| Competencias del título |
| Código | Competencias del título |
| A3 | Capacidad de utilizar herramientas Bioinformáticas a nivel de usuario. |
| A11 | Capacidad de comprender la estructura, función y evolución de los genomas y aplicar las herramientas necesarias para su estudio. |
| B1 | Capacidad de análisis y síntesis de problemas biológicos en relación con la Biología Molecular, Celular y Genética. |
| B5 | Correcta comunicación oral y escrita sobre temas científicos en la lengua nativa y al menos en otra lengua de difusión Internacional. |
| B9 | Capacidad de preparación, exposición y defensa de un trabajo. |
| C2 | Dominar la expresión y la comprensión de forma oral y escrita de un idioma extranjero. |
| C3 | Utilizar las herramientas básicas de las tecnologías de la información y las comunicaciones (TIC) necesarias para el ejercicio de su profesión y para el aprendizaje a lo largo de su vida. |
| C8 | Valorar la importancia que tiene la investigación, la innovación y el desarrollo tecnológico en el avance socioeconómico y cultural de la sociedad. |
| Resultados de aprendizaje | |||
| Resultados de aprendizaje | Competencias del título | ||
| Utilizar herramientas moleculares para el conocimiento del genoma de diversos organismos | AI3 AI11 |
CM3 |
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| Comprender el estado actual del conocimiento en el campo de la genómica estructural, funcional y evolutiva | AI3 AI11 |
BI1 BI5 BI9 |
CM2 CM8 |
| Comprender los mecanismos de evolución de los genomas y de las herramientas moleculares y bioinformáticas para su estudio | AI3 AI11 |
BI1 BI5 BI9 |
CM2 CM8 |
| Diseñar, interpretar y analizar experimentos y datos de microarrays de ADN | AI3 AI11 |
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| Contenidos |
| Tema | Subtema |
| El Proyecto Genoma Humano | Historia y resultados |
| Whole Genome Sequencing | Librerías mate-pair Anotación Genómica comparada Paleogenómica |
| Next Generation Sequencing (NGS) | Plataformas Librerías paired-end Generalidades sobre el tratamiento de datos |
| Metagenómica | Metabarcoding |
| Genómica clínica | Amplicon-seq Panel-seq Exome-seq Farmacogenómica |
| Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) | Genome wide association studies (GWAS) Digital genetic testing |
| Genómica funcional | Estudio del transcriptoma: microarrays y NGS (RNA-seq) Epigenómica |
| Prácticas de bioinformática | 1. Tratamiento de datos NGS utilizando la plataforma GALAXY 2. Análisis de expresión génica utilizando la plataforma BABELOMICS. 3. Análisis farmacogenómico utilizando la base de datos PHARMGKB. 4. Introducción al visor genómico IGV. |
| Planificación | ||||
| Metodologías / pruebas | Competéncias | Horas presenciales | Horas no presenciales / trabajo autónomo | Horas totales |
| Prácticas a través de TIC | A3 A11 B1 B5 B9 C2 C3 | 7 | 21 | 28 |
| Sesión magistral | A3 A11 B1 C8 | 14 | 28 | 42 |
| Prueba objetiva | A3 A11 B1 C8 | 2 | 0 | 2 |
| Atención personalizada | 3 | 0 | 3 | |
| (*)Los datos que aparecen en la tabla de planificación són de carácter orientativo, considerando la heterogeneidad de los alumnos | ||||
| Metodologías |
| Metodologías | Descripción |
| Prácticas a través de TIC | Las TIC constituyen un excelente soporte y canal para el tratamiento de la información y la aplicación práctica de conocimientos, facilitando así la comunicación y aprendizaje. |
| Sesión magistral | El profesorado explica el contenido principal de cada tema buscando la máxima interacción con el alumnado. |
| Prueba objetiva | Proba escrita utilizada para la evaluación del aprendizaje y que puede combinar distintos tipos de preguntas. |
| Atención personalizada |
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| Evaluación | |||
| Metodologías | Competéncias | Descripción | Calificación |
| Prueba objetiva | A3 A11 B1 C8 | El examen (tipo test con posibles preguntas de respuesta corta) evaluará los conocimientos adquiridos durante las actividades anteriormente mencionadas. Se requiere un mínimo de 28 (de 70) puntos en esta prueba para superar la materia. | 70 |
| Prácticas a través de TIC | A3 A11 B1 B5 B9 C2 C3 | La asistencia a las clases prácticas es obligatoria para el alumnado presencial. El alumnado semipresencial que non pueda asistir por causas justificadas deberá consultar con el profesorado cómo proceder. Todo el alumnado será evaluado mendiate la resolución de determinados ejercicios con su ordenador personal. Para ello empleará los programas informáticos utilizados en las clases. Se requiere un mínimo de 15 (de 30) puntos en dicha prueba para superar la materia. |
30 |
| Observaciones evaluación | |||
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Aquel alumnado con suma de puntuaciones igual o superior a 50 (de 100) puntos, pero que no alcanzase los mínimos exigidos en los exámenes de prácticas y prueba objetiva recibirá en acta una calificación final de 4,5 (sobre 10). Se guardarán las calificaciones aprobadas entre primera y segunda oportunidad. Podrá optar a Matrícula de Honor el alumnado evaluado en la primera oportunidad. La calificación de NO PRESENTADO solo se aplicará al alumnado que no realizase NINGUNA de las actividades evaluables. En el caso de situaciones excepcionales debidamente justificadas podrán adoptarse medidas adicionales para que el estudiante pueda superar la materia, tales como flexibilidad en la fecha de presentación de trabajos o realización de una prueba global de evaluación de los resultados del aprendizaje. |
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| Fuentes de información |
| Básica |
McLachlan, G. J., Do, K-A., Ambroise, C (2004). Analyzing Microarray Gene Expression Data. Wiley-Interscience. John Wiley & Sons
Pevsner, J. (2015). Bioinformatics and Functional Genomics. Wiley Blackwell
Kulkarni, S., Pfeifer, J. (2015). Clinical Genomics. A guide to Clinical NGS. Academic Press, Elsevier
Robison, P.N., Piro, R.M., Jäger, M. (2018). Computational Exome and Genome Analysis. CRC Press, Taylor & Francis Group
Bowtell, D., Sambrook, J. (2003). DNA Microarrays. Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Allison, David B., et al (2006). DNA microarrays and related genomics techniques design, analysis, and interpretation of experiments. Chapman & Hall/CRC
E. Rinaldis, A. Lahm. (2007). DNA microarrays: current applications. Wymondham: Horizon Bioscience
Brown, T. A. (2018). Genomes4. Garland Science |
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| Complementária |
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Zhanjiang, Liu (2007). Aquaculture genome techonologies. Blackwell
Dale Jeremy (2008). From genes to genomes: concepst and applications of DNA technology. John Wiley & Sons
Sensen, Christoph W. (2005). Handbook of genome research genomics, proteomics, metabolism, bioinformatics, ethical & legal issues . Wiley-VCH |
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RECURSOS EN INTERNET:
DOE Joint Genome Institut. Why sequence them? EMBL (European Molecular BIology Laboratory), Bioinformatics. ExPASy (Expert Protein Analysis System). GeneMark: GenomeNet (Kyoto University Bioinformatics Center). Genoscope. Le séquençage des génomes. GOLD (Genomes Online Database). Human genome: advanced annotation tutorial. http://www.mad-cow.org/00/annotation_tutorial.html Human Genome Project Information. http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/home.shtml Iañez Pareja, E. (1997). Introducción a los Proyectos Genoma. KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes). Nacional Human Genome Research Institute: NCBI (National Center for Biotechnology Information). The Sanger Institute. TIGR (The Institute for Genomic Research). tRNAscan-SE 1.21. The WWW Virtual Library: Model Organisms: ALGUNAS BASES DE DATOS DE MICROARRAYS DE ADN ArrayExpress http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/ ChipDB http://staffa.wi.mit.edu/chipdb/public/ ExpressDB http://twod.med.harvard.edu/ExpressDB/ Gene Expression Omnibus (GEO) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ READ (RIKEN cDNA Expression Array Database) http://read.gsc.riken.go.jp/ Saccharomyces Genome Database (SGD) http://genome-www4.Stanford.EDU/cgi-bin/SGD/expression/expressionConnection.pl Standford Microarray Database ( SMD) http://genome-www5.stanford.edu/ The Yale Microarray Database http://www.med.yale.edu/microarray/ yeast Microarray Global Viewer (yMGV) http://www.transcriptome.ens.fr/ymgv/ |
| Recomendaciones | |||||
| Asignaturas que se recomienda haber cursado previamente | |||||
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| Asignaturas que se recomienda cursar simultáneamente | ||||
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| Asignaturas que continúan el temario | |
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| Otros comentarios | |
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Se asume que el alumnado que curse esta materia cuenta con un nivel de inglés equivalente a un B1. |