Competencias do título |
Código
|
Competencias / Resultados do título
|
A1 |
CE1 - Capacidade para coñecer o eido de aplicación da bioinformática e os seus aspectos más importantes |
A2 |
CE2 - Definir, avaliar e seleccionar a arquitectura e o software máis axeitado para resolver un problema no campo da Bioinformática |
A3 |
CE3 - Analizar , deseñar , desenvolver, implementar , verificar e documentar solucións software eficientes sobre a base dun coñecemento adecuado das teorías, modelos e técnicas actuais no eido da Bioinformática |
A6 |
CE6 – Capacidade para identificar as ferramentas software e fontes de datos de bioinformática máis relevantes, e adquirir destreza no seu uso |
A8 |
CE8 - Comprender a base da información do material hereditario, a súa transmisión, análise e evolución |
A9 |
CE9 - Entender os beneficios e comprender os problemas asociados a secuenciación e ao uso de secuencias biolóxicas, así como coñecer as estruturas e técnicas para o seu procesamento |
B1 |
CB6 – Posuír e comprender o coñecemento que fornecen unha base ou oportunidade de orixinalidade no desenvolvemento e / ou aplicación de ideas, a miúdo nun contexto de investigación. |
B2 |
CB7 - Que os estudantes saiban aplicar os coñecementos adquiridos e a súa capacidade de resolución de problemas en contornas novas ou pouco coñecidas dentro de contextos máis amplos (ou multidisciplinares) relacionados coa súa área de estudo |
B8 |
CG3 - Ser capaz de traballar en equipa, en especial de carácter interdisciplinar |
C6 |
CT6 - Valorar criticamente o coñecemento, a tecnoloxía e a información dispoñibles para resolver os problemas cos que deben enfrontarse |
C7 |
CT7 - Manter e asentar estratexias encamiñadas a actualización científica como criterio de mellora profesional. |
Resultados de aprendizaxe |
Resultados de aprendizaxe |
Competencias / Resultados do título |
Coñecer as principais estruturas de datos usadas no estado da arte para o almacenamento compacto e auto-indexado de secuencias, e algoritmos para o seu uso. |
AP1 AP2 AP9
|
|
|
Crear estruturas de datos comprimidas para realizar tarefas de análise e aliñamento de secuencias de forma eficiente en tempo e espazo. |
AP2 AP3 AP6 AP8
|
BP1 BP2 BP8
|
CP6 CP7
|
Coñecer os problemas asociados á predicción da estrutura secundaria e terciaria das proteínas e a súa importancia, así como os principais métodos de predicción do estado da arte. |
AP1 AP2 AP3 AP6 AP9
|
BP1
|
CP6 CP7
|
Contidos |
Temas |
Subtemas |
Compresión de secuencias biolóxicas |
Lempel-Ziv
Compresión de gramáticas |
Indexación de secuencias biolóxicas |
Transformada de Burrows-Wheeler
FM-index
Aplicacións en busca e ensamblaxe |
Representación sucinta de grafos e redes biolóxicas |
Estruturas para a representación compacta de grafos
Representación de redes biolóxicas
Aplicacións a secuencias biolóxicas |
Predicción de estrutura de proteínas
|
Conceptos básicos de proteínas
Predicción de estrutura secundaria con métodos de aprendizaxe máquina
Métodos de predicción de estrutura terciaria
Modelado do plegado de proteínas |
Planificación |
Metodoloxías / probas |
Competencias / Resultados |
Horas lectivas (presenciais e virtuais) |
Horas traballo autónomo |
Horas totais |
Sesión maxistral |
A1 A2 A3 A6 A8 A9 |
11 |
11 |
22 |
Proba mixta |
A1 A2 A3 A6 A8 A9 B2 |
4 |
0 |
4 |
Prácticas a través de TIC |
A1 A2 B1 B2 B8 C6 C7 |
10 |
38 |
48 |
|
Atención personalizada |
|
1 |
0 |
1 |
|
*Os datos que aparecen na táboa de planificación son de carácter orientativo, considerando a heteroxeneidade do alumnado |
Metodoloxías |
Metodoloxías |
Descrición |
Sesión maxistral |
Exposición dos contidos da materia |
Proba mixta |
Realización dunha proba final para demostrar os coñecementos e competencias adquiridos durante as sesións maxistrais e as prácticas na aula |
Prácticas a través de TIC |
Realización de prácticas, individuais ou en grupo, para desenvolver os conceptos adquiridos nas clases maxistrais |
Atención personalizada |
Metodoloxías
|
Prácticas a través de TIC |
|
Descrición |
Entre o alumnado pode haber diferenzas no nivel de coñecemento dos algoritmos e técnicas específicas utilizados como base para a asignatura. Prevese unha atención personalizada para o traballo realizado nas prácticas a través do apoio na clase, titorías e revisións parciais. |
|
Avaliación |
Metodoloxías
|
Competencias / Resultados |
Descrición
|
Cualificación
|
Proba mixta |
A1 A2 A3 A6 A8 A9 B2 |
Constará dunha proba na que deben ser demostrados os coñecementos e competencias adquiridos.
Para aprobar a materia globalmente hai que obter unha NOTA MÍNIMA de 1 (sobre 2) nesta proba. Non sendo así, a nota máxima global da materia non será en ningún caso superior a 4,0 e a materia considerarase suspensa. |
20 |
Prácticas a través de TIC |
A1 A2 B1 B2 B8 C6 C7 |
Os estudantes deberán entregar boletíns cos resultados das prácticas realizadas ou solución aos problemas propostos. |
80 |
|
Observacións avaliación |
PRIMEIRA OPORTUNIDADE
Terá calificación de NON PRESENTADO calquera estudante que non realice a proba mixta. SEGUNDA OPORTUNIDADESó poderán presentarse á segunda oportunidade aqueles estudantes que non superen a materia na primeira oportunidade. Na segunda oportunidade poderán recuperarse todas as prácticas individuais e a proba mixta. Só se poderán recuperar aquelas partes non entregadas na primeira oportunidade ou nas que non se tivese acadado un 50% da cualificación máxima. En caso de non recuperar algunha parte, conservarase a nota obtida nesa parte na primeira oportunidade. Nas partes recuperadas, perderase a nota da primeira oportunidade e a cualificación será a obtida na segunda oportunidade. Na segunda oportunidade terá calificación de NON PRESENTADO calquera estudante que non opte a recuperar ningunha das partes. OPORTUNIDADE ADIANTADA: A avaliación na oportunidade
adiantada consistirá dunha proba escrita (100% da nota final), que
recollerá os coñecementos e competencias adquiridos durante as sesións
maxistrais e as prácticas.
DISPENSA ACADÉMICA: Aqueles
estudantes con matrícula a tempo parcial e dispensa académica que lles
exima da asistencia ás clases deberán contactar cos docentes durante as
dúas primeiras semanas de clase para establecer as condicións de entrega
e defensa das prácticas. FRAUDE E RESPONSABILIDADES DISCIPLINARIAS: A realización fraudulenta das probas de avaliación conlevará a calificación de suspenso (0) na convocatoria correspondente. Na realización de prácticas, o plaxio ou uso de material non orixinal poderá ser causa de caulificación de suspenso (0) na práctica correspondente. Todo esto sen prexuído das responsabilidades disciplinarias que puidesen darse de acordo coa normativa xeral da UDC.
|
Fontes de información |
Bibliografía básica
|
N. C. Jones, P. A. Pevzner (2004). An introduction to bioinformatics algorithms. MIT Press
V. Mäkinen, D. Belazzougui, F. Cunial, A.I.Tomescu (2015). Genome-scale algorithm design. Cambridge University Press
A. Tramontano (2006). Protein structure prediction: Concepts and Applications. Wiley-VCH |
|
Bibliografía complementaria
|
T.K. Attwood, D.J. Parry-Smith (2002). Introducción a la bioinformática. Pearson educacion |
|
Recomendacións |
Materias que se recomenda ter cursado previamente |
Estruturas de datos e algoritmia para secuencias biolóxicas/614522013 |
|
Materias que se recomenda cursar simultaneamente |
|
Materias que continúan o temario |
|
|