Competencias / Resultados do título |
Código
|
Competencias / Resultados do título
|
Resultados de aprendizaxe |
Resultados de aprendizaxe |
Competencias / Resultados do título |
Coñecer as estruturas de datos básicas e os algoritmos utilizados para o almacenamento compacto de secuencias biolóxicas e o seu procesamento. |
AP1 AP2 AP9
|
|
|
Analizar e comparar as estruturas de datos e a complexidade dos algoritmos que as manexan. |
AP2 AP3
|
BP1
|
CP6 CP7
|
Entender, analizar, deseñar e implementar solucións a diferentes problemas fundamentais do aliñamento de secuencias, como a corrección de erros nas lecturas, ensamblaxe de cóntigos, recheo de ocos, etc. |
AP1 AP2 AP3 AP8 AP9
|
BP1 BP2 BP8
|
CP6 CP7
|
Explicar, analizar, deseñar e implementar solucións a problemas relacionados coa evolución, como ensamblaxe de haplotipos, descubrimento de motivos, patróns de permutacións, reordenamiento do xenoma, etc. |
AP1 AP2 AP3 AP8 AP9
|
BP1 BP2 BP8
|
CP6 CP7
|
Contidos |
Temas |
Subtemas |
Introdución á análise de algoritmos e complexidade |
Análise de algoritmos
Complexidade |
Busca de patróns en secuencias |
Métodos de busca exacta
Métodos de busca aproximada
Árbores e arrays de sufixos |
Introdución á compresión e indexación de secuencias |
Técnicas de compresión
Índices e autoíndices |
Aplicacións sobre secuencias biolóxicas |
Comparación de secuencias
Busca de motivos
Reordenamento do xenoma
Aliñamento de secuencias
Ensamblaxe de secuencias
Análise filoxenético |
Planificación |
Metodoloxías / probas |
Competencias / Resultados |
Horas lectivas (presenciais e virtuais) |
Horas traballo autónomo |
Horas totais |
Prácticas a través de TIC |
A2 A3 B1 B2 B8 C6 C7 |
14 |
70 |
84 |
Proba mixta |
A1 A2 A3 A8 A9 B2 |
3 |
0 |
3 |
Sesión maxistral |
A1 A2 A3 A8 A9 |
28 |
32 |
60 |
|
Atención personalizada |
|
3 |
0 |
3 |
|
*Os datos que aparecen na táboa de planificación son de carácter orientativo, considerando a heteroxeneidade do alumnado |
Metodoloxías |
Metodoloxías |
Descrición |
Prácticas a través de TIC |
Realización de prácticas en ordenador, boletíns e traballos para desenvolver os conceptos adquiridos nas clases maxistrais. |
Proba mixta |
Realización dunha proba escrita para demostrar os coñecementos e competencias adquiridos en relación á materia durante as sesións maxistrais e as prácticas na aula. |
Sesión maxistral |
Exposición dos contidos da materia. Realizarase un seguemento continuado e obxectivable da participación activa. |
Atención personalizada |
Metodoloxías
|
Sesión maxistral |
Prácticas a través de TIC |
|
Descrición |
Entre o alumnado haberá diferenzas notables en canto ao seu coñecemento sobre algoritmos e estructuras de datos. Por iso, prevese unha atención personalizada para as prácticas na aula e para o traballo, que se desenvolverán de forma individual ou en grupo. |
|
Avaliación |
Metodoloxías
|
Competencias / Resultados |
Descrición
|
Cualificación
|
Proba mixta |
A1 A2 A3 A8 A9 B2 |
Constará dunha proba escrita na que deben ser demostrados os coñecementos e as competencias adquiridos durante as clases maxistrais e as prácticas.
Para aprobar a materia globalmente hai que obter na proba mixta unha NOTA MÍNIMA de 1,5 (sobre 4). Non sendo así, a nota máxima GLOBAL da materia non será en ningún caso superior a un 4,9 (e polo tanto a materia se considerará SUSPENSA). |
40 |
Sesión maxistral |
A1 A2 A3 A8 A9 |
Realizarase un seguemento continuado e obxectivable da participación activa durante as clases maxistrais, mediante a realización dun traballo. Esta parte da avaliación non poderá ser recuperada na segunda oportunidade. |
10 |
Prácticas a través de TIC |
A2 A3 B1 B2 B8 C6 C7 |
Realizarase unha avaliación do traballo realizado polo alumnado durante as clases de prácticas. Este traballo deberá ser entregado e defendido antes das datas propostas polo profesorado da materia. En caso de que non realizarse en tempo, poderá ter unha penalización na nota. |
50 |
|
Observacións avaliación |
PRIMEIRA OPORTUNIDADE: Terá cualificación de NON PRESENTADO calquera estudante que non realice a proba mixta. SEGUNDA OPORTUNIDADE: Poderán presentarse á segunda oportunidade ÚNICAMENTE o alumnado que non superen a materia na primeira oportunidade. A recuperación de cada unha das partes farase da seguinte forma: - Prácticas (50%): o alumnado poderá repetir as prácticas propostas durante o curso nas mesmas condicións que na primeira oportunidade (as prácticas entregadas de forma tardía obterán un máximo de 80%). Así, en caso de repetir todas as prácticas, a nota máxima que pode obterse é de 4 puntos.
- Proba mixta (40%): realización nas mesmas condicións que na primeira oportunidade.
- Non poderá recuperarse a nota obtida do seguemento continuado e obxectivable da participación activa durante as clases maxistrais.
- En caso de non realizar a recuperación dalgunha das partes, conservarase a nota obtida na primeira oportunidade nesa parte.
- Para aprobar a materia é obrigatorio obter unha nota mínima de 1,5 sobre 4 na proba mixta.
- Terá cualificación de NON PRESENTADO calquera estudante que non opte á recuperación de ningunha das partes.
OPORTUNIDADE ADIANTADA: A avaliación na oportunidade adiantada será 50% entrega das prácticas, 50% proba escrita.
DISPENSA ACADÉMICA: O alumnado con matrícula a tempo parcial e dispensa académica que lles exima da asistencia ás clases deberán contactar co profesorado durante as dúas primeiras semanas de clase para establecer as condicións de entrega e defensa das prácticas e dos traballos tutelados. FRAUDE ACADÉMICA: A realización fraudulenta das probas ou actividades de avaliación, unha vez comprobada, implicará directamente a cualificación de suspenso na convocatoria en que se cometa: o alumnado será cualificado con “suspenso” (nota numérica 0) na convocatoria correspondente do curso académico, tanto se a comisión da falta se produce na primeira oportunidade como na segunda. Para isto, procederase a modificar a súa cualificación na acta de primeira oportunidade, se fose necesario.
|
Fontes de información |
Bibliografía básica
|
Dan Gusfield (1997). Algorithms on Strings, Trees and Sequences. Cambridge University Press
Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner (2004). An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press
Veli Mäkinen, Djamal Belazzougui, Fabio Cunial, Alexandru I. Tomescu (2015). Genome-Scale Algorithm Design. Cambridge University Press |
|
Bibliografía complementaria
|
Enno Ohlebusch (2013). Bioinformatics Algorithms: Sequence Analysis, Genome Rearrangements, and Phylogenetic Reconstruction. Oldenbusch Verlag
A. Moffat y A. Turpin (2002). Compression and Coding Algorithms. Kluwer Academic Publishers
G. Navarro y M Raffinot (2002). Flexible Pattern Matching in Strings. Cambridge University Press
T. C. Bell, J. G. Clearly y I. H. Witten (1990). Text Compression. Prentice Hall |
|
Recomendacións |
Materias que se recomenda ter cursado previamente |
Introdución á bioloxía molecular /614522004 | Xenética e evolución molecular/614522005 | Xenómica/614522006 | Fundamentos de bioinformática/614522008 | Introdución á programación/614522001 |
|
Materias que se recomenda cursar simultaneamente |
|
Materias que continúan o temario |
Procesamento avanzado de secuencias biolóxicas/614522020 | Aplicacións e tendencias en bioinformática e enxeñaría biomédica/614522021 |
|
Observacións |
Perspectiva de xénero: Segundo se recolle nas distintas normativas de aplicación para a docencia universitaria deberase incorporar a perspectiva de xénero nesta materia (uso de linguaxe non sexista, etc.). Traballarase para identificar e modificar prexuízos e actitudes sexistas e influir na contorna para modificalos e fomentar valores de respecto e igualdade. Tratarase de detectar situacións de discriminación por razón de xénero e de propor accións e medidas para corrixilas. |
|