Datos Identificativos 2020/21
Asignatura (*) Bioinformática Código 610475104
Titulación
Mestrado Universitario en Biotecnoloxía Avanzada
Descriptores Ciclo Periodo Curso Tipo Créditos
Máster Oficial 1º cuatrimestre
 Primero Obligatoria 3
Idioma
Castellano
Modalidad docente Presencial
Prerrequisitos
Departamento Bioloxía
Ciencias da Computación e Tecnoloxías da Información
Computación
Departamento profesorado máster
Coordinador/a
Becerra Fernandez, Manuel
 Correo electrónico
manuel.becerra@udc.es
Profesorado
Becerra Fernandez, Manuel
Dorado de la Calle, Julian
Rodriguez Torres, Ana Maria
 Correo electrónico
manuel.becerra@udc.es
julian.dorado@udc.es
ana.rodriguez.torres@udc.es
Web http://masterbiotecnologiaavanzada.com/
Descripción general NA DOCENCIA DA MATERIA PARTICIPA TAMÉN O SEGUINTE PROFESORADO DA UVIGO:
Carlos Alberto Canchaya Sánchez (e-mail: canchaya@uvigo.es) y Alberto Vicens (e-mail: avicens@uvigo.es)
A realización de experimentos en bioloxía xera cada vez un maior número de datos. A xestión e análise destes datos sería xa imposible sen a utilización de ferramentas informáticas dentro da disciplina da bioinformática.
Na bioinformática mirtúranse coñecementos e técnicas da informática e as matemáticas aplicadas as ciencias da vida, en especial, a bioloxía.
Dentro da bioinformática estúdiase a codificación de datos e o seu almacenamento en bases de datos. A disponibilidade e o acceso a bases de datos e a aplicación de distintos algoritmos de procesado de datos.
Nesta asignatura verase a aplicación da bioinformática a distintos ámbitos da bioloxía molecular dende a análise de secuencias ó estudo da estructura de proteínas e ácidos nucleicos.
Plan de contingencia 1. Modificacións nos contidos
Non

2. Metodoloxías
*Metodoloxías docentes que se manteñen
Manteñénse as mesmas metodoloxías docentes que as indicadas na Guía Docente da asignatura, aunque varias delas se adaptarán, según o caso, ós escenarios de semipresencialidade ou non presencialidade.
*Metodoloxías docentes que se modifican
Modalidade semipresencial: As clases maxistrais seguiranse de forma mixta na aula presencialmente por un grupo de alumnos reducido que irá rotando, e de forma virtual polo resto.
Modalidade no presencial:
- Lección maxistral: impartiranse de forma virtual seguindo o horario previsto no calendario académico. Además, suministrarase, vía os entornos virtuais de aprendizaxe de cada universidade, documentación de apoyo a fin de facilitar ós alumnos a comprensión dos conceptos impartidos.
-Prácticas con apoio das TIC: O profesor explicará de forma virtual o fundamento teórico e os obxectivos de cada práctica, así como tamén os procedimientos necesarios a realizar no ordenador. Se lles suministrará ós alumnos documentación sobre as distintas partes que compoñen as prácticas. Os alumnos deberán interpretar este material e resolver os exercicios prantexados polo profesor.

3. Mecanismos de atención personalizada ó alumnado
As tutorías realizaranse de forma individualizada e/ou en grupo a través de aula virtual/Teams seguindo os horarios acordados polo centro o acordando datas e horas previamente co alumnado a través do correo electrónico. Además, os alumnos poderán prantexar as súas dúbidas a través do correo electrónico.

4. Modificacións na evaluación
Modalidade semipresencial: Non se modifican.
Modalidade no presencial: As probas realizaranse de forma telemática a través do campus remoto e FAITIC/Moodle, ou a través dos mecanismos que no seu momento aprobe a Universidade para abordar esta situación excepcional.

*Observaciós de evaluación:
Ningunha

5. Modificacións da bibliografía ou webgrafía
Ningunha

Competencias del título
Código Competencias del título
A3 Conocer las aplicaciones biotecnológicas de los microorganismos, plantas y animales y saber manipularlos de cara a su aplicación biotecnológica.
A7 Saber buscar, obtener e interpretar la información de las bases de datos biológicas: genómicas, proteómicas, transcriptómicas y metabolómicas y utilizar las herramientas básicas de la bioinformática.
B1 Capacidad de análisis y síntesis (localización de problemas e identificación de las causas y su tipología).
B2 Capacidad de organización y planificación de todos los recursos (humanos, materiales, información e infraestructuras).
B3 Capacidad de gestión de la información (con apoyo de tecnologías de la información y las comunicaciones).
B4 Capacidad de planificación y elaboración de estudios técnicos en biotecnología microbiana, vegetal y animal.
B5 Capacidad de identificar problemas, buscar soluciones y aplicarlas en un contexto biotecnológico profesional o de investigación.
B10 Capacidad de Trabajo en un contexto de sostenibilidad, caracterizado por: sensibilidad por el medio ambiente y por los diferentes organismos que lo integran así como concienciación por el desarrollo sostenible.
B11 Racionamiento crítico y respeto profundo por la ética y la integridad intelectual.
B12 Adaptación a nuevas situaciones legales, o novedades tecnológicas así como a excepcionalidades asociadas a situaciones de emergencia.
B13 Aprendizaje autónomo.
B15 Sensibilización hacia la calidad, el respeto medioambiental y el consumo responsable de recursos y la recuperación de residuos.

Resultados de aprendizaje
Resultados de aprendizaje Competencias del título
Identificar las aplicaciones biotecnológicas de los microorganismos, plantas y animales y saber manipularlos de cara a su utilidad en el sector biotecnológico AM3
 BM1
BM2
BM3
BM4
BM5
BM10
BM11
BM12
BM13
BM15
Utilizar las bases de datos biológicas para la obtención, análisis e interpretación de la información AM7
 BM1
BM2
BM3
BM4
BM5
BM11
BM12
BM13
BM15

Contenidos
Tema Subtema
Introducción a la Bioinformática. Unix Introducción a los Sistemas Operativos. Comandos básicos. Sistema de archivos. Gestión de archivos y directorios. Otros comandos.
Evolución molecular Homología molecular: sustitución, inserción y deleción. Alineamiento múltiple. Modelos de sustitución nucleotídica y aminoacídica. Selección de modelos. Métodos filogenéticos. Reconstrucción de máxima verosimilitud. Error y confianza filogenética.
Análisis genómico. Necesidad del tratamiento de datos biológicos. Bases de datos en Biología Molecular. Búsquedas en bases de datos: BLAST. Proyectos genoma. Genómica Estructural. Secuenciación. Predicción génica. Anotación Funcional. Genómica Comparativa.
Biología estructural Visualización de macromoléculas biológicas. Predicción de características 1 D de proteínas: secuencias, dominios. Estructura tridimensional de proteínas. Predicción de estructura 3D de proteínas: modelado por homología y modelado mediante threading o diseño por homología remota. Métodos ab initio. Docking molecular: Predicción de interacciones proteína-sustrato y proteína-proteína. Evaluación de los métodos de predicción.
Biología estructural II Estructura de RNA. Predicción de estructuras de RNA. Bases de datos y servidores de programas de análisis de: secuencias, motivos estructurales y estructuras funcionales.

Planificación
Metodologías / pruebas Competéncias Horas presenciales Horas no presenciales / trabajo autónomo Horas totales
Sesión magistral A3 11 5.5 16.5
Prácticas a través de TIC A7 B3 B5 B12 11 16.5 27.5
Foro virtual B10 B11 B15 0 1 1
Resumen A3 A7 B2 B3 B4 B5 B10 B11 B12 B13 B15 0 14 14
Prueba objetiva A3 A7 B1 B5 B13 2 12 14
 
Atención personalizada 2 0 2
 
(*)Los datos que aparecen en la tabla de planificación són de carácter orientativo, considerando la heterogeneidad de los alumnos

Metodologías
Metodologías Descripción
Sesión magistral Clases de presentación de contenidos, de ejercicios y de discusión
Prácticas a través de TIC Ejercicios en el ordenador
Foro virtual Discusión online
Resumen Informe/memoria razonada sobre los ejercicios prácticos realizados en el ordenador durante la clase (a entregar en las 24 horas siguientes a la clase). La extensión será de un máximo de 10 páginas sobre las actividades prácticas realizadas en cada una de las sesiones (se incluirán capturas de pantalla y texto explicativo)
Prueba objetiva Examen sobre contenidos teóricos o prácticos

Atención personalizada
Metodologías
Sesión magistral
Prácticas a través de TIC
Foro virtual
Prueba objetiva
Resumen
Descripción
Se responderá a las preguntas particulares de cada alumno mediante tutorías online mediante Teams
Para el alumnado con reconocimiento de dedicación a tempo parcial y dispensa académica de exención de asistencia, el profesor adoptará las medidas que considere oportunas para no perjudicar su calificación

Evaluación
Metodologías Competéncias Descripción Calificación
Prueba objetiva A3 A7 B1 B5 B13 Se realizará una prueba tipo test para evaluar los conocimientos adquiridos durante la realización de las clases magistrales y las prácticas en ordenador 25
Resumen A3 A7 B2 B3 B4 B5 B10 B11 B12 B13 B15 Se evaluará el resumen/informe razonado/memoria sobre los ejercicios prácticos en el ordenador realizados en clase. El resumen/informe/memoria se deberá entregar en las 24 horas siguientes a la clase. Cada informe supondrá el 15% de la calificación. Habrá que realizar un informe por cada una de las sesiones, en total 5 informes lo que supone el 75% de la nota. 75
 
Observaciones evaluación

Los alumnos con matrícula a tiempo parcial deben de ponerse en
contacto con los profesores para concretar fechas de entrega de los
informes de prácticas.

Para presentarse al examen de la segunda oportunidad será necesario haber entregado los 5 informes previamente.

Tendrán prioridad para obtener MH aquellos alumnos que se evalúen en la primera oportunidad.

Fuentes de información
Básica

Arthur M. Lesk (2008). Introduction to Bioinformatics, 3ª edición. Oxford University Press.
David W. Mount (2004). Bioinformatics. Sequence and genome analysis, 2ª edición. CSHL Press.

Complementária


Recomendaciones
Asignaturas que se recomienda haber cursado previamente
Ingeniería Genética y Transgénesis/610475101
Genómica y Proteómica/610475103
Técnicas de aplicación en biotecnología/610475107

Asignaturas que se recomienda cursar simultáneamente

Asignaturas que continúan el temario

Otros comentarios

Dado que parte de la bibliografía recomendada para esta materia se encuentra en inglés, es aconsejable tener conocimientos de esta lengua, por lo menos, a nivel de comprensión de textos escritos.



(*) La Guía Docente es el documento donde se visualiza la propuesta académica de la UDC. Este documento es público y no se puede modificar, salvo cosas excepcionales bajo la revisión del órgano competente de acuerdo a la normativa vigente que establece el proceso de elaboración de guías