Datos Identificativos 2015/16
Asignatura (*) Xenómica Código 610441014
Titulación
Mestrado Universitario en Bioloxía Molecular , Celular e Xenética
Descriptores Ciclo Período Curso Tipo Créditos
Mestrado Oficial 2º cuadrimestre
 Primeiro Optativa 3
Idioma
Castelán
Galego
Inglés
Modalidade docente Presencial
Prerrequisitos
Departamento Bioloxía Celular e Molecular
Coordinación
Becerra Fernandez, Manuel
 Correo electrónico
manuel.becerra@udc.es
Profesorado
Becerra Fernandez, Manuel
Vila Taboada, Marta
 Correo electrónico
manuel.becerra@udc.es
marta.vila.taboada@udc.es
Web
Descrición xeral Denomínase xenómica ao estudo integral do funcionamento, evolución e orixe dos xenomas. A xenómica utiliza coñemenetos derivados de distintas disciplinas como xenética, bioloxía molecular, bioquímica, informática, estatística, matemáticas e física.
A diferenza da xenética clásica que a partires dun fenotipo (xeralmente mutante) procura o xene ou xenes responsables dese fenotipo, a xenómica ten como obxectivo predicir a función dos xenes a partir da súa secuencia ou das súas interaccións con outros xenes.
As denominadas "ciencias ómicas" están na vangarda da ciencia, feito debido ás posibilidades abertas polas novas tecnoloxías de secuenciación masiva, aos avances en bioinformática e aos algoritmos cada vez máis sofisticados para análise de xenomas completos.

Competencias do título
Código Competencias do título
A1 Capacidade de utilizar técnicas e instrumentos habituais na investigación biolóxica celular e molecular: que sexan capaces de manexar as técnicas e protocolos así como comprender as potenciais das mesmas, os seus usos e aplicacións
A3 Capacidade de utilizar ferramentas Bioinformáticas a nivel de usuario
A11 Capacidade de comprender a estrutura, función e evolución dos xenomas e aplicar as ferramentas necesarias para o seu estudio
B1 Capacidade de análise e síntese de problemas biolóxicos en relación coa Bioloxía Molecular, Celular e Xenética
B2 Capacidade de toma de decisións para a resolución de problemas: que sexan capaces de aplicar os coñecementos teóricos e prácticos adquiridos na formulación de problemas biolóxicos e a busca de solucións
B3 Capacidade de xestión da información: reunir e interpretar datos, información e resultados relevantes, obter conclusións e emitir informes razoados sobre cuestións científicas e biotecnolóxicas
B5 Correcta comunicación oral e escrita sobre temas científicos na lingua nativa e polo menos noutra lingua de difusión Internacional a través da lectura de artigos científicos e exposición de traballos
B9 Capacidade de preparación, exposición e defensa dun traballo
C3 Utilizar as ferramentas básicas das tecnoloxías da información e as comunicacións (TIC) necesarias para o exercicio da súa profesión e para a aprendizaxe ao longo da súa vida.
C8 Valorar a importancia que ten a investigación, a innovación e o desenvolvemento tecnolóxico no avance socioeconómico e cultural da sociedade.

Resultados de aprendizaxe
Resultados de aprendizaxe Competencias do título
Utilizar ferramentas moleculares para o coñecemento do xenoma de diversos organismos AI1
 BI1
BI5
Comprender o estado actual do coñecemento no eido da xenómica estrutural, funcional e evolutiva AI1
 BI1
BI5
BI9
 CM8
Comprender os mecanismos de evolución dos xenomas e das ferramentas moleculares e bioinformáticas para o seu estudo AI1
AI3
AI11
 BI1
BI2
BI9
Deseñar, interpretar e analizar experimentos e datos de microarrays de ADN AI3
 BI1
BI2
BI3
 CM3

Contidos
Temas Subtemas
Xenómica estrutural Cartografiado, secuenciación, anotación e bases de datos
O proxecto xenoma humano
Next Generation Sequencing (NGS)
Xenómica comparada Mecanismos de evolución xenómica
Xenomas de procariotas Metaxenómica
Xenomas de eucariotas Taxonomía
Paleoxenómica
Medicina
Xenómica funcional Microarrais e transcriptómica
Prácticas de bioinformática 1. Exploración de bases de datos (v.g. ENSEMBL) e proxectos xenómicos a gran escala : ENCODE, EXOME, 1000Genomes
2. Ensamblaxe dun xenoma organular secuenciado por NGS utilizando o software GENEIOUS
3. Análise de expresión xénica e microarrays

Planificación
Metodoloxías / probas Competencias Horas presenciais Horas non presenciais / traballo autónomo Horas totais
Sesión maxistral A1 A11 B1 10 18.62 28.62
Presentación oral B5 B9 5 3 8
Eventos científicos e/ou divulgativos C8 1 3 4
Prácticas a través de TIC A3 C3 10 20 30
Proba obxectiva B2 B3 2 0 2
 
Atención personalizada 2.38 0 2.38
 
*Os datos que aparecen na táboa de planificación son de carácter orientativo, considerando a heteroxeneidade do alumnado

Metodoloxías
Metodoloxías Descrición
Sesión maxistral Exposición oral complementada co uso de medios audiovisuais coa pretensión de transmitir coñecementos e facilitar a aprendizaxe.
Presentación oral Cada estudante debe presentar nun máximo de 15 minutos un artigo de revisión asignado polo profesorado.
Eventos científicos e/ou divulgativos O alumnado asistirá á conferencia pronunciada por un especialista en xenómica. O profesorado facilitará con antelación un artigo relacionado co tema da conferencia.
Prácticas a través de TIC As TIC constitúen un excelente soporte e canle para o tratamento da información e a aplicación práctica de coñecementos, facilitando a comunicación e aprendizaxe.
Proba obxectiva Proba escrita utilizada para a avaliación da aprendizaxe e que pode combinar distintos tipos de preguntas.

Atención personalizada
Metodoloxías
Presentación oral
Prácticas a través de TIC
Descrición
A atención personalizada concíbese como tempo de interacción directa entre estudante e profesorado, ben presencialmente ou vía e-mail.

Avaliación
Metodoloxías Competencias Descrición Cualificación
Sesión maxistral A1 A11 B1 Asistencia e participación activa.
 10
Presentación oral B5 B9 Capacidade de síntese, habilidades de comunicación.
 20
Prácticas a través de TIC A3 C3 Asistencia e participación activa.
O alumnado semipresencial terá que entregar unha memoria/cuestionario de prácticas co gallo de poder avaliar o aproveitamento das mesmas: capacidade de síntese e redacción.
 10
Proba obxectiva B2 B3 O exame escrito avaliará os coñecementos adquiridos durante as devanditas actividades. 50
Eventos científicos e/ou divulgativos C8 Asistencia e participación no turno de preguntas.
 10
 
Observacións avaliación

Poderá optar a Matrícula de Honra o alumnado avaliado na primeira oportunidade (xuño).

Fontes de información
Bibliografía básica McLachlan, G. J., Do, K-A., Ambroise, C (2004). Analyzing Microarray Gene Expression Data. Wiley-Interscience. John Wiley & Sons
Campbell, A.M & Heyer, L.J. (2007). Discovering Genomics, Proteomics & Bioinformatics. Pearson Benjamin Cummings
Bowtell, D., Sambrook, J. (2003). DNA Microarrays. Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Allison, David B., et al (2006). DNA microarrays and related genomics techniques design, analysis, and interpretation of experiments. Chapman & Hall/CRC
E. Rinaldis, A. Lahm. (2007). DNA microarrays: current applications. Wymondham: Horizon Bioscience
Lesk, Arthur M. (2012). Introduction to Genomics. Oxford University Press

Bibliografía complementaria Straalen, Nico M. van (2006). An introduction to ecological genomics. Oxford University Press
Zhanjiang, Liu (2007). Aquaculture genome techonologies. Blackwell
Futuyama, Douglas J. (2006). Evolution. Sinauer Associates
Dale Jeremy (2008). From genes to genomes: concepst and applications of DNA technology. John Wiley & Sons
Sensen, Christoph W. (2005). Handbook of genome research genomics, proteomics, metabolism, bioinformatics, ethical & legal issues . Wiley-VCH

RECURSOS EN INTERNET:


Biological database compilation at NAR:
http://nar.oupjournals.org/content/vol29/issue1

DOE Joint Genome Institut. Why sequence them?
http://www.jgi.doe.gov/sequencing/why/index.html

EMBL (European Molecular BIology Laboratory), Bioinformatics.
http://www-db.embl.de/jss/servlet/de.embl.bk.emblGroups.EmblGroupsOrg/serv_0?t=0

ExPASy (Expert Protein Analysis System).
http://us.expasy.org/

GeneMark:
http://opal.biology.gatech.edu/GeneMark/

GenomeNet (Kyoto University Bioinformatics Center).
http://www.genome.jp/

Genoscope. Le séquençage des génomes.
http://www.genoscope.cns.fr/externe/Francais/Sequencage/

GOLD (Genomes Online Database).
http://www.genomesonline.org/

Human genome: advanced annotation tutorial.

http://www.mad-cow.org/00/annotation_tutorial.html

Human Genome Project Information.

http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/home.shtml

Iañez Pareja, E. (1997). Introducción a los Proyectos Genoma.
http://www.ugr.es/~eianez/Biotecnologia/genoma-2.html

KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes).
http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html

Nacional Human Genome Research Institute:
http://www.genome.gov/

NCBI (National Center for Biotechnology Information).
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

The Sanger Institute.
http://www.sanger.ac.uk/

TIGR (The Institute for Genomic Research).
http://www.tigr.org/

tRNAscan-SE 1.21.
http://www.genetics.wustl.edu/eddy/tRNAscan-SE/

The WWW Virtual Library: Model Organisms:
http://www.ceolas.org/VL/mo/

ALGUNAS BASES DE DATOS DE MICROARRAYS DE ADN

ArrayExpress

http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/

ChipDB

http://staffa.wi.mit.edu/chipdb/public/

ExpressDB

http://twod.med.harvard.edu/ExpressDB/

Gene Expression Omnibus (GEO)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

READ (RIKEN cDNA Expression Array Database)

http://read.gsc.riken.go.jp/

Saccharomyces Genome Database (SGD)

http://genome-www4.Stanford.EDU/cgi-bin/SGD/expression/expressionConnection.pl

Standford Microarray Database ( SMD)

http://genome-www5.stanford.edu/

The Yale Microarray Database

http://www.med.yale.edu/microarray/

yeast Microarray Global Viewer (yMGV)

http://www.transcriptome.ens.fr/ymgv/


Recomendacións
Materias que se recomenda ter cursado previamente
Técnicas Celulares/610441001
Técnicas Moleculares/610441002
Mecanismos de xeración da variación xenética/610441005
Regulación da expresión xénica/610441006
Bioinformática e Modelado de Biomoléculas/610441020

Materias que se recomenda cursar simultaneamente
Proteómica/610441013
Cromosomas: Estructura. Función e Evolución/610441015
Xenética Humana/610441016
Toxicología Xenética/610441017

Materias que continúan o temario
Traballo de Máster/610441022

Observacións


(*)A Guía docente é o documento onde se visualiza a proposta académica da UDC. Este documento é público e non se pode modificar, salvo casos excepcionais baixo a revisión do órgano competente dacordo coa normativa vixente que establece o proceso de elaboración de guías