Mestrado Universitario en Bioloxía Molecular , Celular e Xenética
Descriptores
Ciclo
Período
Curso
Tipo
Créditos
Mestrado Oficial
2º cuadrimestre
Primeiro
Optativa
3
Idioma
Castelán
Modalidade docente
Presencial
Prerrequisitos
Departamento
Bioloxía Computación
Coordinación
Dorado de la Calle, Julian
Correo electrónico
julian.dorado@udc.es
Profesorado
Becerra Fernandez, Manuel
Dorado de la Calle, Julian
Fernández Lozano, Carlos
Correo electrónico
manuel.becerra@udc.es
julian.dorado@udc.es
carlos.fernandez@udc.es
Web
Descrición xeral
La gestión del conocimiento en biología es el terreno de la bioinformática, e incluye tanto la formalización de la información obtenida como su organización en bases de datos adecuadas, la extracción de relaciones entre la información dispersa, el modelado de los procesos biológicos y la generación de hipótesis para sustentar nuevas aproximaciones experimentales. Desde un punto de vista técnico, la bioinformática utiliza métodos computacionales (el propio desarrollo de métodos en esta área se suele denominar biología computacional) y recibe aportaciones de las matemáticas, la física y la ingeniería informática. Sin embargo, desde el punto de vista de los objetivos, la bioinformática es una rama de la biología, como pueden serlo la bioquímica o la microbiología. En este carácter claramente interdisciplinario de la bioinformática reside tanto su fuerza como su debilidad: por una parte, la aplicación de ideas traídas de otros campos produce constantemente avances espectaculares; pero, por otra parte, es difícil desarrollar los programas de formación adecuados.
Para darse cuenta de la importancia de la bioinformática en la biología actual, quizás sea suficiente decir que el método más citado en las publicaciones de esta área es Blast, un método computacional que busca e identifica secuencias de proteínas y ácidos nucleicos en bases de datos: es decir, la operación técnica más realizada por biólogos es computacional, y no experimental. De hecho, la interpretación de cualquier experimento complejo en biología requiere, casi ineludiblemente, el análisis bioinformático, algo especialmente obvio si se trata de experimentos masivos.
Competencias do título
Código
Competencias do título
A3
Capacidade de utilizar ferramentas Bioinformáticas a nivel de usuario
A9
Capacidade de comprender a estrutura, e función das proteínas a nivel individual e da proteómica, así como das técnicas necesarias para analizaras e estudar as súas interaccións con outras biomoléculas
A11
Capacidade de comprender a estrutura, función e evolución dos xenomas e aplicar as ferramentas necesarias para o seu estudio
B1
Capacidade de análise e síntese de problemas biolóxicos en relación coa Bioloxía Molecular, Celular e Xenética
B2
Capacidade de toma de decisións para a resolución de problemas: que sexan capaces de aplicar os coñecementos teóricos e prácticos adquiridos na formulación de problemas biolóxicos e a busca de solucións
B3
Capacidade de xestión da información: reunir e interpretar datos, información e resultados relevantes, obter conclusións e emitir informes razoados sobre cuestións científicas e biotecnolóxicas
B9
Capacidade de preparación, exposición e defensa dun traballo
C3
Utilizar as ferramentas básicas das tecnoloxías da información e as comunicacións (TIC) necesarias para o exercicio da súa profesión e para a aprendizaxe ao longo da súa vida.
C6
Valorar criticamente o coñecemento, a tecnoloxía e a información dispoñible para resolver os problemas cos que deben enfrontarse.
C8
Valorar a importancia que ten a investigación, a innovación e o desenvolvemento tecnolóxico no avance socioeconómico e cultural da sociedade.
Resultados de aprendizaxe
Resultados de aprendizaxe
Competencias do título
Conocer el acceso a los principales canales de recursos Web de Bioinformática
AI3
BI3 BI9
CM3
Conocer y manejar con propiedad la nomenclatura del área de Bioinformática
AI3
BI3 BI9
CM3 CM6
Ser capaz de desenvolverse de forma autónoma para encontrar información sobre los
distintos programas y sus parámetros modificables y comprender las repercusiones en el
resultado de los análisis
AI3
BI2 BI3 BI9
CM3
Tener conocimientos bioinformáticos de cómo hacer una predicción de las características
unidimensionales de una proteína
AI3 AI9 AI11
BI1 BI2 BI3
CM3 CM6 CM8
Ser capaz de realizar un predicción sencilla de la estructura tridimensional de una proteína
basándose en datos y programas disponibles en la Web
AI3
BI1 BI2 BI3
CM3 CM6 CM8
Conocer los métodos básicos de simulación molecular y de cómo se utilizan para el estudio
de las proteínas
AI3
BI1 BI2 BI3
CM3 CM6 CM8
Contidos
Temas
Subtemas
Bioinformática
Recursos web e bases de datos en bioloxía molecular. Análise e comparación das secuencias.
Aliñación de secuencias. Localización de razóns. Xenes de Investigación. nota
xenes. Proxecto xenoma Navegadores. Exemplos de aplicacións. A análise dos datos.
Modelado de Biomoléculas
Predición das características da estrutura da proteína. A obtención de modelos tridimensionais.
Modelaxe por homologada. Modelaxe enfiando ou por deseño homologada remoto.
Métodos ab initio. Valoración de métodos de predición.
Planificación
Metodoloxías / probas
Competencias
Horas presenciais
Horas non presenciais / traballo autónomo
Horas totais
Sesión maxistral
A3 A9 A11
10
20
30
Seminario
B3 B9 C6 C8
2
7
9
Prácticas de laboratorio
B1 B2 C3
9
22.5
31.5
Atención personalizada
4.5
0
4.5
*Os datos que aparecen na táboa de planificación son de carácter orientativo, considerando a heteroxeneidade do alumnado
Metodoloxías
Metodoloxías
Descrición
Sesión maxistral
Presentación oral complementada polo uso de medios audiovisuais para a transmisión de coñecementos e facilitar a aprendizaxe.
Seminario
Técnica de traballo que ten como obxectivo a elaboración de documentos PowerPoint e Word sobre un tema proposto polo profesor.
Prácticas de laboratorio
Metodoloxía que permite que os alumnos aprendan de forma eficaz a través de actividades prácticas (demostracións, simulacións, etc.) Teoría dun campo do coñecemento a través do uso da tecnoloxía da información e comunicacións.
Atención personalizada
Metodoloxías
Seminario
Prácticas de laboratorio
Descrición
A atención persoal que se describe en relación a estas metodoloxías concíbense como momentos de traballo do alumno en clase con profesor para implicar a participación obrigatoria para o alumno.
A forma eo momento en que se levará a cabo indícase en relación a cada unha das actividades ao longo do curso de acordo co plan de traballo do curso
Avaliación
Metodoloxías
Competencias
Descrición
Cualificación
Sesión maxistral
A3 A9 A11
Se realizará una prueba para evaluar los conocimientos adquiridos durante la realización de las clases magistrales.
A5, B2
45
Seminario
B3 B9 C6 C8
Se evaluará el seminario realizado por el alumno teniendo en cuenta la capacidad para la extracción de lo más relevante del total de la información conseguida, la capacidad para trabajar en grupo y la capacidad para exponer en público.
Con esta metodología se evaluarán las competencias B1, B3 y B9
25
Prácticas de laboratorio
B1 B2 C3
Se evaluará la asistencia regular y la participación activa a las prácticas de laboratorio, así como el boletín de respuestas elaboradas por los alumnos. Se realizarán varias pruebas para evaluar los conocimientos adquiridos.
Con esta metodología se evaluarán las competencias A5, B2
30
Observacións avaliación
Podrán optar a MH aquellos alumnos que se evalúen en la primera oportunidad de Junio.
Os alumnos con dedicación a tempo
parcial ou con exención de asitencia poderán acordar as condicións específicas para a súa avaliación cos profesores ao inicio do curso
ESTUDANTES CON MATRÍCULA SEMIPRESENCIAL:
Deberán poñerse en contacto
cos profesores da asignatura para posibilitar a realización das tarefas
fóra da organización habitual de materia.
Poden non asistir as sesións maxistrais, o que non lles desculpa de coñecer e estudar os contidos impartidos
Poden entregar os traballos solicitados en clases de teoría e práctica, 2 días despois que os de tempo completo
Fontes de información
Bibliografía básica
BIOINFORMÁTICA • Attwood, T.K. & D.J. Parry-Smith. 1999. Introduction to Bioinformatics. Addison Wesley Longman Limited, Edimburgo. • Baxevanis, A.D. & B.F. Francis Oullette (Eds.). 2002. Bioinformatics. A practical guide to the analysis of genes and proteins. 2nd Ed. Wiley-Interscience. • Bishop, M. 1999. Bioinformatics. Taylor & Francis, UK. • Claverie, J.M. and C. Notredame. 2003. Bioinformatics for dummies. Wiley Publishing, Inc. • Gibas, C. y P. Jambeck. 2001. Developing Bioinformatics Computer Skills. O'Reilly • Higgins, D. y W. Taylor. 2000. Bioinformatics: Sequence, structure and databanks. Oxford University Press. • Higgs, P. & T.K. Attwood 2005. Bioinformatics and molecular evolution. Blackwell Publishing. • Kanehisa, M. 2000. Post-genome informatics. Oxford University Press • Li, W-H. 1999. Molecular evolution. Sinauer Associates Inc., Massachusetts, 2nd. Ed. • Mount, David W. 2001. Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press. • Nei, M. y S. Kumar. 2000. Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford University Press. • Pevsner, J. 2003. Bioinformatics and Functional Genomics. John Wiley & Sons, Inc. • Rashidi, H.H. and L.K. Buehler. 2000. Bioinformatics Basics. Applications in Biological Science and Medicine. CRC Press, Boca Raton. • Salzberg, S., D. Searls, and S. Kasif (Eds). 1998. Computational Methods in Molecular Biology. Elsevier Science. • Swindell, S.R., R.R. Miller y G.S.A. Myers. 1997. Internet for the Molecular Biologist. Horizon Scientific Press, Norfolk, UK. • Tisdall, J. 2001. Beginning Perl for Bioinformatics. O'Reilly MODELADO DE BIOMOLÉCULAS • Bnaszak,L. J. 2000. Foundations of structural biology. Academic Press. • Bourne, P. E., Weissig,H. 2003. Structural Bioinformatics. John Wiley & Sons. • Branden,C. & Tooze, J. 1998. INTRODUCTION TO PROTEIN STRUCTURE. 2nd editionGarland Publishing, Inc, New York . • Creighton,T. E. 1993. PROTEINS: STRUCTURES AND MOLECULAR PROPERTIES, 2nd edition. W.H.Freeman & Company, New York . • Gómez-Moreno,C. & Sancho, J. (Coords). 2003. ESTRUCTURA DE PROTEÍNAS. Ariel Ciencia, Barcelona . • Lesk, A.M. 2000. INTRODUCTION TO PROTEIN ARCHITECTURE. THE STRUCTURAL BIOLOGY OFPROTEINS. Oxford University Press, Oxford . • Tramontano,A. 2006. Protein Structure Prediction. Wiley-Vch.
(*)A Guía docente é o documento onde se visualiza a proposta académica
da UDC. Este documento é público e non se pode modificar, salvo casos excepcionais baixo a revisión do
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