Datos Identificativos 2016/17
Asignatura (*) Xenómica Código 610441014
Titulación
Mestrado Universitario en Bioloxía Molecular , Celular e Xenética
Descriptores Ciclo Período Curso Tipo Créditos
Mestrado Oficial 2º cuadrimestre
 Primeiro Optativa 3
Idioma
Castelán
Galego
Inglés
Modalidade docente Presencial
Prerrequisitos
Departamento Bioloxía Celular e Molecular
Coordinación
Vila Taboada, Marta
 Correo electrónico
marta.vila.taboada@udc.es
Profesorado
Becerra Fernandez, Manuel
Vila Taboada, Marta
 Correo electrónico
manuel.becerra@udc.es
marta.vila.taboada@udc.es
Web
Descrición xeral Denomínase xenómica ao estudo integral do funcionamento, evolución e orixe dos xenomas. A xenómica utiliza coñecementos derivados de distintas disciplinas como xenética, bioloxía molecular, bioquímica, informática, estatística, matemáticas e física.
A diferenza da xenética clásica que a partires dun fenotipo (xeralmente mutante) procura o xene ou xenes responsables dese fenotipo, a xenómica ten como obxectivo predicir a función dos xenes a partir da súa secuencia ou das súas interaccións con outros xenes.
As denominadas ciencias ómicas están na vangarda da ciencia, feito debido ás posibilidades abertas polas novas tecnoloxías de secuenciación masiva, aos avances en bioinformática e aos algoritmos cada vez máis sofisticados para análise de xenomas completos.

Competencias do título
Código Competencias do título
A3 Capacidade de utilizar ferramentas Bioinformáticas a nivel de usuario
A11 Capacidade de comprender a estrutura, función e evolución dos xenomas e aplicar as ferramentas necesarias para o seu estudio
B1 Capacidade de análise e síntese de problemas biolóxicos en relación coa Bioloxía Molecular, Celular e Xenética
B5 Correcta comunicación oral e escrita sobre temas científicos na lingua nativa e polo menos noutra lingua de difusión Internacional a través da lectura de artigos científicos e exposición de traballos
B9 Capacidade de preparación, exposición e defensa dun traballo
C2 Dominar a expresión e a comprensión de forma oral e escrita dun idioma estranxeiro.
C3 Utilizar as ferramentas básicas das tecnoloxías da información e as comunicacións (TIC) necesarias para o exercicio da súa profesión e para a aprendizaxe ao longo da súa vida.
C8 Valorar a importancia que ten a investigación, a innovación e o desenvolvemento tecnolóxico no avance socioeconómico e cultural da sociedade.

Resultados de aprendizaxe
Resultados de aprendizaxe Competencias do título
Utilizar ferramentas moleculares para o coñecemento do xenoma de diversos organismos AI3
AI11
 CM3
Comprender o estado actual do coñecemento no eido da xenómica estrutural, funcional e evolutiva AI3
AI11
 BI1
BI5
BI9
 CM2
CM8
Comprender os mecanismos de evolución dos xenomas e das ferramentas moleculares e bioinformáticas para o seu estudo AI3
AI11
 BI1
BI5
BI9
 CM2
CM8
Deseñar, interpretar e analizar experimentos e datos de microarrays de ADN AI3
AI11

Contidos
Temas Subtemas
Next Generation Sequencing (NGS) Plataformas e aplicacións
Xenómica estrutural Cartografiado, secuenciación, anotación e bases de datos
O proxecto xenoma humano
Xenómica comparada Mecanismos de evolución xenómica
Xenomas de procariotas Metaxenómica
Xenomas de eucariotas Taxonomía
Paleoxenómica
Medicina
Xenómica funcional Microarrais e transcriptómica
Prácticas de bioinformática 1. Utilización da plataforma GALAXY (https://usegalaxy.org/).
2. Análise de expresión xénica e microarrays.

Planificación
Metodoloxías / probas Competencias Horas presenciais Horas non presenciais / traballo autónomo Horas totais
Prácticas a través de TIC A3 A11 B1 7 14 21
Presentación oral B5 B9 C2 C3 C8 1.55 6.2 7.75
Sesión maxistral A3 A11 B1 C8 14 28 42
Proba obxectiva A3 A11 B1 C8 2 0 2
 
Atención personalizada 2.38 0 2.38
 
*Os datos que aparecen na táboa de planificación son de carácter orientativo, considerando a heteroxeneidade do alumnado

Metodoloxías
Metodoloxías Descrición
Prácticas a través de TIC As TIC constitúen un excelente soporte e canle para o tratamento da información e a aplicación práctica de coñecementos, facilitando a comunicación e aprendizaxe.
Presentación oral O alumnado pode realizar unha presentación oral de 10 minutos sobre un tema e bibliografía consensuados co profesorado.
Sesión maxistral O profesorado explica os contidos principais procurando a máxima interacción co alumnado.
Proba obxectiva Proba escrita utilizada para a avaliación da aprendizaxe e que pode combinar distintos tipos de preguntas.

Atención personalizada
Metodoloxías
Presentación oral
Prácticas a través de TIC
Descrición
A atención personalizada concíbese como tempo de interacción directa entre estudante e profesorado, ben presencialmente ou vía e-mail.

Avaliación
Metodoloxías Competencias Descrición Cualificación
Presentación oral B5 B9 C2 C3 C8 O alumnado presencial que realice unha presentación de 10 minutos sobre un tema acordado co profesorado, terá tamén que respostar ás preguntas formuladas tras a súa exposición.
O alumnado semipresencial que non poida realizar esta actividade, terá unha cualificación máxima de 85% na súa proba obxectiva. 		15
Proba obxectiva A3 A11 B1 C8 O exame escrito avaliará os coñecementos adquiridos durante as devanditas actividades. 70
Prácticas a través de TIC A3 A11 B1 A asistencia é obrigatoria para o alumnado en modalidade presencial. Vaise valorar a participación activa.
O alumnado semipresencial que non poida asistir ás prácticas deberá seguir os guións ou tutoriais indicados polo profesorado e finalmente respostar a un cuestionario.
 15
 
Observacións avaliación

Poderá optar a Matrícula de Honra o alumnado avaliado na primeira oportunidade (xuño).














No caso de situacións excepcionais debidamente
justificadas poderán adoptarse medidas adicionais para que o estudante poida
superar a materia tales como flexibilidade no prazo de presentación de traballos ou realización dunha proba
global de avaliación dos resultados da aprendizaxe.


Fontes de información
Bibliografía básica McLachlan, G. J., Do, K-A., Ambroise, C (2004). Analyzing Microarray Gene Expression Data. Wiley-Interscience. John Wiley & Sons
Campbell, A.M & Heyer, L.J. (2007). Discovering Genomics, Proteomics & Bioinformatics. Pearson Benjamin Cummings
Bowtell, D., Sambrook, J. (2003). DNA Microarrays. Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Allison, David B., et al (2006). DNA microarrays and related genomics techniques design, analysis, and interpretation of experiments. Chapman & Hall/CRC
E. Rinaldis, A. Lahm. (2007). DNA microarrays: current applications. Wymondham: Horizon Bioscience
Lesk, Arthur M. (2012). Introduction to Genomics. Oxford University Press

Bibliografía complementaria Straalen, Nico M. van (2006). An introduction to ecological genomics. Oxford University Press
Zhanjiang, Liu (2007). Aquaculture genome techonologies. Blackwell
Futuyama, Douglas J. (2006). Evolution. Sinauer Associates
Dale Jeremy (2008). From genes to genomes: concepst and applications of DNA technology. John Wiley & Sons
Sensen, Christoph W. (2005). Handbook of genome research genomics, proteomics, metabolism, bioinformatics, ethical & legal issues . Wiley-VCH

RECURSOS EN INTERNET:


Biological database compilation at NAR:
http://nar.oupjournals.org/content/vol29/issue1

DOE Joint Genome Institut. Why sequence them?
http://www.jgi.doe.gov/sequencing/why/index.html

EMBL (European Molecular BIology Laboratory), Bioinformatics.
http://www-db.embl.de/jss/servlet/de.embl.bk.emblGroups.EmblGroupsOrg/serv_0?t=0

ExPASy (Expert Protein Analysis System).
http://us.expasy.org/

GeneMark:
http://opal.biology.gatech.edu/GeneMark/

GenomeNet (Kyoto University Bioinformatics Center).
http://www.genome.jp/

Genoscope. Le séquençage des génomes.
http://www.genoscope.cns.fr/externe/Francais/Sequencage/

GOLD (Genomes Online Database).
http://www.genomesonline.org/

Human genome: advanced annotation tutorial.

http://www.mad-cow.org/00/annotation_tutorial.html

Human Genome Project Information.

http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/home.shtml

Iañez Pareja, E. (1997). Introducción a los Proyectos Genoma.
http://www.ugr.es/~eianez/Biotecnologia/genoma-2.html

KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes).
http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html

Nacional Human Genome Research Institute:
http://www.genome.gov/

NCBI (National Center for Biotechnology Information).
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

The Sanger Institute.
http://www.sanger.ac.uk/

TIGR (The Institute for Genomic Research).
http://www.tigr.org/

tRNAscan-SE 1.21.
http://www.genetics.wustl.edu/eddy/tRNAscan-SE/

The WWW Virtual Library: Model Organisms:
http://www.ceolas.org/VL/mo/

ALGUNAS BASES DE DATOS DE MICROARRAYS DE ADN

ArrayExpress

http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/

ChipDB

http://staffa.wi.mit.edu/chipdb/public/

ExpressDB

http://twod.med.harvard.edu/ExpressDB/

Gene Expression Omnibus (GEO)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

READ (RIKEN cDNA Expression Array Database)

http://read.gsc.riken.go.jp/

Saccharomyces Genome Database (SGD)

http://genome-www4.Stanford.EDU/cgi-bin/SGD/expression/expressionConnection.pl

Standford Microarray Database ( SMD)

http://genome-www5.stanford.edu/

The Yale Microarray Database

http://www.med.yale.edu/microarray/

yeast Microarray Global Viewer (yMGV)

http://www.transcriptome.ens.fr/ymgv/


Recomendacións
Materias que se recomenda ter cursado previamente
Técnicas Celulares/610441001
Técnicas Moleculares/610441002
Mecanismos de xeración da variación xenética/610441005
Regulación da expresión xénica/610441006
Bioinformática e Modelado de Biomoléculas/610441020

Materias que se recomenda cursar simultaneamente
Proteómica/610441013
Cromosomas: Estructura. Función e Evolución/610441015
Xenética Humana/610441016
Toxicología Xenética/610441017

Materias que continúan o temario
Traballo de Máster/610441022

Observacións


(*)A Guía docente é o documento onde se visualiza a proposta académica da UDC. Este documento é público e non se pode modificar, salvo casos excepcionais baixo a revisión do órgano competente dacordo coa normativa vixente que establece o proceso de elaboración de guías