Datos Identificativos 2023/24
Asignatura (*) Genómica Código 610441015
Titulación
Máster Universitario en Bioloxía Molecular, Celular e Xenética
Descriptores Ciclo Periodo Curso Tipo Créditos
Máster Oficial 2º cuatrimestre
Primero Optativa 3
Idioma
Castellano
Gallego
Inglés
Modalidad docente Presencial
Prerrequisitos
Departamento Bioloxía
Departamento profesorado máster
Coordinador/a
Vila Taboada, Marta
Correo electrónico
marta.vila.taboada@udc.es
Profesorado
Becerra Fernandez, Manuel
Vila Taboada, Marta
Correo electrónico
manuel.becerra@udc.es
marta.vila.taboada@udc.es
Web
Descripción general Denomínase xenómica ao estudo integral do funcionamento, evolución e orixe dos xenomas. A xenómica utiliza coñecementos derivados de distintas disciplinas como xenética, bioloxía molecular, bioquímica, informática, estatística, matemáticas e física.
A diferenza da xenética clásica que a partires dun fenotipo (xeralmente mutante) procura o xene ou xenes responsables dese fenotipo, a xenómica ten como obxectivo predicir a función dos xenes a partir da súa secuencia ou das súas interaccións con outros xenes.
As denominadas ciencias ómicas están na vangarda da ciencia, feito debido ás posibilidades abertas polas novas tecnoloxías de secuenciación masiva, aos avances en bioinformática e aos algoritmos cada vez máis sofisticados para análise de xenomas completos.

Competencias del título
Código Competencias / Resultados del título
A3 Capacidad de utilizar herramientas Bioinformáticas a nivel de usuario.
A11 Capacidad de comprender la estructura, función y evolución de los genomas y aplicar las herramientas necesarias para su estudio.
B1 Capacidad de análisis y síntesis de problemas biológicos en relación con la Biología Molecular, Celular y Genética.
B5 Capacidad para la redacción, representación, análisis, interpretación y exposición de documentación técnica y de datos relevantes en el ámbito de la rama de conocimiento del máster en la lengua nativa y al menos en otra lengua de difusión Internacional.
B9 Capacidad de preparación, exposición y defensa de un trabajo.
C2 Capacidad de conocer y usar apropiadamente la terminología técnica del ámbito del conocimiento del máster, en la lengua nativa y en inglés, como idioma de difusión internacional en este campo
C3 Utilizar las herramientas básicas de las tecnologías de la información y las comunicaciones (TIC) necesarias para el ejercicio de su profesión y para el aprendizaje a lo largo de su vida.
C8 Valorar la importancia que tiene la investigación, la innovación y el desarrollo tecnológico en el avance socioeconómico y cultural de la sociedad.

Resultados de aprendizaje
Resultados de aprendizaje Competencias / Resultados del título
Utilizar herramientas moleculares para el conocimiento del genoma de diversos organismos AI3
AI11
CM3
Comprender el estado actual del conocimiento en el campo de la genómica estructural, funcional y evolutiva AI3
AI11
BI1
BI5
BI9
CM2
CM8
Comprender los mecanismos de evolución de los genomas y de las herramientas moleculares y bioinformáticas para su estudio AI3
AI11
BI1
BI5
BI9
CM2
CM8
Diseñar, interpretar y analizar experimentos y datos de microarrays de ADN AI3
AI11

Contenidos
Tema Subtema
Next Generation Sequencing (NGS) Plataformas
Librerías paired-end
Generalidades sobre el tratamiento de datos
Whole Genome Sequencing Anotación
Genómica comparada
Metagenómica Metabarcoding
Genómica clínica Amplicon-seq
Panel-seq
Exome-seq
Farmacogenómica
Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) Genome wide association studies (GWAS)
Digital genetic testing
Genómica funcional Estudio del transcriptoma: microarrays y NGS (RNA-seq)
Prácticas de bioinformática 1. Tratamiento de datos NGS utilizando la plataforma GALAXY
2. Análisis de expresión génica utilizando la plataforma GALAXY.
3. Análisis farmacogenómico utilizando la base de datos PHARMGKB.
4. Introducción al visor genómico IGV.

Planificación
Metodologías / pruebas Competencias / Resultados Horas lectivas (presenciales y virtuales) Horas trabajo autónomo Horas totales
Prácticas a través de TIC A3 A11 B1 B5 B9 C2 C3 7 21 28
Sesión magistral A3 A11 B1 C8 14 28 42
Prueba objetiva A3 A11 B1 C8 2 0 2
 
Atención personalizada 3 0 3
 
(*)Los datos que aparecen en la tabla de planificación són de carácter orientativo, considerando la heterogeneidad de los alumnos

Metodologías
Metodologías Descripción
Prácticas a través de TIC Las TIC constituyen un excelente soporte y canal para el tratamiento de la información y la aplicación práctica de conocimientos, facilitando así la comunicación y aprendizaje.
Sesión magistral El profesorado explica el contenido principal de cada tema buscando la máxima interacción con el alumnado.
Prueba objetiva Proba escrita utilizada para la evaluación del aprendizaje y que puede combinar distintos tipos de preguntas.

Atención personalizada
Metodologías
Prácticas a través de TIC
Descripción
La atención personalizada se concibe como tiempo de interacción directa del/a estudiante con el/la profesor/a, bien presencialmente, bien vía telemática.

Evaluación
Metodologías Competencias / Resultados Descripción Calificación
Prueba objetiva A3 A11 B1 C8 El examen (tipo test con posibles preguntas de respuesta corta) evaluará la comprensión e interrelación de los contenidos trabajados en la materia. 70
Prácticas a través de TIC A3 A11 B1 B5 B9 C2 C3 La asistencia a las clases prácticas es obligatoria para el alumnado presencial.
Se evaluarán dos documentos/informes que la/el alumna/o presentará conforme a las indicaciones de cada profesor/a. En esos documentos, deberá resolver determinas cuestiones/ejercicios utilizando su ordenador personal y los programas informáticos utilizados en las clases.
30
 
Observaciones evaluación

Aquellas/os alumnas/os con suma de puntuaciones igual o superior a 50 (de 100) puntos, pero que no alcanzasen los mínimos exigidos en cada una de las partes (prácticas: 15 de 30 puntos; teoría: 28 de 70 puntos) recibirán en acta una calificación final de 4,5 (sobre 10). Se guardarán las calificaciones aprobadas entre primera y segunda oportunidad.

Podrá optar a Matrícula de Honor el alumnado evaluado en la primera oportunidad.

La calificación de NO PRESENTADO solo se aplicará al alumnado que NO realizase NINGUNA de las actividades evaluables.

En el caso de situaciones excepcionales debidamente justificadas podrán adoptarse medidas adicionales para que el estudiante pueda superar la materia, tales como flexibilidad en la fecha de presentación de trabajos o realización de una prueba global de evaluación de los resultados del aprendizaje.

Implicaciones de PLAGIO en la calificación: se aplicará la normativa vigente en la UDC.


Fuentes de información
Básica McLachlan, G. J., Do, K-A., Ambroise, C (2004). Analyzing Microarray Gene Expression Data. Wiley-Interscience. John Wiley & Sons
Pevsner, J. (2015). Bioinformatics and Functional Genomics. Wiley Blackwell
Kulkarni, S., Pfeifer, J. (2015). Clinical Genomics. A guide to Clinical NGS. Academic Press, Elsevier
Robison, P.N., Piro, R.M., Jäger, M. (2018). Computational Exome and Genome Analysis. CRC Press, Taylor & Francis Group
Bowtell, D., Sambrook, J. (2003). DNA Microarrays. Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Allison, David B., et al (2006). DNA microarrays and related genomics techniques design, analysis, and interpretation of experiments. Chapman & Hall/CRC
E. Rinaldis, A. Lahm. (2007). DNA microarrays: current applications. Wymondham: Horizon Bioscience
Brown, T. A. (2018). Genomes4. Garland Science

Complementária (). .
Zhanjiang, Liu (2007). Aquaculture genome techonologies. Blackwell
Dale Jeremy (2008). From genes to genomes: concepst and applications of DNA technology. John Wiley & Sons
Sensen, Christoph W. (2005). Handbook of genome research genomics, proteomics, metabolism, bioinformatics, ethical & legal issues . Wiley-VCH

RECURSOS EN INTERNET:


Biological database compilation at NAR:
http://nar.oupjournals.org/content/vol29/issue1

DOE Joint Genome Institut. Why sequence them?
http://www.jgi.doe.gov/sequencing/why/index.html

EMBL (European Molecular BIology Laboratory), Bioinformatics.
http://www-db.embl.de/jss/servlet/de.embl.bk.emblGroups.EmblGroupsOrg/serv_0?t=0

ExPASy (Expert Protein Analysis System).
http://us.expasy.org/

GeneMark:
http://opal.biology.gatech.edu/GeneMark/

GenomeNet (Kyoto University Bioinformatics Center).
http://www.genome.jp/

Genoscope. Le séquençage des génomes.
http://www.genoscope.cns.fr/externe/Francais/Sequencage/

GOLD (Genomes Online Database).
http://www.genomesonline.org/

Human genome: advanced annotation tutorial.

http://www.mad-cow.org/00/annotation_tutorial.html

Human Genome Project Information.

http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/home.shtml

Iañez Pareja, E. (1997). Introducción a los Proyectos Genoma.
http://www.ugr.es/~eianez/Biotecnologia/genoma-2.html

KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes).
http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html

Nacional Human Genome Research Institute:
http://www.genome.gov/

NCBI (National Center for Biotechnology Information).
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

The Sanger Institute.
http://www.sanger.ac.uk/

TIGR (The Institute for Genomic Research).
http://www.tigr.org/

tRNAscan-SE 1.21.
http://www.genetics.wustl.edu/eddy/tRNAscan-SE/

The WWW Virtual Library: Model Organisms:
http://www.ceolas.org/VL/mo/

ALGUNAS BASES DE DATOS DE MICROARRAYS DE ADN

ArrayExpress

http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/

ChipDB

http://staffa.wi.mit.edu/chipdb/public/

ExpressDB

http://twod.med.harvard.edu/ExpressDB/

Gene Expression Omnibus (GEO)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

READ (RIKEN cDNA Expression Array Database)

http://read.gsc.riken.go.jp/

Saccharomyces Genome Database (SGD)

http://genome-www4.Stanford.EDU/cgi-bin/SGD/expression/expressionConnection.pl

Standford Microarray Database ( SMD)

http://genome-www5.stanford.edu/

The Yale Microarray Database

http://www.med.yale.edu/microarray/

yeast Microarray Global Viewer (yMGV)

http://www.transcriptome.ens.fr/ymgv/


Recomendaciones
Asignaturas que se recomienda haber cursado previamente
Técnicas Celulares/610441001
Técnicas Moleculares/610441002
Mecanismos de generación de la variación genética/610441005
Regulación de la expresión génica/610441006
Bioinformática y Modelado de Biomoléculas/610441021

Asignaturas que se recomienda cursar simultáneamente
Proteómica/610441014
Cromosomas: Estructura. Función y Evolución/610441016
Genética Humana/610441017
Toxicología Genética/610441018

Asignaturas que continúan el temario
Trabajo de Máster/610441023

Otros comentarios

Se asume que el alumnado que curse esta materia cuenta con un nivel de inglés equivalente a un B1.

Programa Green Campus Facultade de Ciencias

Para ayudar a conseguir un entorno inmediato sostenible y cumplir con el punto 6 de la "Declaración Ambiental de la Facultad de Ciencias (2020)", los trabajos documentales que se realicen en esta materia se solicitarán en formato virtual y soporte informático.



(*) La Guía Docente es el documento donde se visualiza la propuesta académica de la UDC. Este documento es público y no se puede modificar, salvo cosas excepcionales bajo la revisión del órgano competente de acuerdo a la normativa vigente que establece el proceso de elaboración de guías