Identifying Data 2023/24
Subject (*) Computational Nanoscience and Nanotechnology Code 610G04034
Study programme
Grao en Nanociencia e Nanotecnoloxía
Descriptors Cycle Period Year Type Credits
Graduate 1st four-month period
Fourth Obligatory 6
Language
Spanish
Galician
English
Teaching method Face-to-face
Prerequisites
Department Matemáticas
Química
Coordinador
Santaballa Lopez, Juan Arturo
E-mail
arturo.santaballa@udc.es
Lecturers
Ferreiro Ferreiro, Ana María
García Rodríguez, José Antonio
Santaballa Lopez, Juan Arturo
E-mail
ana.fferreiro@udc.es
jose.garcia.rodriguez@udc.es
arturo.santaballa@udc.es
Web http://Campus Virtual / TEAMS da asignatura
General description Esta asignatura proveerá @ estudante coas ferramentas necesarias para entender os fundamentos matemáticos e químico-físicos da simulación computacional de nanomateriais, así como o manexo práctico das técnicas e aplicacións informáticas de cara a súa modelización e simulación.
Trátase de coñecemento, na escala nanométrica, de utilidade en diversos campos: ciencia de materiais, química, física, medicina, bioloxía, enxeñaría, así como na tecnoloxía.

Study programme competencies
Code Study programme competences
A1 CE1 - Comprender los conceptos, principios, teorías y hechos fundamentales relacionados con la Nanociencia y Nanotecnología.
A2 CE2 - Aplicar los conceptos, principios, teorías y hechos fundamentales relacionados con la Nanociencia y Nanotecnología a la resolución de problemas de naturaleza cuantitativa o cualitativa.
A3 CE3 - Reconocer y analizar problemas físicos, químicos, matemáticos, biológicos en el ámbito de la Nanociencia y Nanotecnología, así como plantear respuestas o trabajos adecuados para su resolución, incluyendo el uso de fuentes bibliográficas.
A5 CE5 - Conocer los rasgos estructurales de los nanomateriales, incluyendo las principales técnicas para su identificación y caracterización
A7 CE7 - Interpretar los datos obtenidos mediante medidas experimentales y simulaciones, incluyendo el uso de herramientas informáticas, identificar su significado y relacionarlos con las teorías químicas, físicas o biológicas apropiadas.
B2 CB2 - Que los estudiantes sepan aplicar sus conocimientos a su trabajo o vocación de una forma profesional y posean las competencias que suelen demostrarse por medio de la elaboración y defensa de argumentos y la resolución de problemas dentro de su área de estudio
B3 CB3 - Que los estudiantes tengan la capacidad de reunir e interpretar datos relevantes (normalmente dentro de su área de estudio) para emitir juicios que incluyan una reflexión sobre temas relevantes de índole social, científica o ética
B4 CB4 - Que los estudiantes puedan transmitir información, ideas, problemas y soluciones a un público tanto especializado como no especializado
B5 CB5 - Que los estudiantes hayan desarrollado aquellas habilidades de aprendizaje necesarias para emprender estudios posteriores con un alto grado de autonomía
B6 CG1 - Aprender a aprender
B7 CG2 - Resolver problemas de forma efectiva.
B8 CG3 - Aplicar un pensamiento crítico, lógico y creativo.
B9 CG4 - Trabajar de forma autónoma con iniciativa.
B10 CG5 - Trabajar de forma colaborativa.
B11 CG6 - Comportarse con ética y responsabilidad social como ciudadano/a y como profesional.
B12 CG7 - Comunicarse de manera efectiva en un entorno de trabajo.
C1 CT1 - Expresarse correctamente, tanto de forma oral coma escrita, en las lenguas oficiales de la comunidad autónoma
C3 CT3 - Utilizar las herramientas básicas de las tecnologías de la información y las comunicaciones (TIC) necesarias para el ejercicio de su profesión y para el aprendizaje a lo largo de su vida
C7 CT7 - Desarrollar la capacidad de trabajar en equipos interdisciplinares o transdisciplinares, para ofrecer propuestas que contribuyan a un desarrollo sostenible ambiental, económico, político y social.
C8 CT8 - Valorar la importancia que tiene la investigación, la innovación y el desarrollo tecnológico en el avance socioeconómico y cultural de la sociedad

Learning aims
Learning outcomes Study programme competences
CE1 - Comprender los conceptos, principios, teorías y hechos fundamentales relacionados con la Nanociencia y Nanotecnología. A1
CE2 - Aplicar los conceptos, principios, teorías y hechos fundamentales relacionados con la Nanociencia y Nanotecnología a la resolución de problemas de naturaleza cuantitativa o cualitativa. A2
CE3 - Reconocer y analizar problemas físicos, químicos, matemáticos, biológicos en el ámbito de la Nanociencia y Nanotecnología, así como plantear respuestas o trabajos adecuados para su resolución, incluyendo el uso de fuentes bibliográficas. A3
CE5 - Conocer los rasgos estructurales de los nanomateriales, incluyendo las principales técnicas para su identificación y caracterización A5
CE7 - Interpretar los datos obtenidos mediante medidas experimentales y simulaciones, incluyendo el uso de herramientas informáticas, identificar su significado y relacionarlos con las teorías químicas, físicas o biológicas apropiadas. A7
CB2 - Que los estudiantes sepan aplicar sus conocimientos a su trabajo o vocación de una forma profesional y posean las competencias que suelen demostrarse por medio de la elaboración y defensa de argumentos y la resolución de problemas dentro de su área de estudio B2
CB3 - Que los estudiantes tengan la capacidad de reunir e interpretar datos relevantes (normalmente dentro de su área de estudio) para emitir juicios que incluyan una reflexión sobre temas relevantes de índole social, científica o ética B3
CB4 - Que los estudiantes puedan transmitir información, ideas, problemas y soluciones a un público tanto especializado como no especializado B4
CB5 - Que los estudiantes hayan desarrollado aquellas habilidades de aprendizaje necesarias para emprender estudios posteriores con un alto grado de autonomía B5
CG1 - Aprender a aprender B6
CG2 - Resolver problemas de forma efectiva. B7
CG3 - Aplicar un pensamiento crítico, lógico y creativo. B8
CG4 - Trabajar de forma autónoma con iniciativa. B9
CG5 - Trabajar de forma colaborativa. B10
CG7 - Comunicarse de manera efectiva en un entorno de trabajo. B12
CT1 - Expresarse correctamente, tanto de forma oral coma escrita, en las lenguas oficiales de la comunidad autónoma C1
CT3 - Utilizar las herramientas básicas de las tecnologías de la información y las comunicaciones (TIC) necesarias para el ejercicio de su profesión y para el aprendizaje a lo largo de su vida C3
CT7 - Desarrollar la capacidad de trabajar en equipos interdisciplinares o transdisciplinares, para ofrecer propuestas que contribuyan a un desarrollo sostenible ambiental, económico, político y social. C7
CT8 - Valorar la importancia que tiene la investigación, la innovación y el desarrollo tecnológico en el avance socioeconómico y cultural de la sociedad C8
CG6 - Comportarse con ética y responsabilidad social como ciudadano/a y como profesional. B11

Contents
Topic Sub-topic
Ab initio methodology (Hartree-Fock and post-HF) Fundamentals and initial approaches. Hartree-Fock method. Roothan equations. Basis functions. Basis superposition error (BSSE). Correlation energy. Interaction of configurations. Møller-Plesset (MPx) methods. Coupled clustering methods. Self-consistent multiconfiguration methods. QM/MM methods. Use of programs for ab initio calculations. Critical analysis of the results.
Density functional theory: Kohn-Sham approximation Theorems and fundamental equations (Hohenberg-Kohn and Kohn-Sham). Exchange-correlation functional. Jacob's ladder (approximations: local density, generalized gradient and generalized metagradient; orbital-dependent and exact exchange functionals; hybrid functionals). Excited states (TD-DFT). Use of programs for DFT calculations. Critical analysis of the results.
Molecular dynamics simulations Molecular simulation in general. Equations of motion (Verlet's algorithm). Collectives. Interaction potentials. Correlation functions Trajectories. Calculation of properties Molecular coupling. Ab initio molecular dynamics. Use of molecular dynamics and docking programs. Critical analysis of the results.
Medium simulation methods: periodic systems Solvent modeling. Hartree-Fock, post-HF, DFT and molecular dynamics in periodic systems. Application to nanostructured materials: graphene, carbides and carbon, metal/oxide interfaces and molecules on surfaces. Critical analysis of the results.
Métodos numéricos para nanotecnoloxía computacional -Introducción ao método dos elementos finitos. Método de Ritz-Galerkin. Formulación variacional. Elementos finitos dimensión 1. Formulación variacional do problema de valores propios e funcións propias. Aplicación ao cálculo de enerxía mediante o método dos elementos finitos. Elementos finitos de maior dimensión.

- Introdución ao método Montecarlo. Procesos estocásticos: procesos markovianos. Método Metropolis (MCM, Markov Chained Monte Carlo).
Numerical methods for computational nanotechnology -Introducción ao método dos elementos finitos. Método de Ritz-Galerkin. Formulación variacional. Elementos finitos dimensión 1. Formulación variacional do problema de valores propios e funcións propias. Aplicación ao cálculo de enerxía mediante o método dos elementos finitos. Elementos finitos de maior dimensión.

- Introdución ao método Montecarlo. Procesos estocásticos: procesos markovianos. Método Metropolis (MCM, Markov Chained Monte Carlo).

Planning
Methodologies / tests Competencies Ordinary class hours Student’s personal work hours Total hours
Seminar A1 A2 A3 A5 A7 B2 B3 B6 B7 B8 B9 B10 B12 8 12 20
Multiple-choice questions A1 A2 A3 A5 A7 B2 B8 C3 1 2 3
Case study A1 A2 A3 A5 A7 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B10 C3 C7 C8 2 7 9
Glossary A1 A5 B3 B4 B5 B6 B8 B9 B10 B12 C1 C3 0 3 3
Student portfolio A1 A2 A3 A5 A7 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B10 B12 C1 C3 C7 6 0 6
Laboratory practice A2 A3 A7 B5 B6 B7 B8 B9 B10 B11 C3 C8 15 0 15
Practical test: A1 A2 A3 A5 A7 B3 B4 B7 B8 B11 2 4 6
Oral presentation A7 B2 B3 B4 B12 C1 1 3 4
Guest lecture / keynote speech A1 A5 28 56 84
 
Personalized attention 2 0 2
 
(*)The information in the planning table is for guidance only and does not take into account the heterogeneity of the students.

Methodologies
Methodologies Description
Seminar • Permiten o/a profesor/a coñecer o grao e os erros de aprendizaxe, as carencias e limitacións no uso das ferramentas de traballo.
• Plantearanse casos prácticos e/ou resolveranse dúbidas.
• Realizaranse prácticas TIC
• Poderán realizarse probas tipo test.
• As actividades que se realicen poderán ser en grupo e/ou individuais.
• Implica a participación activa d@s estudantes.
Multiple-choice questions O longo do curso realizaranse unha serie de probas para avaliar a aprendizaxe dos conceptos, destrezas, competencias e habilidades asociados á asignatura. Esta actividade pode implicar o emprego de plataformas como o Campus Virtual, ferramentas a dispor no paquete Office365 e/ou aplicacións dispoñibles en Internet.
Case study • Trátase dunha estratexia de aprendizaxe activo.
• A partires da presentación dun caso, @s estudantes deberán elaborar unha ou varias hipóteses, aplicar a(s) correspondente(s) teoría(s), describir e rexistar os feitos do caso, realizar cálculos, comprobar e/ou comparar, no seu caso, con casos similares.
Glossary • Emprégase como estratexia de aprendizaxe activo.
• @ estudante deberá seleccionar, estruturar e secuenciar o contido da asignatura.
Student portfolio • Permite recoller evidencias do aprendido resultado de diferentes actividades realizadas polo/a estudante.
• Búscase que @ estudante participe de xeito activo implicándose no seu propio proceso de aprendizaxe.
Laboratory practice • Implican tanto o uso do superordenador do Centro de Computación de Galicia (CESGA) como de aplicacións a dispor no aula de informática e/ou en Internet.
• Realizaranse no aula de informática nos días e horas que establece o correspondente calendario, en grupos preferentemente de non mais de 10 estudantes.
• O remate das mesmas, e nas datas establecidas, deberá entregarse o correspondente informe co contido, formato e medio que se indique.
Practical test: Proba final implicando a resolución de problemas e/ou análise crítico de material obtido en cálculos relacionados cos contidos da asignatura. Trátase de que @s estudantes evidencien o seu aproveitamento, de forma práctica, da asignatura.
Oral presentation Exposición oral dun traballo preparado en grupo sobre as prácticas de laboratorio, proposto pol@ profesor/a. Na actividade se inclúe un debate posterior sobre o tema obxecto da presentación.
Guest lecture / keynote speech • Duración de aproximadamente cincuenta minutos e impartiranse no horario aprobado pola Xunta de Facultade.
• As sesións serán do tipo lección maxistral nas que o/a profesor/a presentará os temas da asignatura co apoio, de selo caso, dos medios audiovisuales necesarios, indicando @s alumn@s o máis importante a ter en conta á hora do estudio e recomendándolles capítulos de libros, e/ou outros materiais, adecuados para a súa maior comprensión.
• Incentivarase a participación d@ estudante nas clases, o que pode incluir a realización de tests.
• O/a profesor/a facilitará o acceso d@s estudantes o material audiovisual utilizado nas sesións, así como outro tipo de material complementario, para que lles sirva na súa aprendizaxe. O acceso os devanditos materiais será ben a través do Campus Virtual da Universidade ou de aplicacións similares.

Personalized attention
Methodologies
Case study
Student portfolio
Oral presentation
Description


Assessment
Methodologies Competencies Description Qualification
Seminar A1 A2 A3 A5 A7 B2 B3 B6 B7 B8 B9 B10 B12 Valórase a participación resolvendo problemas, prantexando dúbidas, e respostando cuestións que indique o/a profesor/a. así como a entrega dos exercicios e a realización das actividades propostas, tanto on-line como off-line.
É obrigatorio ter realizado alomenos o 50% das actividades propostas.
35
Multiple-choice questions A1 A2 A3 A5 A7 B2 B8 C3 O longo do curso plantearanse este tipo de probas, ON LINE, co gallo de coñecer o grao de adquisición de coñecementos relativos o contido da asignatura. 5
Case study A1 A2 A3 A5 A7 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B10 C3 C7 C8 Plantearanse casos reais que haberán de ser analizados críticamente en relación cos contidos da asignatura. 10
Glossary A1 A5 B3 B4 B5 B6 B8 B9 B10 B12 C1 C3 Valorarase a confección do glosario como instrumento de ràpido acceso a termos relevantes na asignatura. 10
Student portfolio A1 A2 A3 A5 A7 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B10 B12 C1 C3 C7 Á hora de valora-lo considerarase tanto o número como a calidade das actividades, relacionadas coa asignatura propostas polo profesorado, que conteña. 10
Laboratory practice A2 A3 A7 B5 B6 B7 B8 B9 B10 B11 C3 C8 • Asistencia obrigatoria. A non asistencia ás prácticas de laboratorio supón o suspenso na asignatura. En casos moi xustificados pódese suplir a asistencia mediante a realización dun exame práctico relacionado coas prácticas non realizadas.
• Valorarase a aprendizaxe do manexo de superordenador do CESGA e a realización de cálculos, directamente relacionados co contido da asignatura, en diversos programas e aplicacións informáticas.
• Forma parte da avaliación un informe coa análise crítico dos resultados obtidos nas prácticas.
10
Practical test: A1 A2 A3 A5 A7 B3 B4 B7 B8 B11 Proporase unha ou máis situacións onde haberá que aplicar, de xeito práctico, contidos da asignatura, ademáis de chegar a un resultado concreto valorarase tamén a súa análise crítica.
A realización da proba práctica é obrigatoria.
10
Oral presentation A7 B2 B3 B4 B12 C1 A presentación oral, actividade grupal e obrigatoria, versará sobre unha das prácticas de laboratorio e/ou sobre o estudo dun caso, terase en conta:
• Calidade da información contida na presentación.
• Habilidades amosadas na presentación.
• Capacidade para defende-lo traballo presentado.
10
 
Assessment comments

A non participación en calquera das actividades sinaladas como obrigatorias, incluido o establecido relativo os seminarios, implica o suspenso na asignatura. A cualificación que figurará no acta será como máximo 4.9 (sobre 10) sempre que a media ponderada considerando tódalas actividades avaliables produza un valor superior a cinco sobre dez.

Para que as actividades avaliables, agás a proba práctica, participen na cualificación final é preciso obter unha cualificación mínima de catro sobre dez na proba práctica. Cumplido ese requisito o aprobado da asignatura, en calquera de ambas oportunidades, sitúase nunha cualificación mínima de cinco sobre dez tendo en conta as cualificacións de tódalas actividades avaliables coa ponderación indicada nesta guía docente. Caso de non alcanzar a cualificación mínima de catro sobre dez, na proba práctica, a cualificación que figurará no acta será como máximo 4.9 (sobre 10) sempre que a media ponderada considerando tódalas actividades avaliables produza un valor superior a cinco sobre dez.

@s estudantes que non aprobaren na primeira oportunidade conservan, para a segunda oportunidade, as cualificacións obtidas nas actividades avaliables agás a da proba práctica.

@s estudantes que acaden na proba práctica unha cualificación mínima de 4 sobre 10 e que a súa media ponderada sexa inferior a 5.0 sobre 10, excepcionalmente e segundo o criterio do profesorado da asignatura, poderán someter a valoración unha nova versión de outra(s) actividade(s) avaliable(s) -decididas polo profesorado-. Neste caso @ estudante se lle solicitará a realización e entrega do devandito material fora do período de exames da correspondente oportunidade, isto sempre que os prazos razoablemente o permitan.

Cualquier estudante considerase como presentad@ sempre que teña realizado actividades avaliables que representen máis do corenta por cento da nota global.

En relación o alumnado con
recoñecemento de dedicación a tempo parcial e dispensa académica de exención de
asistencia
[segundo establece a "NORMA QUE REGULA O RÉXIME DE
DEDICACIÓN AO ESTUDO DOS ESTUDANTES DE GRAO NA UDC (Arts. 2.3; 3.b; 4.3 e
7.5) (04/05/2017)] son de aplicación os criterios anteriores agás a
asistencia ás sesións maxistrais e a asistencia e
participación nos seminarios, elo sempre e cando o profesorado sexa
debidamente informado o principio do curso. Neste caso disporán das
actividades a realizar
nos seminarios, que deberán entregar/enviar segundo se indique no Campus
Virtual e/ou
polo medio telemático que oportunamente se estableza. Sen menoscabo do
anterior, o profesorado poderá encargarlle a este alumnado diferentes
traballos/actividades/problemas ó longo do curso para ser expostos en
horario de titorias.

Por lo que atinxe a sucesivos
cursos académicos, o proceso de ensinanza-aprendizaxe, incluída a
avaliación, refírese a un curso académico, e, polo tanto, tódaslas
actividades deben de volver a realizarse co novo curso.

Durante
a realización da proba práctica, en calquera de ambas oportunidades,
agás que se indique o contrario, está prohibido o uso de cualquera
dispositivo con acceso a Internet. Pese a que non se aconsella traer
ditos dispositivos á devandita actividade, poderá habilitarse un espazo
para o seu almacenamento, sen que elo implique ningún tipo de
responsabilidade de custodia por parte da UDC, da Escola ou dos
profesores presentes durante a proba obxectiva. Se durante a realización
da proba práctica, hai indicios do uso non autorizado deses
dispositivos, automaticamente @ estudante será expulsado do aula, e
procederase segundo a Ley 3/2022, de 24 de febrero, de convivencia
universitaria e o regulamento disciplinar do estudantado da UDC.

A
realización fraudulenta, non premeditada, das probas e/ou actividades
implicará directamente a cualificación de suspenso ("0") na materia na
oportunidade correspondente, invalidando tamén calquera cualificación
obtida en tódalas actividades de cara á seguinte oportunidade, de
existir, dentro do mesmo curso académico. Considérase fraudulenta, con
premeditación, a realización das actividades, propostas a ser
completadas presencialmente no aula que se fagan dende fora do aula;
neste caso procederase segundo a Ley 3/2022, de 24 de febrero, de
convivencia universitaria e o regulamento disciplinar do estudantado da
UDC.


Sources of information
Basic David S., Steckel, Janice A. (2009). Density Functional Theory: A Practical Introduction. John Wiley & Sons, Inc.
Jensen, Frank (2007). Introduction to computational chemistry. John Wiley & Sons
Prof. Dr. Wolfram Koch, Dr. Max C. Holthausen (2001). A Chemist's Guide to Density Functional Theory. Wiley-VCH Verlag GmbH
Amarjitsing Rajput, Ganesh Shevalkar, Krutika Pardeshi, Prashant Pingale (2023). Computational nanoscience and technology . OpenNano
Kálmán Varga, Joseph A. Driscoll. (2011). Computational nanoscience: applications for molecules, clusters, and solids. Cambridge University Press
Charles M. Quinn (2002). Computational quantum chemistry an interactive guide to basis set theory. Academic Press
Jorge Kohanoff (2006). Electronic structure calculations for solids and molecules : theory and computational methods / Jorge Kohanoff. Cambridge University Press
Jean Demaison, James E. Boggs, Attila G. Csaszar (2010). Equilibrium molecular structures: from spectroscopy to quantum chemistry. CRC Press
Hans Petter Langtangen , Kent-Andre Mardal (2019). Introduction to Numerical Methods for Variational Problems (http://hplgit.github.io/INF5620/doc/pub/H14/fem/html/main_fem.html). Springer
Anosh Joseph (2020). Markov Chain Monte Carlo Methods in Quantum Field Theories A Modern Primer. Springer
Kurt Binder, Dieter W. Heermann (2019). Monte Carlo Simulation in Statistical Physics: An Introduction. 6th ed.. Springer (Graduate Texts in Physics)
EMMANUEL GOBET (2016). Monte-Carlo Methods and Stochastic Processes From Linear to Non-Linear. CRC Press
Cram101 Textbook Reviews (2013). Studyguide for introduction to computational chemistry by Jensen, Frank. Content Technologies, Inc.

Complementary Tao Pang (2012). An Introduction to Computational Physics. Cambridge University Press
JOS THIJSSEN (2007). COMPUTATIONAL PHYSICS. Cambridge University Press
Juan Andrés Bort (2001). Química teórica y computacional. Publicaciones de la Universitat Jaume I
G. Ciarlet (1978). The Finite Element Method for Elliptic Problems. North Holland
Mats G. Larson, Fredrik Bengzon (2010). The Finite Element Method: Theory, Implementation, and Practice. Springer


Recommendations
Subjects that it is recommended to have taken before
Techniques of Characterisation of Nanomaterials 2/610G04030
Techniques of Characterisation of Nanomaterials 1/610G04025
Kinetic and Catalysis/610G04026
Supramolecular Chemistry/610G04027
Thermodynamics: Equilibrium and Phases/610G04018
Structural Biochemistry/610G04019
Surface Science/610G04021
Solid State/610G04022
Molecular and Metabolic Biochemistry/610G04023
Numerical and Statistical Methods/610G04013
Fundamentals of Quantum Theory/610G04015
Differential Equations/610G04016
Spectroscopy/610G04017
Physics: Electricity and Magnetism/610G04007
Fundamentals of Mathematics/610G04001
Advanced Calculus /610G04009
Crystallography and Symmetry/610G04006
Fundamentals of Computing Science/610G04010

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Molecular Machines/610G04036
Physics of the Nanoscale/610G04041

Subjects that continue the syllabus
Final Year Dissertation/610G04047

Other comments
Perspectiva de xénero: tal e como se recolle nas competencias transversais do título, fomentarase o desenvolvemento dunha cidadanía crítica, aberta e respectuosa coa diversidade na nosa sociedade, salientando a igualdade de dereitos do alumnado sen discriminación por cuestión de xénero ou condición sexual. Empregarase unha linguaxe inclusiva no material e no desenvolvemento das sesións.Traballarase para identificar e modificar prexuizos e actitudes sexistas e influirase na contorna para modificalos e fomentar valores de respecto e igualdade.


(*)The teaching guide is the document in which the URV publishes the information about all its courses. It is a public document and cannot be modified. Only in exceptional cases can it be revised by the competent agent or duly revised so that it is in line with current legislation.