Identifying Data

2020/21

Subject (*)

Genomics and Proteomics

Code

610475103

Study programme

Mestrado Universitario en Biotecnoloxía Avanzada

Descriptors

Cycle

Period

Year

Type

Credits

Official Master's Degree

1st four-month period

First

Obligatory

4.5

Language

Spanish

Galician

English

Teaching method

Face-to-face

Prerequisites

Department

Bioloxía
Departamento profesorado máster
Matemáticas

Coordinador

Lamas Maceiras, Mónica

E-mail

monica.lamas@udc.es

Lecturers

Lamas Maceiras, Mónica

E-mail

monica.lamas@udc.es

Web

http://masterbiotecnologiaavanzada.com/

General description

EN LA DOCENCIA DE LA MATERIA PARTICIPAN TAMBIÉN LOS SIGUIENTES PROFESORES DE LA UVIGO:
Angel Pérez Diz (angel.p.diz@uvigo.es)
Y EL SIGUIENTE PROFESOR DEL INIBIC (INSTITUTO DE INVESTIGACIÓN BIOMÉDICA DE A CORUÑA):
Valentina Calamia (e-mail: valentina.calamia@sergas.es )

Comprender las bases de la Genómica y la proteómica de cara a su aplicación en el ámbito de la biotecnología

Contingency plan

=== MEDIDAS EXCEPCIONAIS PLANIFICADAS ===
Ante a incerta e imprevisible evolución da alerta sanitaria provocada pola COVID- 19, as Universidades establecen una
planificación extraordinaria que se activará no momento en que as administracións e a propia institución o determinen
atendendo a criterios de seguridade, saúde e responsabilidade, e garantindo a docencia nun escenario non presencial ou
non totalmente presencial. Estas medidas xa planificadas garanten, no momento que sexa preceptivo, o desenvolvemento
da docencia dun xeito mais áxil e eficaz ao ser coñecido de antemán (ou cunha ampla antelación) polo alumnado e o
profesorado a través da ferramenta normalizada e institucionalizada das guías docentes DOCNET.
=== ADAPTACIÓN DAS METODOLOXÍAS ===
* Metodoloxías de ensino que se modifican
Caso semipresencial: Tanto as clases teóricas como as prácticas serán seguidas de forma mixta na clase por un pequeno
grupo de alumnos (o alumnado rotará neste grupos presenciais), e telematicamente polo resto, sempre que se supere a
capacidade máxima permitida na aula docente.
Caso non presencial: Tanto as clases teóricas como as prácticas serán impartidas electrónicamente seguindo o horario
establecido no calendario académico, deixando todo o material dispoñible en FAITIC/Moodle e/ou por correo electrónico.
* Mecanismo de non asistencia para o estudante (titorías)
Todas as titorías realizaranse en grupo ou individualmente empregando o campus remoto seguindo as horas indicadas polo
centro ou acordando previamente datas e horas cos estudantes por correo electrónico.
=== ADAPTACIÓN DA AVALIACIÓN ===
- Modalidade mixta: non se modifican.
- Modalidade non presencial: As probas realizaranse de forma virtual empregando os mecanismos existentes (campus
remoto e FAITIC/Moodle).

Study programme competencies

Code	Study programme competences
A2	Ter unha visión integrada do metabolismo e do control da expresión xénica para poder abordar a súa manipulación.
A3	Coñecer as aplicacións biotecnolóxicas dos microorganismos, plantas e animais e saber manipulalos de cara á súa aplicación biotecnolóxica.
A4	Coñecer e saber usar as técnicas de cultivo e a enxeñaría celular.
A5	Coñecer os principios da xenómica e a proteómica.
A7	Saber buscar, obter e interpretar a información das bases de datos biolóxicos: xenómicas, proteómicas, transcriptómicas e metabolómicas e utilizar as ferramentas básicas da bioinformática.
B1	Capacidade de análise e síntese (localización de problemas e identificación das causas e a súa tipoloxía).
B2	Capacidade de organización e planificación de todos os recursos (humanos, materiais, información e infraestruturas).
B3	Capacidade de xestión da información (con apoio de tecnoloxías da información e as comunicacións).
B4	Capacidade de planificación e elaboración de estudos técnicos en biotecnoloxía microbiana, vexetal e animal.
B5	Capacidade de identificar problemas, buscar solucións e aplicalas nun contexto biotecnolóxico profesional ou de investigación.
B10	Capacidade de Traballo nun contexto de sostibilidade, caracterizado por: sensibilidade polo medio ambiente e polos diferentes organismos que o integran así como concienciación polo desenvolvemento sostible.
B11	Racionamento crítico e respecto profundo pola ética e a integridade intelectual.
B12	Adaptación a novas situacións legais, ou novidades tecnolóxicas así como a excepcionalidades asociadas a situacións de urxencia.
B13	Aprendizaxe autónoma.
B15	Sensibilización cara á calidade, o respecto medioambiental e o consumo responsable de recursos e a recuperación de residuos.
C1	Expresarse correctamente, tanto de forma oral coma escrita, nas linguas oficiais da comunidade autónoma.
C8	Valorar a importancia que ten a investigación, a innovación e o desenvolvemento tecnolóxico no avance socioeconómico e cultural da sociedade.

Learning aims

Learning outcomes	Study programme competences
Identificar la biodiversidad de microorganismos, plantas y animales así como seleccionar los de mayor interés biotecnológico	AC2 AC3 AC4 AC5	BC1 BC2 BC3 BC4 BC5 BC10 BC11 BC12 BC13 BC15
Comprender la integración del metabolismo y la regulación de la expresión génica con objeto de abordar su manipulación	AC2 AC3 AC4 AC5	BC1 BC2 BC3 BC4 BC5 BC10 BC11 BC12 BC13 BC15
Identificar las aplicaciones biotecnológicas de los microorganismos, plantas y animales y saber manipularlos de cara a su utilidad en el sector biotecnológico	AC2 AC3 AC4 AC5	BC1 BC2 BC3 BC4 BC5 BC10 BC11 BC12 BC13 BC15
Aplicar en biotecnología las técnicas de cultivo y de ingeniería celular	AC2 AC3 AC4 AC5	BC1 BC2 BC3 BC4 BC5 BC10 BC11 BC12 BC13 BC15	CC8
Comprender las bases de la genómica y la proteómica de cara a su aplicación en el ámbito de la biotecnología	AC2 AC3 AC4 AC5 AC7	BC1 BC2 BC3 BC4 BC5 BC10 BC11 BC12 BC13 BC15	CC1 CC8

Contents

Topic	Sub-topic
1.Bloque: Xenómica	Tema 1. Introducción a la genómica: bases, conceptos y técnicas. Tema 2. Proyectos "Genoma". Tema 3. Transcriptómica: Microoarrays y Microchips: Microrrays de DNA (metodología, tipos de plataformas, diseño experimental, análisis de los datos). Tema 4. Genómica estructural y funcional.
2. Bloque: Proteómica	Tema1: Introducción a la proteómica: bases y conceptos Tema 2: Métodos y técnicas en proteómica: extracción, cuantificación, separación e identificación de proteínas. Electroforesis bidimensional y espectrometría de masas Tema 3: Proteómica cuantitativa, modificaciones postraduccionales e interacción de proteínas Tema 4: Proteogenómica Tema 5: Aplicaciones de la proteómica en el campo de la biotecnología

Planning

Methodologies / tests	Competencies	Ordinary class hours	Student’s personal work hours	Total hours
Laboratory practice	A3 A5 A7 B2 B3 B5 B10	12.5	12.5	25
Guest lecture / keynote speech	A2 A4 A5	25	50	75
Mixed objective/subjective test	A2 A3 A4 A5 B1	2	4	6
Supervised projects	A5 B1 B2 B3 B4 B5 B10 B11 B12 B13 B15 C1 C8	0	4.5	4.5

Personalized attention		2	0	2

(*)The information in the planning table is for guidance only and does not take into account the heterogeneity of the students.

Methodologies

Methodologies	Description
Laboratory practice	Clases prácticas no laboratorio, na aula de informática, resolución de problemas e casos prácticos
Guest lecture / keynote speech	Exposición por parte do profesor dos contenidos da materia, bases teoricas e directrices dun traballo, ejercicio ou proxecto do alumno.
Mixed objective/subjective test	Exámenes con cuestións sobre os contidos teóricos e prácticos
Supervised projects	Traballos e/ou resolución de cuestionarios relacionados con algún aspecto da asignatura. Realizaránse de maneira individual ou en grupo baixo a orientación do profesor.

Personalized attention

Methodologies

Supervised projects

Description

Tutorías personalizadas centradas na orientación para a realización de traballos ou resolución de dubidas sobre os contidos das materias
Para o alumnado con reconocimiento de adicación a tempo parcial e dispensa académica de exención de asistencia, o profesor adoptará as medidas que considere oportunas para non perxudicar a súa calificación.

Assessment

Methodologies	Competencies	Description	Qualification
Mixed objective/subjective test	A2 A3 A4 A5 B1	Consistirá nun exámen con cuestions nas que o alumno terá que aplicar os coñecementos teóricos e prácticos adquiridos na asignatura. Incluirá preguntas das sesións prácticas de laboratorio.	60
Supervised projects	A5 B1 B2 B3 B4 B5 B10 B11 B12 B13 B15 C1 C8	Redacción de traballos e/ou resolución de problemas	40

Assessment comments
O 50 % da nota correspondera a parte de Xenomica e o outro 50 % a Proteomica. Os alumnos realizaran dous traballos tutelados un de Xenomica e outro de Proteomica, suporán un 20 % da nota cada un. Calquer tipo de copia literal de fragmentos de outros traballos publicados (plagio) suporá automaticamente o suspenso da asignatura A hora de conceder as matrículas de honra darase prioridade aos alumnos que acadaran as máximas calificacións na primeira oportunidade.

Sources of information

Basic	Andreas Manz, Nicole Pamme y Dimitri Lossifidis (2015). Bioanalytical Chemistry . Imperial College Press Voet, D., Voet, J. & Voet, C. W. (2007). Fundamentos de bioquímica. Medica paramericana Hartwell, L. (2014). Genetics: from genes to genome. McGrawhill Thieman W. J. and Palladino M. A. (2013). Introducción a la biotecnología. Pearson Corrales F. y calvete J. (2014). Manual de proteómica. Sociedad Española de Proteómica Richard J. Simpson, (2003). Proteins and Proteomics: A laboratory manual. CSHL Press

Complementary	Recursos web (). Bioconductor, http://www.bioconductor.org/. Gentleman, R., Carey, V. J., Huber, W., Irizarry, R. A. & Dudoit, S. (2005). Bioinformatics and Computational Biology Solutions using R and Bioconductor. Springer Saraswathy & Ramalingan (2011). Concepts and Techniques in Genomics and Proteomics. Woodhead Recurso web (). http://genomebiology.com/2004/5/10/R80. Recurso web (). Página web de R: http://www.r-project.org/. García Miranda, C. M. (1997). Perspectiva ética y jurídica del proyecto Genoma Humano. UDC Speed, T. (2003). Statistical Analysis of Gene Expression Microarray Data. Chapman & Hall/CRC

Recommendations

Subjects that it is recommended to have taken before

Genetic Engineering and Transgenetics /610475101

Cellular and Tissue Engineering/610475102

Application Techniques in Biotechnology /610475107

Subjects that are recommended to be taken simultaneously

Subjects that continue the syllabus

Bioinformatics/610475104

Other comments
Dado que parte da bibliografía recomendada para esta materia atópase en inglés, e recomendable ter coñecementos desta lengua, polo menos, a nivel de comprensión de textos escritos.

(*)The teaching guide is the document in which the URV publishes the information about all its courses. It is a public document and cannot be modified. Only in exceptional cases can it be revised by the competent agent or duly revised so that it is in line with current legislation.