Competencias do título |
Código
|
Competencias / Resultados do título
|
Resultados de aprendizaxe |
Resultados de aprendizaxe |
Competencias / Resultados do título |
Coñecer as estruturas de datos básicas e os algoritmos utilizados para o almacenamento compacto de secuencias biolóxicas e o seu procesamento. |
AP1 AP2 AP9
|
|
|
Analizar e comparar as estruturas de datos e a complexidade dos algoritmos que as manexan. |
AP2 AP3
|
BP1
|
CP6 CP7
|
Entender, analizar, deseñar e implementar solucións a diferentes problemas fundamentais do aliñamento de secuencias, como a corrección de erros nas lecturas, ensamblaxe de cóntigos, recheo de ocos, etc. |
AP1 AP2 AP3 AP8 AP9
|
BP1 BP2 BP8
|
CP6 CP7
|
Explicar, analizar, deseñar e implementar solucións a problemas relacionados coa evolución, como ensamblaxe de haplotipos, descubrimento de motivos, patróns de permutacións, reordenamiento do xenoma, etc. |
AP1 AP2 AP3 AP8 AP9
|
BP1 BP2 BP8
|
CP6 CP7
|
Contidos |
Temas |
Subtemas |
Introdución á análise de algoritmos e complexidade |
Análise de algoritmos
Complexidade |
Busca de patróns en secuencias |
Métodos de busca exacta
Métodos de busca aproximada
Árbores e arrays de sufixos |
Introdución á compresión e indexación de secuencias |
Técnicas de compresión
Índices e autoíndices |
Aplicacións sobre secuencias biolóxicas |
Comparación de secuencias
Busca de motivos
Reordenamento do xenoma
Aliñamento de secuencias
Ensamblaxe de secuencias
Análise filoxenético |
Planificación |
Metodoloxías / probas |
Competencias / Resultados |
Horas lectivas (presenciais e virtuais) |
Horas traballo autónomo |
Horas totais |
Prácticas a través de TIC |
A2 A3 B1 B2 B8 C6 C7 |
14 |
60 |
74 |
Traballos tutelados |
A1 A2 A3 A8 A9 B1 B2 B8 C6 C7 |
3 |
30 |
33 |
Proba mixta |
A1 A2 A3 A8 A9 B2 |
0 |
5 |
5 |
Sesión maxistral |
A1 A2 A3 A8 A9 |
28 |
10 |
38 |
|
Atención personalizada |
|
0 |
0 |
0 |
|
*Os datos que aparecen na táboa de planificación son de carácter orientativo, considerando a heteroxeneidade do alumnado |
Metodoloxías |
Metodoloxías |
Descrición |
Prácticas a través de TIC |
Realización de prácticas en ordenador e boletíns para desenvolver os conceptos adquiridos nas clases maxistrais. |
Traballos tutelados |
Realización dun traballo, individualmente ou en grupo, baixo a supervisión do equipo docente da materia. |
Proba mixta |
Realización dunha proba escrita para demostrar os coñecementos e competencias adquiridos en relación á materia durante as sesións maxistrais e as prácticas na aula. |
Sesión maxistral |
Exposición dos contidos da materia. |
Atención personalizada |
Metodoloxías
|
Traballos tutelados |
Prácticas a través de TIC |
|
Descrición |
Entre o alumnado haberá diferenzas notables en canto ao seu coñecemento sobre algoritmos e estructuras de datos. Por iso, prevese unha atención personalizada para as prácticas na aula e para o traballo, que se desenvolverán de forma individual ou en grupo. |
|
Avaliación |
Metodoloxías
|
Competencias / Resultados |
Descrición
|
Cualificación
|
Proba mixta |
A1 A2 A3 A8 A9 B2 |
Constará dunha proba escrita na que deben ser demostrados os coñecementos e as competencias adquiridos durante as clases maxistrais e as prácticas.
Para aprobar a materia globalmente hai que obter na proba mixta unha NOTA MÍNIMA de 1,5 (sobre 3). Non sendo así, a nota máxima GLOBAL da materia non será en ningún caso superior a un 4,9 (e polo tanto a materia se considerará SUSPENSA). |
30 |
Traballos tutelados |
A1 A2 A3 A8 A9 B1 B2 B8 C6 C7 |
Os estudantes deberán realizar un traballo, individual ou en grupo, sobre un artigo científico, tendo que defendelo de forma oral. Na segunda oportunidade a defensa do traballo realizarase mediante unha proba escrita. |
20 |
Prácticas a través de TIC |
A2 A3 B1 B2 B8 C6 C7 |
Realizarase unha avaliación do traballo realizado polo alumnado durante as prácticas. Os estudantes deberán entregar boletíns coas solucións aos problemas propostos e defendelos oralmente. Na segunda oportunidade a defensa das prácticas realizarase mediante unha proba escrita. |
50 |
|
Observacións avaliación |
PRIMEIRA OPORTUNIDADE: Terá cualificación de NON PRESENTADO calquera estudante que non realice a proba mixta. SEGUNDA OPORTUNIDADE: Poderán presentarse á segunda oportunidade ÚNICAMENTE aqueles estudantes que non superen a materia na primeira oportunidade. A recuperación de cada unha das partes farase da seguinte forma: - Prácticas (50%): os estudantes poderán repetir as prácticas propostas durante o curso nas mesmas condicións que na primeira oportunidade (as prácticas entregadas de forma tardía obterán un máximo de 80%). Así, en caso de repetir todas as prácticas, a nota máxima que pode obterse é de 4 puntos.
- Traballos tutelados (20% da nota final): a defensa realizarase mediante unha proba escrita.
- Proba mixta (30%): realización nas mesmas condicións que na primeira oportunidade.
- En caso de non realizar a recuperación dalgunha das partes, conservarase a nota obtida na primeira oportunidade nesa parte.
- Para aprobar a materia é obrigatorio obter unha nota mínima de 1,5 sobre 3 na proba mixta.
- Terá cualificación de NON PRESENTADO calquera estudante que non opte á recuperación de ningunha das partes.
OPORTUNIDADE ADIANTADA: A avaliación na oportunidade adiantada consistirá dunha proba escrita (100% da nota final), que recollerá os coñecementos e competencias adquiridos durante as sesións maxistrais, prácticas e traballo tutelado.
DISPENSA ACADÉMICA: Aqueles estudantes con matrícula a tempo parcial e dispensa académica que lles exima da asistencia ás clases deberán contactar cos docentes durante as dúas primeiras semanas de clase para establecer as condicións de entrega e defensa das prácticas e dos traballos tutelados.
|
Fontes de información |
Bibliografía básica
|
Dan Gusfield (1997). Algorithms on Strings, Trees and Sequences. Cambridge University Press
Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner (2004). An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press
Veli Mäkinen, Djamal Belazzougui, Fabio Cunial, Alexandru I. Tomescu (2015). Genome-Scale Algorithm Design. Cambridge University Press |
|
Bibliografía complementaria
|
Enno Ohlebusch (2013). Bioinformatics Algorithms: Sequence Analysis, Genome Rearrangements, and Phylogenetic Reconstruction. Oldenbusch Verlag
A. Moffat y A. Turpin (2002). Compression and Coding Algorithms. Kluwer Academic Publishers
G. Navarro y M Raffinot (2002). Flexible Pattern Matching in Strings. Cambridge University Press
T. C. Bell, J. G. Clearly y I. H. Witten (1990). Text Compression. Prentice Hall |
|
Recomendacións |
Materias que se recomenda ter cursado previamente |
Introdución á bioloxía molecular /614522004 | Xenética e evolución molecular/614522005 | Xenómica/614522006 | Fundamentos de bioinformática/614522008 | Introdución á programación/614522001 |
|
Materias que se recomenda cursar simultaneamente |
|
Materias que continúan o temario |
Procesamento avanzado de secuencias biolóxicas/614522020 | Aplicacións e tendencias en bioinformática e enxeñaría biomédica/614522021 |
|
|