Datos Identificativos 2019/20
Asignatura (*) Xenómica Código 610441014
Titulación
Mestrado Universitario en Bioloxía Molecular , Celular e Xenética
Descriptores Ciclo Período Curso Tipo Créditos
Mestrado Oficial 2º cuadrimestre
Primeiro Optativa 3
Idioma
Castelán
Galego
Inglés
Modalidade docente Presencial
Prerrequisitos
Departamento Bioloxía
Coordinación
Vila Taboada, Marta
Correo electrónico
marta.vila.taboada@udc.es
Profesorado
Becerra Fernandez, Manuel
Vila Taboada, Marta
Correo electrónico
manuel.becerra@udc.es
marta.vila.taboada@udc.es
Web
Descrición xeral Denomínase xenómica ao estudo integral do funcionamento, evolución e orixe dos xenomas. A xenómica utiliza coñecementos derivados de distintas disciplinas como xenética, bioloxía molecular, bioquímica, informática, estatística, matemáticas e física.
A diferenza da xenética clásica que a partires dun fenotipo (xeralmente mutante) procura o xene ou xenes responsables dese fenotipo, a xenómica ten como obxectivo predicir a función dos xenes a partir da súa secuencia ou das súas interaccións con outros xenes.
As denominadas ciencias ómicas están na vangarda da ciencia, feito debido ás posibilidades abertas polas novas tecnoloxías de secuenciación masiva, aos avances en bioinformática e aos algoritmos cada vez máis sofisticados para análise de xenomas completos.
Plan de continxencia

Competencias do título
Código Competencias do título
A3 Capacidade de utilizar ferramentas Bioinformáticas a nivel de usuario
A11 Capacidade de comprender a estrutura, función e evolución dos xenomas e aplicar as ferramentas necesarias para o seu estudio
B1 Capacidade de análise e síntese de problemas biolóxicos en relación coa Bioloxía Molecular, Celular e Xenética
B5 Correcta comunicación oral e escrita sobre temas científicos na lingua nativa e polo menos noutra lingua de difusión Internacional a través da lectura de artigos científicos e exposición de traballos
B9 Capacidade de preparación, exposición e defensa dun traballo
C2 Dominar a expresión e a comprensión de forma oral e escrita dun idioma estranxeiro.
C3 Utilizar as ferramentas básicas das tecnoloxías da información e as comunicacións (TIC) necesarias para o exercicio da súa profesión e para a aprendizaxe ao longo da súa vida.
C8 Valorar a importancia que ten a investigación, a innovación e o desenvolvemento tecnolóxico no avance socioeconómico e cultural da sociedade.

Resultados de aprendizaxe
Resultados de aprendizaxe Competencias do título
Utilizar ferramentas moleculares para o coñecemento do xenoma de diversos organismos AI3
AI11
CM3
Comprender o estado actual do coñecemento no eido da xenómica estrutural, funcional e evolutiva AI3
AI11
BI1
BI5
BI9
CM2
CM8
Comprender os mecanismos de evolución dos xenomas e das ferramentas moleculares e bioinformáticas para o seu estudo AI3
AI11
BI1
BI5
BI9
CM2
CM8
Deseñar, interpretar e analizar experimentos e datos de microarrays de ADN AI3
AI11

Contidos
Temas Subtemas
O proxecto Xenoma Humano Historia e resultados
Next Generation Sequencing (NGS) Plataformas
Librarías paired-end
Introdución ao tratamento dos datos
Whole Genome Sequencing Librarías mate-pair
Anotación
Xenómica comparada
Paleoxenómica
Xenómica clínica Amplicon-seq
Panel-seq
Exome-seq
Farmacoxenómica
Metaxenómica Metabarcoding
Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) Genome wide association studies (GWAS)
Digital genetic testing
Xenómica funcional Estudo do transcriptoma: microarrais e NGS (RNA-seq)
Epixenómica
Prácticas de bioinformática 1. Tratamento de datos NGS utilizando a plataforma GALAXY.
2. Análise da expresión xénica utilizando a plataforma BABELOMICS.
3. Análise farmacoxenómica utilizando a base de datos PHARMGKB.
4. Introdución ao visor xenómico IGV.

Planificación
Metodoloxías / probas Competencias Horas presenciais Horas non presenciais / traballo autónomo Horas totais
Prácticas a través de TIC A3 A11 B1 B5 B9 C2 C3 7 21 28
Sesión maxistral A3 A11 B1 C8 14 28 42
Proba obxectiva A3 A11 B1 C8 2 0 2
 
Atención personalizada 3 0 3
 
*Os datos que aparecen na táboa de planificación son de carácter orientativo, considerando a heteroxeneidade do alumnado

Metodoloxías
Metodoloxías Descrición
Prácticas a través de TIC As TIC constitúen un excelente soporte e canle para o tratamento da información e a aplicación práctica de coñecementos, facilitando a comunicación e aprendizaxe.
Sesión maxistral O profesorado explica os contidos principais procurando a máxima interacción co alumnado.
Proba obxectiva Proba escrita utilizada para a avaliación da aprendizaxe e que pode combinar distintos tipos de preguntas.

Atención personalizada
Metodoloxías
Prácticas a través de TIC
Descrición
A atención personalizada concíbese como tempo de interacción directa entre estudante e profesorado, ben presencialmente ben vía correo electrónico ou SKYPE.

Avaliación
Metodoloxías Competencias Descrición Cualificación
Proba obxectiva A3 A11 B1 C8 Exame de tipo test (con posibilidade de preguntas de resposta curta) que vai avaliar a comprensión e interrelación dos contidos traballados durante as as devanditas actividades.
Cómpre acadar 28 (dos 70 puntos) nesta proba para superar a materia.
70
Prácticas a través de TIC A3 A11 B1 B5 B9 C2 C3 A asistencia ás clases prácticas é obrigatoria.
O alumnado semipresencial que non poida asistir por causas xustificadas deberán consultar co profesorado como proceder.
Todo o alumnado terá que realizar un exame no que resolver determinados exercicios utilizando o seu ordenador persoal e os programas informáticos utilizados nas clases.
Cómpre acadar 15 (dos 30) puntos nesta proba para superar a materia.


30
 
Observacións avaliación

Aqueles alumnos cunha suma de puntuacións igual ou superior a 50 (de 100) puntos, pero que non acadasen os mínimos esixidos nos exames de prácticas e proba obxectiva recibirán na acta unha cualificación final de 4,5 (sobre 10). Gardaránse as cualificacións aprobadas entre primeira e segunda oportunidade.

Poderá optar a Matrícula de Honra o alumnado avaliado na primeira oportunidade.

A cualificación de NON PRESENTADO só figurará para aquel alumnado que non realizase NINGUNHA das actividades avaliables.

No caso de situacións excepcionais debidamente xustificadas poderán adoptarse medidas adicionais para que o estudante poda superar a materia, tales como flexibilidade na data de presentación de traballos ou realización dunha proba global de avaliación da aprendizaxe.











Fontes de información
Bibliografía básica McLachlan, G. J., Do, K-A., Ambroise, C (2004). Analyzing Microarray Gene Expression Data. Wiley-Interscience. John Wiley & Sons
Pevsner, J. (2015). Bioinformatics and Functional Genomics. Wiley Blackwell
Kulkarni, S., Pfeifer, J. (2015). Clinical Genomics. A guide to Clinical NGS. Academic Press, Elsevier
Robison, P.N., Piro, R.M., Jäger, M. (2018). Computational Exome and Genome Analysis. CRC Press, Taylor & Francis Group
Bowtell, D., Sambrook, J. (2003). DNA Microarrays. Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Allison, David B., et al (2006). DNA microarrays and related genomics techniques design, analysis, and interpretation of experiments. Chapman & Hall/CRC
E. Rinaldis, A. Lahm. (2007). DNA microarrays: current applications. Wymondham: Horizon Bioscience
Brown, T. A. (2018). Genomes4. Garland Science

Bibliografía complementaria (). .
Zhanjiang, Liu (2007). Aquaculture genome techonologies. Blackwell
Dale Jeremy (2008). From genes to genomes: concepst and applications of DNA technology. John Wiley & Sons
Sensen, Christoph W. (2005). Handbook of genome research genomics, proteomics, metabolism, bioinformatics, ethical & legal issues . Wiley-VCH

RECURSOS EN INTERNET:


Biological database compilation at NAR:
http://nar.oupjournals.org/content/vol29/issue1

DOE Joint Genome Institut. Why sequence them?
http://www.jgi.doe.gov/sequencing/why/index.html

EMBL (European Molecular BIology Laboratory), Bioinformatics.
http://www-db.embl.de/jss/servlet/de.embl.bk.emblGroups.EmblGroupsOrg/serv_0?t=0

ExPASy (Expert Protein Analysis System).
http://us.expasy.org/

GeneMark:
http://opal.biology.gatech.edu/GeneMark/

GenomeNet (Kyoto University Bioinformatics Center).
http://www.genome.jp/

Genoscope. Le séquençage des génomes.
http://www.genoscope.cns.fr/externe/Francais/Sequencage/

GOLD (Genomes Online Database).
http://www.genomesonline.org/

Human genome: advanced annotation tutorial.

http://www.mad-cow.org/00/annotation_tutorial.html

Human Genome Project Information.

http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/home.shtml

Iañez Pareja, E. (1997). Introducción a los Proyectos Genoma.
http://www.ugr.es/~eianez/Biotecnologia/genoma-2.html

KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes).
http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html

Nacional Human Genome Research Institute:
http://www.genome.gov/

NCBI (National Center for Biotechnology Information).
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

The Sanger Institute.
http://www.sanger.ac.uk/

TIGR (The Institute for Genomic Research).
http://www.tigr.org/

tRNAscan-SE 1.21.
http://www.genetics.wustl.edu/eddy/tRNAscan-SE/

The WWW Virtual Library: Model Organisms:
http://www.ceolas.org/VL/mo/

ALGUNAS BASES DE DATOS DE MICROARRAYS DE ADN

ArrayExpress

http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/

ChipDB

http://staffa.wi.mit.edu/chipdb/public/

ExpressDB

http://twod.med.harvard.edu/ExpressDB/

Gene Expression Omnibus (GEO)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

READ (RIKEN cDNA Expression Array Database)

http://read.gsc.riken.go.jp/

Saccharomyces Genome Database (SGD)

http://genome-www4.Stanford.EDU/cgi-bin/SGD/expression/expressionConnection.pl

Standford Microarray Database ( SMD)

http://genome-www5.stanford.edu/

The Yale Microarray Database

http://www.med.yale.edu/microarray/

yeast Microarray Global Viewer (yMGV)

http://www.transcriptome.ens.fr/ymgv/


Recomendacións
Materias que se recomenda ter cursado previamente
Técnicas Celulares/610441001
Técnicas Moleculares/610441002
Mecanismos de xeración da variación xenética/610441005
Regulación da expresión xénica/610441006
Bioinformática e Modelado de Biomoléculas/610441020

Materias que se recomenda cursar simultaneamente
Proteómica/610441013
Cromosomas: Estructura. Función e Evolución/610441015
Xenética Humana/610441016
Toxicología Xenética/610441017

Materias que continúan o temario
Traballo de Máster/610441022

Observacións

Asúmese que o alumnado que cursa esta materia conta cun nivel de inglés equivalente a un B1.



(*)A Guía docente é o documento onde se visualiza a proposta académica da UDC. Este documento é público e non se pode modificar, salvo casos excepcionais baixo a revisión do órgano competente dacordo coa normativa vixente que establece o proceso de elaboración de guías