Datos Identificativos 2021/22
Asignatura (*) Técnicas de Manipulación e Análise de Ácidos Nucleicos Código 653862323s
Titulación
Máster Universitario en Asistencia e Investigación Sanitaria (semipresencial)
Descriptores Ciclo Periodo Curso Tipo Créditos
Máster Oficial 2º cuatrimestre
Primero Optativa 6
Idioma
Castellano
Gallego
Inglés
Modalidad docente Híbrida
Prerrequisitos
Departamento Fisioterapia, Medicina e Ciencias Biomédicas
Coordinador/a
Díaz Prado, Silvia María
Correo electrónico
s.diaz1@udc.es
Profesorado
Díaz Prado, Silvia María
Fuentes Boquete, Isaac Manuel
Correo electrónico
s.diaz1@udc.es
i.fuentes@udc.es
Web http://http://www.udc.es/fcs/ga/index.htm
Descripción general Estudo das técnias de manipulación e análise de ácidos núcleicos de uso habitual nos laboratorios de investigación biomédica.
Plan de contingencia No caso de ter que realizar toda a docencia na modalidade a distancia, farase a seguinte adaptación da guía docente:
PRÁCTICAS DE LABORATORIO. Faranse de modo virtual a través de supostos ou casos prácticos que o/a estudante debe resolver.
SESIÓN MAXISTRAL. Impartirase a través da plataforma informática de videoconferencia.
PROBA DE RESPOSTA MÚLTIPLE. Farase a distancia a través de MOODLE.
As demais metodoloxías (ANÁLISE DE FONTES DOCUMENTAIS e TRABALLO TUTELADO) non experimentarán cambios.

Competencias del título
Código Competencias / Resultados del título
A1 Adquirir la capacidad para elegir y aplicar las metodologías de investigación más adecuadas a la investigación planteada
A2 Desarrollar la capacidad para el diseño experimental y el completo desarrollo de proyectos de investigación en el ámbito sanitario, desde la formulación de la hipótesis de investigación hasta la comunicación de los resultados
B1 Ser capaz de aplicar el método científico en la planificación y el desarrollo de la investigación sanitaria
B2 Tener fluidez y propiedad en la comunicación científica oral y escrita
B3 Adquirir el compromiso por la calidad del desarrollo de la actividad investigadora
B4 Desarrollar la capacidad de análisis y de síntesis
B5 Obtener la habilidad para manejar distintas fuentes de información
B6 Ser capaz de trabajar de forma colaborativa en equipos multi e interdisciplinar
B7 Desarrollar la capacidad de establecer una relación de empatía con los sujetos implicados en el desarrollo de la actividad investigadora
B8 CB6 Poseer y comprender conocimientos que aporten una base u oportunidad de ser originales en el desarrollo y/o aplicación de ideas, a menudo en un contexto de investigación
B9 CB7 Que los estudiantes sepan aplicar los conocimientos adquiridos y su capacidad de resolución de problemas en entornos nuevos o poco conocidos dentro de contextos más amplios (o multidisciplinares) relacionados con su área de estudio
B11 CB9 Que los estudiantes sepan comunicar sus conclusiones y los conocimientos y razones últimas que las sustentan a públicos especializados y no especializados de un modo claro y sin ambigüedades
B12 CB10 Que los estudiantes posean las habillidades de aprendizaje que les permitan continuar estudiando de un modo que habrá de ser en gran medida autodirigido o autónomo
C1 Expresarme correctamente, tanto de forma oral como escrita, en las lenguas oficiales de la comunidad autónoma
C2 Dominar la expresión y la comprensión de forma oral y escrita de un idioma extranjero
C3 Utilizar las herramientas básicas de las tecnologías de la información y las comunicaciones (TIC) necesarias para el ejercicio de su profesión y para el aprendizaje a lo largo de su vida
C5 Entender la importancia de la cultura emprendedora y conocer los medios al alcance de las personas emprendedoras
C6 Adquirir habilidades para la vida y hábitos, rutinas y estilos de vida saludables
C7 Desarrollar la capacidad de trabajar en equipos interdisciplinares o transdisciplinares, para ofrecer propuestas que contribuyan a un desarrollo sostenible ambiental, económico, político y social
C8 Valorar la importancia que tiene la investigación , la innovación y el desarrollo tecnológico en el avance socioeconómico y cultural de la sociedad
C9 Tener la capacidad de gestionar tiempos y recursos: desarrollar planes, priorizar actividades, identificar las críticas, establecer plazos y cumplirlos

Resultados de aprendizaje
Resultados de aprendizaje Competencias / Resultados del título
Conocer diferentes técnicas de aislamiento de ADN y de ARN y, en particular, la técnica de PCR. AI1
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Alcanzar una visión amplia de diferentes técnicas empleadas para la detección y análisis de la variabilidad genética y de la mutación. AI1
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Conocer el funcionamiento de la PCR a Tiempo Real. AI1
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Comprensión de la técnica de secuenciación de ADN. AI1
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Entender los principios de la técnica de FISH y conocer sus principales aplicaciones. AI1
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Adquirir un conocimiento teórico y práctico de como realizar mutagénesis del ADN. AI1
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Conocer técnicas de manipulación genética y sus aplicaciones en Ingeniería Genética. AI1
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Conocer técnicas empleadas en la generación de los vectores retrovirales y la transducción de células diana. AI1
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Contenidos
Tema Subtema
Tema 1. Los ácidos nucleicos. 1.1. Estructura de los ácidos nucleicos.
1.2. Función de los ácidos nucleicos.
1.3. Aislamiento de los ácidos nucleicos.
1.4. Cuantificación de los ácidos nucleicos.
Tema 2. La Reacción en Cadea de la Polimerasa (PCR). 2.1. Variantes del método de la PCR.
2.2 PCR cuantitativa o en tiempo real (qPCR): cuantificación absoluta y relativa.
2.3. Aplicaciones de la PCR en la investigación médica.
Tema 3. La variabilidad genética. 3.1. Técnicas del análisis de la variabilidad genética: PCR y secuenciación del ADN.
3.2. Variabilidad genética del ADN mitocondrial.
Tema 4. Herramientas bioinformáticas para el análisis de
secuencias de ácidos nucleicos.
4.1. Para el análisis de secuencias codificantes y no codificantes.
4.2. Para la búsqueda de polimorfismos y variabilidad en estudios poblacionales.
4.3. Para el análisis de secuencias repetitivas y su implicación en diversas patologías.
Tema 5. Técnicas de inmunoprecipitación de la cromatina
(ChIP).
5.1. Para la detección de proteínas unidas a secuencias de ADN (ADN-ChIP)
5.2. Para la detección de proteínas unidas a secuencias de ARN (ARN-ChIP)
Tema 6. Introducción a la citogenética molecular. 6.1. Hibridación in-situ fluorescente (FISH).
6.2. Aplicaciones de la citogenética en la investigación: DNA Breakage Detection- FISH (DBD-FISH) y COFISH.
Tema 7. Metodología de la mutagénesis aleatoria y dirigida
del ADN.
7.1. Aplicaciones prácticas de la mutagénesis aleatoria en el laboratorio de investigación.
Tema 8. Ingeniería genética. 8.1. La tecnología del ADN recombinante.
8.2. Métodos de entrega de ADN: transfección y transducción.
8.3. Investigación en animales transgénicos.
8.4. Geración de animales “knockout”.
PRÁCTICAS.
1.- Aislamiento del ARN a partir de un cultivo celular.
2.- Desarrollo de una RT-PCR
3.- Desarrollo de una PCR a tiempo real.
4.- Secuenciación de ADN.
5.- Software de análisis.
6.- Co-immunoprecipitacion.
7.- Estudio citogenético.
8.- Mutaxénese.
9.- Transfección.
10.- Observación de resultados.

PRÁCTICAS (DESARROLLO):
1.- Aislamiento del ARN a partir de un cultivo celular. Cuantificación y análisis del ARN aislado mediante bioanalizador.
2.- Desarrollo de una RT-PCR: preparación de las reacciones y programación del termociclador. Análisis del ADNc obtenido tras la RT-PCR.
3.- Desarrollo de una PCR en tiempo real: preparación de las reacciones y programación del termociclador. Interpretación de los
resultados obtenidos.
4.- Secuenciación de ADN. Visualización y funcionamiento de un secuenciador automático de ADN.
5.- Software de análisis. Empleo de diferentes softwares para el análisis de secuencias de ácidos nucleicos.
6.- Co-immunoprecipitacion e identificación de los complejos proteicos que interaccionan con una determinada proteína.
7.- Estudio citogenético. Preparación de
muestras para estudio citogenético (cariotipo y FISH). Clasificación de
cromosomas en el cariotipo e identificación de anomalías cromosómicas mediante FISH.
8.- Mutagénes. Mutagénese dirigida de dominios o residuos aminoacídicos en genes de interés clínico. Estudios fenotípicos de la selección de mutantes.
9.- Transfección de plásmidos en células eucariotas o procariotas y estudio de las células transfectadas.
10.- Observación de resultados. Observación al microscopio de líneas de empaquetamiento.

Planificación
Metodologías / pruebas Competencias / Resultados Horas lectivas (presenciales y virtuales) Horas trabajo autónomo Horas totales
Análisis de fuentes documentales A1 A2 B12 B11 B9 B8 B7 B6 B5 B4 B3 B2 B1 C9 C8 C7 C6 C5 C3 C2 C1 0 20 20
Prácticas de laboratorio A1 A2 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B11 B12 C1 C2 C3 C5 C6 C7 C8 C9 20 40 60
Prueba de respuesta múltiple A1 A2 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B11 B12 C1 C2 C3 C5 C6 C7 C8 C9 1 0 1
Sesión magistral A2 A1 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B11 B12 C1 C2 C3 C5 C6 C7 C8 C9 10 20 30
Trabajos tutelados A1 A2 B12 B11 B9 B8 B7 B6 B5 B4 B3 B2 B1 C1 C2 C3 C5 C6 C7 C8 C9 0 35 35
 
Atención personalizada 4 0 4
 
(*)Los datos que aparecen en la tabla de planificación són de carácter orientativo, considerando la heterogeneidad de los alumnos

Metodologías
Metodologías Descripción
Análisis de fuentes documentales Conjunto de procedimientos de enseñanza-aprendizaje guiados de forma presencial y/o apoyados con tecnologías de la información y las comunicaciones, que se basan en la organización de la clase en pequeños grupos en los que el alumnado trabaja conjuntamente en la resolución de tareas asignadas por el profesorado para optimizar su propio aprendizaje y el de los otros miembros del grupo.
Prácticas de laboratorio Se desarrollan técnicas de uso actual en investigación biomédica, que complementan los conocimientos impartidos en la sesión magistral.
Prueba de respuesta múltiple Prueba objetiva que consiste en plantear una cuestión en forma de pregunta directa o de afirmación incompleta, y varias opciones o alternativas de respuesta que proporcionan posibles soluciones, de las que sólo una de ellas es válida.
Sesión magistral Clase teórica participativa, favoreciendo el intercambio de opiniones, el debate y la respuesta de las preguntas formuladas por el alumnado.
Trabajos tutelados Actividad final que refleja el dominio teórico y metodológico de la materia.

Atención personalizada
Metodologías
Prácticas de laboratorio
Sesión magistral
Descripción
Al tratarse de un grupo reducido de alumnos, es posible la resolución de dudas y el seguimiento individualizado durante el mismo proceso de aprendizaje.
En particular, la sesión magistral es participativa, favoreciendo el intercambio de opiniones, el debate y la resposta de las preguntas formuladas.
Las prácticas de laboratorio son tuteladas en todo momento por el profesorado y, si es necesario, por el grupo de investigación en el que se integra el alumno (desde el comienzo de curso, cada alumno se integra en el grupo de investigación en el que va a desarrollar su Trabajo Fin de Máster).

Evaluación
Metodologías Competencias / Resultados Descripción Calificación
Trabajos tutelados A1 A2 B12 B11 B9 B8 B7 B6 B5 B4 B3 B2 B1 C1 C2 C3 C5 C6 C7 C8 C9 Actividade final que reflicte o dominio teórico e metodolóxico da materia. 50
Prueba de respuesta múltiple A1 A2 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B11 B12 C1 C2 C3 C5 C6 C7 C8 C9 Examen tipo test, en el que cada pregunta consiste en 4 afirmaciones de las que solo una es correcta. 50
 
Observaciones evaluación
<p> Para aprobar la materia, hay que obtener globalmente un mínimo de 5 sobre 10 y, en cada metodología evaluada, un mínimo de 2,5 sobre 5. </p>

Fuentes de información
Básica

Bibliografía Básica:

1.- Kristin Edwards, Julie Logan and Nick Saunders. Real Time PCR: An essential guide. Genomics Proteomics and Bioinformatics Unit, Health Protection Agency, London. Horizon Bioscience (2004).

2.- Griffiths, Miller, Suzuki, Lewontin &amp; Gelbart. Genética (7ª edición). Editorial McGraw-Hill (2001).

3.- Sambrook J et al. Molecular Cloning: A Laboratory Manual, second ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York (1989).

Complementária

Libros

- Kirstin Edwards, Julie Logan and Nick Saunders.Real Time PCR: An essential guide. Genomics Proteomics and Bioinformatics Unit, Health Protection Agency, London. Horizon Bioscience (2004).

- Rautenstrauss B, Liehr T. FISH Technology. Springer Lab Manual. Springer, Berlin (2002).

Artigos

- Bustin SA, Nolan T. Pitfalls of quantitative real-time reverse transcription polymerase chain reaction. Journal of Biomolecular Techniques 2004; 15:155-66.

- Bustin SA. Quantification of mRNA using real-time reverse transcription PCR: trends and problems. J Mol Endocrinnol 2002; 29: 23-9.

- Chen G, Sun H, Yang H, Kubelik D, Garcia B, Luo Y, Xiang Y, Qian A, Copeman L, Liu W, Cardella CJ, Wang W, Xiong Y, Wall W, White DJ, Zhong R. The role of anti-non-Gal antibodies in the development of acute humoral xenograft rejection of hDAF transgenic porcine kidneys in baboons receiving anti-Gal antibody neutralization therapy. Transplantation 2006; 81:273-83.

- Dinnyes A, Szmolenszky A. Animal cloning by nuclear transfer: state-of-the-art and future perspectives. 2005; 52:585-8.

- Helfand MS, Bethel CR, Hujer AM, Hujer KM, Anderson VE, Bonomo RA. Understanding resistance to beta-lactams and beta-lactamase inhibitors in the SHV beta-lactamase: lessons from the mutagenesis of SER-130. J Biol Chem 2003; 278:52724-9.

- Kay MA, Glorioso JC, Naldini L. Viral vectors for gene therapy: the art of turning infectious agents into vehicles of therapeutics. Nat Med 2001; 7:33-40.

- Nelson JD, Denisenko O, Bomsztyk K. Protocol for the fast chromatin immunoprecipitation (ChIP) method. Nature protocols 2006; 1:179-85.

- Rego I, Fernández-Moreno M, Fernández-López C, Gómez-Reino JJ, González A, Arenas J, Blanco FJ. Role of European mitocondrial DNA haplogroups in the prevalence of hip osteoarthritis in Galicia, Northern Spain. Ann Rheum Dis. 2010; 69:210-3.

Páxinas web

- DNA sequencing Tutorials: http://bioweb.uwlax.edu/GenWeb/Molecular/Theory/DNA_sequencing/dna_sequencing.htm

- Human Molecular Genetics 2. Tom Strachan; Ed. John Wiley &amp; Sons. A texto completo en http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=books

- Universal Probe Library de Roche Applied Science: http://www.universalprobelibrary.com


Recomendaciones
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Asignaturas que se recomienda cursar simultáneamente

Asignaturas que continúan el temario

Otros comentarios

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a. Se solicitarán mayoritariamente en formato virtual y soporte informático.

b. De realizarse en papel:

- No se emplearán plásticos.

- Se realizarán impresiones a doble cara.

- Se empleará papel reciclado.

- Se evitará la realización de borradores.

Plagio.

La detección de fraude, copia o plagio en la redacción del trabajo de la asignatura implicará un suspenso en la oportunidad de evaluación afectada (0,0) y la remisión directa a la oportunidad siguiente. Dicha circunstancia se comunicará a la Comisión Académica y al profesorado del título. En caso de que se reitere a irregularidad en una 2ª evaluación, la Comisión podrá solicitar al rector la expulsión temporal o definitiva del título cursado.



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