Datos Identificativos 2019/20
Asignatura (*) Bioinformática Código 610475104
Titulación
Mestrado Universitario en Biotecnoloxía Avanzada
Descriptores Ciclo Período Curso Tipo Créditos
Mestrado Oficial 1º cuadrimestre
Primeiro Obrigatoria 3
Idioma
Castelán
Galego
Inglés
Modalidade docente Presencial
Prerrequisitos
Departamento Bioloxía
Ciencias da Computación e Tecnoloxías da Información
Computación
Departamento profesorado máster
Coordinación
Dorado de la Calle, Julian
Correo electrónico
julian.dorado@udc.es
Profesorado
Becerra Fernandez, Manuel
Canchaya Sánchez, Carlos Alberto
Dorado de la Calle, Julian
Rodriguez Torres, Ana Maria
Vicens Sánchez, Alberto
Correo electrónico
manuel.becerra@udc.es
julian.dorado@udc.es
ana.rodriguez.torres@udc.es
Web http://masterbiotecnologiaavanzada.com/
Descrición xeral NA DOCENCIA DA MATERIA PARTICIPA TAMÉN O SEGUINTE PROFESORADO DA UVIGO:
Carlos Alberto Canchaya Sánchez (e-mail: canchaya@uvigo.es) y Alberto Vicens (e-mail: avicens@uvigo.es)
A realización de experimentos en bioloxía xera cada vez un maior número de datos. A xestión e análise destes datos sería xa imposible sen a utilización de ferramentas informáticas dentro da disciplina da bioinformática.
Na bioinformática mirtúranse coñecementos e técnicas da informática e as matemáticas aplicadas as ciencias da vida, en especial, a bioloxía.
Dentro da bioinformática estúdiase a codificación de datos e o seu almacenamento en bases de datos. A disponibilidade e o acceso a bases de datos e a aplicación de distintos algoritmos de procesado de datos.
Nesta asignatura verase a aplicación da bioinformática a distintos ámbitos da bioloxía molecular dende a análise de secuencias ó estudo da estructura de proteínas e ácidos nucleicos.
Plan de continxencia

Competencias do título
Código Competencias do título
A3 Coñecer as aplicacións biotecnolóxicas dos microorganismos, plantas e animais e saber manipulalos de cara á súa aplicación biotecnolóxica.
A7 Saber buscar, obter e interpretar a información das bases de datos biolóxicos: xenómicas, proteómicas, transcriptómicas e metabolómicas e utilizar as ferramentas básicas da bioinformática.
B1 Capacidade de análise e síntese (localización de problemas e identificación das causas e a súa tipoloxía).
B2 Capacidade de organización e planificación de todos os recursos (humanos, materiais, información e infraestruturas).
B3 Capacidade de xestión da información (con apoio de tecnoloxías da información e as comunicacións).
B4 Capacidade de planificación e elaboración de estudos técnicos en biotecnoloxía microbiana, vexetal e animal.
B5 Capacidade de identificar problemas, buscar solucións e aplicalas nun contexto biotecnolóxico profesional ou de investigación.
B10 Capacidade de Traballo nun contexto de sostibilidade, caracterizado por: sensibilidade polo medio ambiente e polos diferentes organismos que o integran así como concienciación polo desenvolvemento sostible.
B11 Racionamento crítico e respecto profundo pola ética e a integridade intelectual.
B12 Adaptación a novas situacións legais, ou novidades tecnolóxicas así como a excepcionalidades asociadas a situacións de urxencia.
B13 Aprendizaxe autónoma.
B15 Sensibilización cara á calidade, o respecto medioambiental e o consumo responsable de recursos e a recuperación de residuos.

Resultados de aprendizaxe
Resultados de aprendizaxe Competencias do título
Identificar as aplicacións biotecnolóxicas dos microorganismos, plantas e animais e saber manipulalos de cara a súa utilidade no sector biotecnolóxico AM3
BM1
BM2
BM3
BM4
BM5
BM10
BM11
BM12
BM13
BM15
Utiliza-las bases de datos biolóxicas para a obtención, análise e interpretación da información AM7
BM1
BM2
BM3
BM4
BM5
BM11
BM12
BM13
BM15

Contidos
Temas Subtemas
Introducción á Bioinformática. Unix Introducción aos Sistemas Operativos. Comandos básicos. Sistema de archivos. Xestión de archivos e directorios. Otros comandos.
Evolución molecular Homoloxía molecular: sustitución, inserción e deleción. Alineamiento múltiple. Modelos de sustitución nucleotídica e aminoacídica. Selección de modelos. Métodos filoxenéticos. Reconstrucción de máxima verosimilitude. Error e confianza filoxenética.
Análise xenómico. Necesidade do tratamento de datos biolóxicos. Bases de datos en Bioloxía Molecular. Búsquedas en bases de datos: BLAST. Proxectos xenoma. Xenómica Estructural. Secuenciación. Predicción xénica. Anotación Funcional. Xenómica Comparativa.
Bioloxía estructural I Visualización de macromoléculas biolóxicas. Predicción de características 1D de proteínas: secuencias, dominios. Estructura tridimensional de proteínas. Predicción de estructura 3D de proteínas: modelado por homoloxía e modelado mediante threading o diseño por homoloxía remota. Métodos ab initio. Docking molecular: Predicción de interacciones proteína-sustrato e proteína-proteína. Evaluación dos métodos de predicción.
Bioloxía estructural II Estructura de RNA. Predicción de estructuras de RNA. Bases de datos e servidores de programas de análise de: secuencias, motivos estructurales e estructuras funcionais.

Planificación
Metodoloxías / probas Competencias Horas presenciais Horas non presenciais / traballo autónomo Horas totais
Sesión maxistral A3 11 5.5 16.5
Prácticas a través de TIC A7 B3 B5 B12 11 16.5 27.5
Foro virtual B10 B11 B15 0 1 1
Resumo A3 A7 B2 B3 B4 B5 B10 B11 B12 B13 B15 0 14 14
Proba obxectiva A3 A7 B1 B5 B13 2 12 14
 
Atención personalizada 2 0 2
 
*Os datos que aparecen na táboa de planificación son de carácter orientativo, considerando a heteroxeneidade do alumnado

Metodoloxías
Metodoloxías Descrición
Sesión maxistral Clases de presentación de contidos, de exercicios e de discusión
Prácticas a través de TIC Exercicios no ordenador
Foro virtual Discusión online
Resumo Informe/memoria razoada sobre os exercicios prácticos realizados no ordenador durante a clase (a entregar nas 24 horas seguintes á clase). A extensión será dun máximo de 10 páxinas sobre as actividades prácticas realizadas en cada unha das sesións (incluiránse capturas de pantalla e texto explicativo).
Proba obxectiva Exame sobre contidos teóricos ou prácticos

Atención personalizada
Metodoloxías
Sesión maxistral
Prácticas a través de TIC
Foro virtual
Proba obxectiva
Resumo
Descrición
Responderase as cuestións particulares de cada alumno.
Para o alumnado con recoñecemento de dedicación a tempo parcial e dispensa académica de exención de asistencia, o profesor adoptará as medidas que considere oportunas para non perxudicar a súa calificación

Avaliación
Metodoloxías Competencias Descrición Cualificación
Proba obxectiva A3 A7 B1 B5 B13 Realizarase unha proba tipo test para evaluar os coñecementos adquiridos durante a realización das clases maxistrais e as prácticas en ordenador 25
Resumo A3 A7 B2 B3 B4 B5 B10 B11 B12 B13 B15 Evaluarase o resumo/informe razoado/memoria sobre os exercicios prácticos no ordenador realizados na clase. O resumo/informe/memoria deberase entregar nas 24 horas siguientes á clase. Cada informe suporá o 15% da calificación. Haberá que realizar un informe por cada unha das sesións, en total 5 informes o que supón o 75% da nota. 75
 
Observacións avaliación

Os alumnos con matrícula a tempo parcial deben porse en
contacto cos profesores para concretar datas de entrega dos
informes de prácticas.

Para presentarse ó examen da segunda oportunidade será necesario ter entregado os 5 informes previamente.

Terán prioridade para obter MH aqueles alumnos que se evalúen na primeira oportunidade.


Fontes de información
Bibliografía básica

Arthur M. Lesk (2008). Introduction to Bioinformatics, 3ª edición. Oxford University Press.
David W. Mount (2004). Bioinformatics. Sequence and genome analysis, 2ª edición. CSHL Press.

Bibliografía complementaria


Recomendacións
Materias que se recomenda ter cursado previamente
Enxeñaría xenética e transxénese/610475101
Xenómica e Proteómica/610475103
Técnicas de aplicación en biotecnoloxía/610475107

Materias que se recomenda cursar simultaneamente

Materias que continúan o temario

Observacións

Dado que parte da bibliografía recomendada para esta materia encóntrase en inglés, é aconsellable ter coñecementos desta língua, polo menos, a nivel de comprensión de textos escritos.



(*)A Guía docente é o documento onde se visualiza a proposta académica da UDC. Este documento é público e non se pode modificar, salvo casos excepcionais baixo a revisión do órgano competente dacordo coa normativa vixente que establece o proceso de elaboración de guías