Bioloxía Ciencias da Computación e Tecnoloxías da Información Computación
Coordinación
Dorado de la Calle, Julian
Correo electrónico
julian.dorado@udc.es
Profesorado
Becerra Fernandez, Manuel
Dorado de la Calle, Julian
Puente Castro, Alejandro
Correo electrónico
manuel.becerra@udc.es
julian.dorado@udc.es
a.puentec@udc.es
Web
Descrición xeral
A xestión do coñecemento en bioloxía é o terreo da bioinformática, e inclúe tanto a formalización da información obtida como a súa organización en bases de datos adecuadas, a extracción de relacións entre a información dispersa, o modelado dos procesos biolóxicos e a xeración de hipóteses para sustentar novas aproximacións experimentais. Dende un punto de vista técnico, a bioinformática utiliza métodos computacionais (o propio desenrolo de métodos nesta área suele denominarse bioloxía computacional) e recibe aportacións das matemáticas, a física e a enxeñería informática. Sen embargo, dende o punto de vista dos obxectivos, a bioinformática é unha rama da bioloxía, como poden ser a bioquímica ou a microbiología. Neste carácter claramente interdisciplinario da bioinformática reside tanto a súa forza como a súa debilidade: por unha parte, a aplicación de ideas traídas doutros campos produce constantemente avances espectaculares; pero, por outra parte, é difícil desenrolar os programas de formación adecuados.
Para darse de conta da importancia da bioinformática na bioloxía actual, quizais sea bastane dicir que o método máis citado nas publicacións desta área é Blast, un método computacional que busca e identifica secuencias de proteínas e ácidos nucleicos en bases de datos: e dicir, a operación técnica máis realizada por biólogos é computacional, e non experimental. De feito, a interpretación de calquer experimento complexo en bioloxía require, case ineludiblemente, a análise bioinformática, algo especialmente obvio se se trata de experimentos masivos.
Competencias / Resultados do título
Código
Competencias / Resultados do título
Resultados de aprendizaxe
Resultados de aprendizaxe
Competencias / Resultados do título
Coñece-lo acceso as principais canles de recursos Web de Bioinformática
AI3
BI3 BI9
CM3
Coñecer e manexar con propiedade a nomenclatura da área de Bioinformática
AI3
BI3 BI9
CM3 CM6
Ser capaz de desenvolverse de forma autónoma para encontrar información sobre os
distintos programas e os seus parámetros modificables e comprender as repercusións no
resultado das análises
AI3
BI2 BI3 BI9
CM3 CM9
Ter coñecementos bioinformáticos de cómo facer unha predicción das características
unidimensionais dunha proteína
AI3 AI9 AI11
BI1 BI2 BI3
CM3 CM6 CM8
Ser capaz de realizar unha predicción sinxela da estructura tridimensional dunha proteína
basándose nos datos e programas dispoñibles na Web
AI3
BI1 BI2 BI3
CM3 CM6 CM8 CM9
Coñecer os métodos básicos de simulación molecular e de cómo se utilizan para o estudo das proteínas
AI3
BI1 BI2 BI3
CM3 CM6 CM8
Contidos
Temas
Subtemas
Bioinformática
Recursos web e bases de datos en bioloxía molecular. Análise e comparación das secuencias.
Aliñación de secuencias. Localización de razóns. Xenes de Investigación. nota
xenes. Proxecto xenoma Navegadores. Exemplos de aplicacións. A análise dos datos.
Modelado de Biomoléculas
Predición das características da estrutura da proteína. A obtención de modelos tridimensionais.
Modelaxe por homologada. Modelaxe enfiando ou por deseño homologada remoto.
Métodos ab initio. Valoración de métodos de predición.
Planificación
Metodoloxías / probas
Competencias / Resultados
Horas lectivas (presenciais e virtuais)
Horas traballo autónomo
Horas totais
Sesión maxistral
A3 A9 A11
10
20
30
Seminario
B3 B9 C6 C8 C9
2
7
9
Prácticas de laboratorio
B1 B2 C3 C9
9
22.5
31.5
Atención personalizada
4.5
0
4.5
*Os datos que aparecen na táboa de planificación son de carácter orientativo, considerando a heteroxeneidade do alumnado
Metodoloxías
Metodoloxías
Descrición
Sesión maxistral
Presentación oral complementada polo uso de medios audiovisuais para a transmisión de coñecementos e facilitar a aprendizaxe.
Seminario
Técnica de traballo que ten como obxectivo a elaboración de documentos PowerPoint e Word sobre un tema proposto polo profesor.
Prácticas de laboratorio
Metodoloxía que permite que os alumnos aprendan de forma eficaz a través de actividades prácticas (demostracións, simulacións, etc.) Teoría dun campo do coñecemento a través do uso da tecnoloxía da información e comunicacións.
Atención personalizada
Metodoloxías
Seminario
Prácticas de laboratorio
Descrición
A atención persoal que se describe en relación a estas metodoloxías concíbense como momentos de traballo do alumno en clase con profesor para implicar a participación obrigatoria para o alumno.
A forma eo momento en que se levará a cabo indícase en relación a cada unha das actividades ao longo do curso de acordo co plan de traballo do curso
Avaliación
Metodoloxías
Competencias / Resultados
Descrición
Cualificación
Sesión maxistral
A3 A9 A11
Realizarase unha proba para evaluar os coñecementos adquiridos durante a realización das clases maxistrais.
A5, B2
45
Seminario
B3 B9 C6 C8 C9
Evaluarase o seminario realizado polo alumno tendo en conta a capacidade para a extracción do máis relevante do total da información conseguida, a capacidade para traballar en grupo e a capacidade para expoñer en público.
Con esta metodoloxía evaluaranse as competencias B1, B3 y B9
25
Prácticas de laboratorio
B1 B2 C3 C9
Evaluarase a asistencia regular e a participación activa ás prácticas de laboratorio, así como o boletín de respostas elaboradas polos alumnos. Realizaranse varias probas para evaluar os coñecementos adquiridos.
Con esta metodoloxía evaluaranse as competencias A5, B2
30
Observacións avaliación
Poderán optar a MH aqueles alumnos que se evalúen na primeira oportunidade de Xuño.
Os alumnos con dedicación a tempo
parcial ou dispensa académica poderán acordar as condicións específicas para a súa avaliación cos profesores ao inicio do curso
Na segunda oportunidade e na convocatoria adeiantada os alumnos so poderán repetir a proba correspondente á evaluación da Sesión Maxistral e entregar os boletíns de prácticas de laboratorio se non os entregaron de cara a primeira oportunidade concretando co profesor correspondente a data de entrega.
Plaxio: En calquiera entrega na que se detecte plaxio, a entrega será valorada cun
cero. O plaxio na proba obxectiva será sancionado dacordo coa normativa vixente
da universidade
Todos os aspectos relacionados con “dispensa
académica”,“dedicación ao estudo”, “permanencia” e “fraude
académica” rexeranse de acordo coa normativa académica vixente
da UDC.
Fontes de información
Bibliografía básica
BIOINFORMÁTICA • Attwood, T.K. & D.J. Parry-Smith. 1999. Introduction to Bioinformatics. Addison Wesley Longman Limited, Edimburgo. • Baxevanis, A.D. & B.F. Francis Oullette (Eds.). 2002. Bioinformatics. A practical guide to the analysis of genes and proteins. 2nd Ed. Wiley-Interscience. • Bishop, M. 1999. Bioinformatics. Taylor & Francis, UK. • Claverie, J.M. and C. Notredame. 2003. Bioinformatics for dummies. Wiley Publishing, Inc. • Gibas, C. y P. Jambeck. 2001. Developing Bioinformatics Computer Skills. O'Reilly • Higgins, D. y W. Taylor. 2000. Bioinformatics: Sequence, structure and databanks. Oxford University Press. • Higgs, P. & T.K. Attwood 2005. Bioinformatics and molecular evolution. Blackwell Publishing. • Kanehisa, M. 2000. Post-genome informatics. Oxford University Press • Li, W-H. 1999. Molecular evolution. Sinauer Associates Inc., Massachusetts, 2nd. Ed. • Mount, David W. 2001. Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press. • Nei, M. y S. Kumar. 2000. Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford University Press. • Pevsner, J. 2003. Bioinformatics and Functional Genomics. John Wiley & Sons, Inc. • Rashidi, H.H. and L.K. Buehler. 2000. Bioinformatics Basics. Applications in Biological Science and Medicine. CRC Press, Boca Raton. • Salzberg, S., D. Searls, and S. Kasif (Eds). 1998. Computational Methods in Molecular Biology. Elsevier Science. • Swindell, S.R., R.R. Miller y G.S.A. Myers. 1997. Internet for the Molecular Biologist. Horizon Scientific Press, Norfolk, UK. • Tisdall, J. 2001. Beginning Perl for Bioinformatics. O'Reilly MODELADO DE BIOMOLÉCULAS • Bnaszak,L. J. 2000. Foundations of structural biology. Academic Press. • Bourne, P. E., Weissig,H. 2003. Structural Bioinformatics. John Wiley & Sons. • Branden,C. & Tooze, J. 1998. INTRODUCTION TO PROTEIN STRUCTURE. 2nd editionGarland Publishing, Inc, New York . • Creighton,T. E. 1993. PROTEINS: STRUCTURES AND MOLECULAR PROPERTIES, 2nd edition. W.H.Freeman & Company, New York . • Gómez-Moreno,C. & Sancho, J. (Coords). 2003. ESTRUCTURA DE PROTEÍNAS. Ariel Ciencia, Barcelona . • Lesk, A.M. 2000. INTRODUCTION TO PROTEIN ARCHITECTURE. THE STRUCTURAL BIOLOGY OFPROTEINS. Oxford University Press, Oxford . • Tramontano,A. 2006. Protein Structure Prediction. Wiley-Vch.
Para axudar a conseguir unha contorna inmediata sustentable e
cumprir co punto 6 da "Declaración Ambiental da Facultade de Ciencias
(2020)", os traballos documentais que se realicen nesta materia:
a. Solicitaranse maioritariamente en formato virtual e soporte
informático.
b. De realizarse en papel:
- Non se empregarán plásticos.
- Realizaranse impresións a dobre cara.
- Empregarase papel reciclado.
- Evitarase a realización de borradores.
-Segundo se recolle nas distintas normativas de aplicación para a docencia universitaria deberase incorporar a perspectiva de xénero nesta materia (usarase linguaxe non sexista, utilizarase bibliografía de autores/as de ambos sexos, propiciarase a intervención en clase de alumnos e alumnas...) -Traballarase para identificar e modificar prexuízos e actitudes sexistas e influirase na contorna para modificalos e fomentar valores de respecto e igualdade. -Deberanse detectar situacións de discriminación por razón de xénero e proporanse accións e medidas para corrixilas.
(*)A Guía docente é o documento onde se visualiza a proposta académica
da UDC. Este documento é público e non se pode modificar, salvo casos excepcionais baixo a revisión do
órgano competente dacordo coa normativa vixente que establece o proceso de elaboración de guías