Identifying Data 2020/21
Subject (*) Bioinformatics Code 610475104
Study programme
Mestrado Universitario en Biotecnoloxía Avanzada
Descriptors Cycle Period Year Type Credits
Official Master's Degree 1st four-month period
 First Obligatory 3
Language
Spanish
Teaching method Face-to-face
Prerequisites
Department Bioloxía
Ciencias da Computación e Tecnoloxías da Información
Computación
Departamento profesorado máster
Coordinador
Becerra Fernandez, Manuel
 E-mail
manuel.becerra@udc.es
Lecturers
Becerra Fernandez, Manuel
Dorado de la Calle, Julian
Rodriguez Torres, Ana Maria
 E-mail
manuel.becerra@udc.es
julian.dorado@udc.es
ana.rodriguez.torres@udc.es
Web http://masterbiotecnologiaavanzada.com/
General description NA DOCENCIA DA MATERIA PARTICIPA TAMÉN O SEGUINTE PROFESORADO DA UVIGO:
Carlos Alberto Canchaya Sánchez (e-mail: canchaya@uvigo.es) y Alberto Vicens (e-mail: avicens@uvigo.es)
A realización de experimentos en bioloxía xera cada vez un maior número de datos. A xestión e análise destes datos sería xa imposible sen a utilización de ferramentas informáticas dentro da disciplina da bioinformática.
Na bioinformática mirtúranse coñecementos e técnicas da informática e as matemáticas aplicadas as ciencias da vida, en especial, a bioloxía.
Dentro da bioinformática estúdiase a codificación de datos e o seu almacenamento en bases de datos. A disponibilidade e o acceso a bases de datos e a aplicación de distintos algoritmos de procesado de datos.
Nesta asignatura verase a aplicación da bioinformática a distintos ámbitos da bioloxía molecular dende a análise de secuencias ó estudo da estructura de proteínas e ácidos nucleicos.
Contingency plan 1. Modificacións nos contidos
Non

2. Metodoloxías
*Metodoloxías docentes que se manteñen
Manteñénse as mesmas metodoloxías docentes que as indicadas na Guía Docente da asignatura, aunque varias delas se adaptarán, según o caso, ós escenarios de semipresencialidade ou non presencialidade.
*Metodoloxías docentes que se modifican
Modalidade semipresencial: As clases maxistrais seguiranse de forma mixta na aula presencialmente por un grupo de alumnos reducido que irá rotando, e de forma virtual polo resto.
Modalidade no presencial:
- Lección maxistral: impartiranse de forma virtual seguindo o horario previsto no calendario académico. Además, suministrarase, vía os entornos virtuais de aprendizaxe de cada universidade, documentación de apoyo a fin de facilitar ós alumnos a comprensión dos conceptos impartidos.
-Prácticas con apoio das TIC: O profesor explicará de forma virtual o fundamento teórico e os obxectivos de cada práctica, así como tamén os procedimientos necesarios a realizar no ordenador. Se lles suministrará ós alumnos documentación sobre as distintas partes que compoñen as prácticas. Os alumnos deberán interpretar este material e resolver os exercicios prantexados polo profesor.

3. Mecanismos de atención personalizada ó alumnado
As tutorías realizaranse de forma individualizada e/ou en grupo a través de aula virtual/Teams seguindo os horarios acordados polo centro o acordando datas e horas previamente co alumnado a través do correo electrónico. Además, os alumnos poderán prantexar as súas dúbidas a través do correo electrónico.

4. Modificacións na evaluación
Modalidade semipresencial: Non se modifican.
Modalidade no presencial: As probas realizaranse de forma telemática a través do campus remoto e FAITIC/Moodle, ou a través dos mecanismos que no seu momento aprobe a Universidade para abordar esta situación excepcional.

*Observaciós de evaluación:
Ningunha

5. Modificacións da bibliografía ou webgrafía
Ningunha

Study programme competencies
Code Study programme competences
A3 Coñecer as aplicacións biotecnolóxicas dos microorganismos, plantas e animais e saber manipulalos de cara á súa aplicación biotecnolóxica.
A7 Saber buscar, obter e interpretar a información das bases de datos biolóxicos: xenómicas, proteómicas, transcriptómicas e metabolómicas e utilizar as ferramentas básicas da bioinformática.
B1 Capacidade de análise e síntese (localización de problemas e identificación das causas e a súa tipoloxía).
B2 Capacidade de organización e planificación de todos os recursos (humanos, materiais, información e infraestruturas).
B3 Capacidade de xestión da información (con apoio de tecnoloxías da información e as comunicacións).
B4 Capacidade de planificación e elaboración de estudos técnicos en biotecnoloxía microbiana, vexetal e animal.
B5 Capacidade de identificar problemas, buscar solucións e aplicalas nun contexto biotecnolóxico profesional ou de investigación.
B10 Capacidade de Traballo nun contexto de sostibilidade, caracterizado por: sensibilidade polo medio ambiente e polos diferentes organismos que o integran así como concienciación polo desenvolvemento sostible.
B11 Racionamento crítico e respecto profundo pola ética e a integridade intelectual.
B12 Adaptación a novas situacións legais, ou novidades tecnolóxicas así como a excepcionalidades asociadas a situacións de urxencia.
B13 Aprendizaxe autónoma.
B15 Sensibilización cara á calidade, o respecto medioambiental e o consumo responsable de recursos e a recuperación de residuos.

Learning aims
Learning outcomes Study programme competences
Identificar as aplicacións biotecnolóxicas dos microorganismos, plantas e animais e saber manipulalos de cara a súa utilidade no sector biotecnolóxico AC3
 BC1
BC2
BC3
BC4
BC5
BC10
BC11
BC12
BC13
BC15
Utiliza-las bases de datos biolóxicas para a obtención, análise e interpretación da información AC7
 BC1
BC2
BC3
BC4
BC5
BC11
BC12
BC13
BC15

Contents
Topic Sub-topic
Introducción á Bioinformática. Unix Introducción aos Sistemas Operativos. Comandos básicos. Sistema de archivos. Xestión de archivos e directorios. Otros comandos.
Evolución molecular Homoloxía molecular: sustitución, inserción e deleción. Alineamiento múltiple. Modelos de sustitución nucleotídica e aminoacídica. Selección de modelos. Métodos filoxenéticos. Reconstrucción de máxima verosimilitude. Error e confianza filoxenética.
Análise xenómico. Necesidade do tratamento de datos biolóxicos. Bases de datos en Bioloxía Molecular. Búsquedas en bases de datos: BLAST. Proxectos xenoma. Xenómica Estructural. Secuenciación. Predicción xénica. Anotación Funcional. Xenómica Comparativa.
Bioloxía estructural I Visualización de macromoléculas biolóxicas. Predicción de características 1D de proteínas: secuencias, dominios. Estructura tridimensional de proteínas. Predicción de estructura 3D de proteínas: modelado por homoloxía e modelado mediante threading o diseño por homoloxía remota. Métodos ab initio. Docking molecular: Predicción de interacciones proteína-sustrato e proteína-proteína. Evaluación dos métodos de predicción.
Bioloxía estructural II Estructura de RNA. Predicción de estructuras de RNA. Bases de datos e servidores de programas de análise de: secuencias, motivos estructurales e estructuras funcionais.

Planning
Methodologies / tests Competencies Ordinary class hours Student’s personal work hours Total hours
Guest lecture / keynote speech A3 11 5.5 16.5
ICT practicals A7 B3 B5 B12 11 16.5 27.5
Online forum B10 B11 B15 0 1 1
Summary A3 A7 B2 B3 B4 B5 B10 B11 B12 B13 B15 0 14 14
Objective test A3 A7 B1 B5 B13 2 12 14
 
Personalized attention 2 0 2
 
(*)The information in the planning table is for guidance only and does not take into account the heterogeneity of the students.

Methodologies
Methodologies Description
Guest lecture / keynote speech Clases de presentación de contidos, de exercicios e de discusión
ICT practicals Exercicios no ordenador
Online forum Discusión online
Summary Informe/memoria razoada sobre os exercicios prácticos realizados no ordenador durante a clase (a entregar nas 24 horas seguintes á clase). A extensión será dun máximo de 10 páxinas sobre as actividades prácticas realizadas en cada unha das sesións (incluiránse capturas de pantalla e texto explicativo).
Objective test Exame sobre contidos teóricos ou prácticos

Personalized attention
Methodologies
Guest lecture / keynote speech
ICT practicals
Online forum
Objective test
Summary
Description
Responderase as cuestións particulares de cada alumno mediante titorías online mediante Teams
Para o alumnado con recoñecemento de dedicación a tempo parcial e dispensa académica de exención de asistencia, o profesor adoptará as medidas que considere oportunas para non perxudicar a súa calificación

Assessment
Methodologies Competencies Description Qualification
Objective test A3 A7 B1 B5 B13 Realizarase unha proba tipo test para evaluar os coñecementos adquiridos durante a realización das clases maxistrais e as prácticas en ordenador 25
Summary A3 A7 B2 B3 B4 B5 B10 B11 B12 B13 B15 Evaluarase o resumo/informe razoado/memoria sobre os exercicios prácticos no ordenador realizados na clase. O resumo/informe/memoria deberase entregar nas 24 horas siguientes á clase. Cada informe suporá o 15% da calificación. Haberá que realizar un informe por cada unha das sesións, en total 5 informes o que supón o 75% da nota. 75
 
Assessment comments

Os alumnos con matrícula a tempo parcial deben porse en
contacto cos profesores para concretar datas de entrega dos
informes de prácticas.

Para presentarse ó examen da segunda oportunidade será necesario ter entregado os 5 informes previamente.

Terán prioridade para obter MH aqueles alumnos que se evalúen na primeira oportunidade.

Sources of information
Basic

Arthur M. Lesk (2008). Introduction to Bioinformatics, 3ª edición. Oxford University Press.
David W. Mount (2004). Bioinformatics. Sequence and genome analysis, 2ª edición. CSHL Press.

Complementary


Recommendations
Subjects that it is recommended to have taken before
Genetic Engineering and Transgenetics /610475101
Genomics and Proteomics/610475103
Application Techniques in Biotechnology /610475107

Subjects that are recommended to be taken simultaneously

Subjects that continue the syllabus

Other comments

Dado que parte da bibliografía recomendada para esta materia encóntrase en inglés, é aconsellable ter coñecementos desta língua, polo menos, a nivel de comprensión de textos escritos.



(*)The teaching guide is the document in which the URV publishes the information about all its courses. It is a public document and cannot be modified. Only in exceptional cases can it be revised by the competent agent or duly revised so that it is in line with current legislation.