Mestrado Universitario en Bioloxía Molecular , Celular e Xenética
Descriptores
Ciclo
Periodo
Curso
Tipo
Créditos
Máster Oficial
2º cuatrimestre
Primero
Optativa
3
Idioma
Castellano
Modalidad docente
Presencial
Prerrequisitos
Departamento
Bioloxía Ciencias da Computación e Tecnoloxías da Información Computación
Coordinador/a
Dorado de la Calle, Julian
Correo electrónico
julian.dorado@udc.es
Profesorado
Becerra Fernandez, Manuel
Dorado de la Calle, Julian
Fernández Lozano, Carlos
Correo electrónico
manuel.becerra@udc.es
julian.dorado@udc.es
carlos.fernandez@udc.es
Web
Descripción general
A xestión do coñecemento en bioloxía é o terreo da bioinformática, e inclúe tanto a formalización da información obtida como a súa organización en bases de datos adecuadas, a extracción de relacións entre a información dispersa, o modelado dos procesos biolóxicos e a xeración de hipóteses para sustentar novas aproximacións experimentais. Dende un punto de vista técnico, a bioinformática utiliza métodos computacionais (o propio desenrolo de métodos nesta área suele denominarse bioloxía computacional) e recibe aportacións das matemáticas, a física e a enxeñería informática. Sen embargo, dende o punto de vista dos obxectivos, a bioinformática é unha rama da bioloxía, como poden ser a bioquímica ou a microbiología. Neste carácter claramente interdisciplinario da bioinformática reside tanto a súa forza como a súa debilidade: por unha parte, a aplicación de ideas traídas doutros campos produce constantemente avances espectaculares; pero, por outra parte, é difícil desenrolar os programas de formación adecuados.
Para darse de conta da importancia da bioinformática na bioloxía actual, quizais sea bastane dicir que o método máis citado nas publicacións desta área é Blast, un método computacional que busca e identifica secuencias de proteínas e ácidos nucleicos en bases de datos: e dicir, a operación técnica máis realizada por biólogos é computacional, e non experimental. De feito, a interpretación de calquer experimento complexo en bioloxía require, case ineludiblemente, a análise bioinformática, algo especialmente obvio se se trata de experimentos masivos.
Competencias del título
Código
Competencias del título
A3
Capacidad de utilizar herramientas Bioinformáticas a nivel de usuario.
A9
Capacidad de comprender la estructura, y función de las proteínas a nivel individual y de la proteómica, así como de las técnicas necesarias para analizarlas y estudiar sus interacciones con otras biomoléculas
A11
Capacidad de comprender la estructura, función y evolución de los genomas y aplicar las herramientas necesarias para su estudio.
B1
Capacidad de análisis y síntesis de problemas biológicos en relación con la Biología Molecular, Celular y Genética.
B2
Capacidad de toma de decisiones para la resolución de problemas: que sean capaces de aplicar los conocimientos teóricos y prácticos adquiridos en la formulación de problemas biológicos y la búsqueda de soluciones.
B3
Capacidad de gestión de la información: que sean capaces de reunir e interpretar datos, información y resultados relevantes, obtener conclusiones y emitir informes razonados sobre cuestiones científicas y biotecnológicas.
B9
Capacidad de preparación, exposición y defensa de un trabajo.
C3
Utilizar las herramientas básicas de las tecnologías de la información y las comunicaciones (TIC) necesarias para el ejercicio de su profesión y para el aprendizaje a lo largo de su vida.
C6
Adquirir habilidades para la vida y hábitos, rutinas y estilos de vida saludables.
C8
Valorar la importancia que tiene la investigación, la innovación y el desarrollo tecnológico en el avance socioeconómico y cultural de la sociedad.
C9
Tener la capacidad de gestionar tiempos y recursos: desarrollar planes, priorizar actividades, identificar las críticas, establecer plazos y cumplirlos.
Resultados de aprendizaje
Resultados de aprendizaje
Competencias del título
Conocer el acceso a los principales canales de recursos Web de Bioinformática
AI3
BI3 BI9
CM3
Conocer y manejar con propiedad la nomenclatura del área de Bioinformática
AI3
BI3 BI9
CM3 CM6
Ser capaz de desenvolverse de forma autónoma para encontrar información sobre los
distintos programas y sus parámetros modificables y comprender las repercusiones en el
resultado de los análisis
AI3
BI2 BI3 BI9
CM3 CM9
Tener conocimientos bioinformáticos de cómo hacer una predicción de las características
unidimensionales de una proteína
AI3 AI9 AI11
BI1 BI2 BI3
CM3 CM6 CM8
Ser capaz de realizar un predicción sencilla de la estructura tridimensional de una proteína
basándose en datos y programas disponibles en la Web
AI3
BI1 BI2 BI3
CM3 CM6 CM8 CM9
Conocer los métodos básicos de simulación molecular y de cómo se utilizan para el estudio
de las proteínas
AI3
BI1 BI2 BI3
CM3 CM6 CM8
Contenidos
Tema
Subtema
Bioinformática
Recursos Web y Bases de datos en biología molecular. Análisis y comparación de secuencias.
Alineamiento de secuencias. Localización de motivos. Búsqueda de genes. Anotación de
genes. Navegadores del proyecto genoma. Ejemplos de aplicaciones. Análisis de datos.
Modelado de Biomoléculas
Predicción de características de la estructura de proteínas. Obtención de modelos tridimensionales.
Modelado por homología. Modelado mediante threading o diseño por homología remota.
Métodos ab initio. Evaluación de los métodos de predicción.
Planificación
Metodologías / pruebas
Competéncias
Horas presenciales
Horas no presenciales / trabajo autónomo
Horas totales
Sesión magistral
A3 A9 A11
10
20
30
Seminario
B3 B9 C6 C8 C9
2
7
9
Prácticas de laboratorio
B2 B1 C3 C9
9
22.5
31.5
Atención personalizada
4.5
0
4.5
(*)Los datos que aparecen en la tabla de planificación són de carácter orientativo, considerando la heterogeneidad de los alumnos
Metodologías
Metodologías
Descripción
Sesión magistral
Exposición oral complementada con el uso de medios audiovisuales con la finalidad de transmitir conocimientos y facilitar el aprendizaje.
Seminario
Técnica de trabajo que tiene como finalidad la elaboración de documentos en powerpoint y word sobre un tema propuesto por el profesor.
Prácticas de laboratorio
Metodología que permite al alumnado aprender de forma efectiva, a través de actividades de carácter práctico (demostraciones, simulaciones, etc.) la teoría de un ámbito de conocimiento, mediante la utilización de las tecnologías de la información y las comunicaciones.
Atención personalizada
Metodologías
Seminario
Prácticas de laboratorio
Descripción
La atención persoal que se describe en relación a estas metodologías se concibe como momentos de trabajo del alumno en clase con profesor para implicar la participación obrigatoria para el alumno.
La forma y el momento en que se llevará a cabo se indica en relación a cada una de las actividades a lo largo del curso, de acuerdo con el plan de trabajo del curso
Evaluación
Metodologías
Competéncias
Descripción
Calificación
Sesión magistral
A3 A9 A11
Se realizará una prueba para evaluar los conocimientos adquiridos durante la realización de las clases magistrales.
A5, B2
45
Seminario
B3 B9 C6 C8 C9
Se evaluará el seminario realizado por el alumno teniendo en cuenta la capacidad para la extracción de lo más relevante del total de la información conseguida, la capacidad para trabajar en grupo y la capacidad para exponer en público.
Con esta metodología se evaluarán las competencias B1, B3 y B9
25
Prácticas de laboratorio
B2 B1 C3 C9
Se evaluará la asistencia regular y la participación activa a las prácticas de laboratorio, así como el boletín de respuestas elaboradas por los alumnos. Se realizarán varias pruebas para evaluar los conocimientos adquiridos.
Con esta metodología se evaluarán las competencias A5, B2
30
Observaciones evaluación
Podrán optar a MH aquellos alumnos que se evalúen en la primera oportunidad de Junio.
Los alumnos con dedicación a tiempo parcial o exención de asistencia podrán acordar con los profesores los métodos específicos para su evalaución a principios del curso
ESTUDANTES CON MATRÍCULA SEMIPRESENCIAL:
Deberán ponerse en contacto
con los profesores de la asignatura para posibilitar la realización de las tareas
fuera de la organización habitual de la materia.
Pueden no asistir a las sesiones magistrales, lo que no les disculpa de conocer y estudiar los contenidos impartidos
Pueden entregar los trabajos solicitados en clases de teoría y práctica 2 días despues que los de tiempo completo
En la segunda oportunidad los alumnos solo podrán repetir la prueba correspondiente a la evaluación de la Sesión Magistral y entregar los boletines de prácticas de laboratorio, si no los entregaron en la primera oportunidad, concretando con el profesor correspondiente la fecha de entrega.
Fuentes de información
Básica
BIOINFORMÁTICA • Attwood, T.K. & D.J. Parry-Smith. 1999. Introduction to Bioinformatics. Addison Wesley Longman Limited, Edimburgo. • Baxevanis, A.D. & B.F. Francis Oullette (Eds.). 2002. Bioinformatics. A practical guide to the analysis of genes and proteins. 2nd Ed. Wiley-Interscience. • Bishop, M. 1999. Bioinformatics. Taylor & Francis, UK. • Claverie, J.M. and C. Notredame. 2003. Bioinformatics for dummies. Wiley Publishing, Inc. • Gibas, C. y P. Jambeck. 2001. Developing Bioinformatics Computer Skills. O'Reilly • Higgins, D. y W. Taylor. 2000. Bioinformatics: Sequence, structure and databanks. Oxford University Press. • Higgs, P. & T.K. Attwood 2005. Bioinformatics and molecular evolution. Blackwell Publishing. • Kanehisa, M. 2000. Post-genome informatics. Oxford University Press • Li, W-H. 1999. Molecular evolution. Sinauer Associates Inc., Massachusetts, 2nd. Ed. • Mount, David W. 2001. Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press. • Nei, M. y S. Kumar. 2000. Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford University Press. • Pevsner, J. 2003. Bioinformatics and Functional Genomics. John Wiley & Sons, Inc. • Rashidi, H.H. and L.K. Buehler. 2000. Bioinformatics Basics. Applications in Biological Science and Medicine. CRC Press, Boca Raton. • Salzberg, S., D. Searls, and S. Kasif (Eds). 1998. Computational Methods in Molecular Biology. Elsevier Science. • Swindell, S.R., R.R. Miller y G.S.A. Myers. 1997. Internet for the Molecular Biologist. Horizon Scientific Press, Norfolk, UK. • Tisdall, J. 2001. Beginning Perl for Bioinformatics. O'Reilly MODELADO DE BIOMOLÉCULAS • Bnaszak,L. J. 2000. Foundations of structural biology. Academic Press. • Bourne, P. E., Weissig,H. 2003. Structural Bioinformatics. John Wiley & Sons. • Branden,C. & Tooze, J. 1998. INTRODUCTION TO PROTEIN STRUCTURE. 2nd editionGarland Publishing, Inc, New York . • Creighton,T. E. 1993. PROTEINS: STRUCTURES AND MOLECULAR PROPERTIES, 2nd edition. W.H.Freeman & Company, New York . • Gómez-Moreno,C. & Sancho, J. (Coords). 2003. ESTRUCTURA DE PROTEÍNAS. Ariel Ciencia, Barcelona . • Lesk, A.M. 2000. INTRODUCTION TO PROTEIN ARCHITECTURE. THE STRUCTURAL BIOLOGY OFPROTEINS. Oxford University Press, Oxford . • Tramontano,A. 2006. Protein Structure Prediction. Wiley-Vch.
Asignaturas que se recomienda haber cursado previamente
Técnicas Moleculares/610441002
Asignaturas que se recomienda cursar simultáneamente
Dinámica y Estructura de Proteínas/610441011
Proteómica/610441013
Genómica/610441014
Asignaturas que continúan el temario
Trabajo de Máster/610441022
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