nivel de inglés equivalente a un B1.
(*)A Guía docente é o documento onde se visualiza a proposta académica
da UDC. Este documento é público e non se pode modificar, salvo casos excepcionais baixo a revisión do
órgano competente dacordo coa normativa vixente que establece o proceso de elaboración de guías