Identifying Data 2016/17
Subject (*) Introdución á programación Code 614522001
Study programme
Mestrado Universitario en Bioinformática para Ciencias da Saúde
Descriptors Cycle Period Year Type Credits
Official Master's Degree 1st four-month period
 First Optativa 6
Language
Spanish
Teaching method Face-to-face
Prerequisites
Department Computación
Coordinador
Cabrero Canosa, Mariano Javier
 E-mail
mariano.cabrero@udc.es
Lecturers
Cabrero Canosa, Mariano Javier
 E-mail
mariano.cabrero@udc.es
Web http://moodle.udc.es
General description Nesta materia preténdese que os estudantes sen formación en programación adquiran as nocións básicas para a realización de programas. Usarase a linguaxe de programación Python e sobre el estudaranse os diferentes tipos de datos que podemos usar e as estruturas de control básicas que se utilizan para realizar un programa software.

Study programme competencies
Code Study programme competences
A3 CE3 – To analyze, design, develop, implement, verify and document efficient software solutions based on an adequate knowledge of the theories, models and techniques in the field of Bioinformatics
B1 CB6 - Own and understand knowledge that can provide a base or opportunity to be original in the development and/or application of ideas, often in a context of research
B5 CB10 - Students should possess learning skills that allow them to continue studying in a way that will largely be self-directed or autonomous.
B8 CG3 - Be able to work in a team, especially of interdisciplinary nature
C3 CT3 - Use the basic tools of the information technology and communications (ICT) necessary for the exercise of their profession and lifelong learning
C6 CT6 - To assess critically the knowledge, technology and information available to solve the problems they face to.

Learning aims
Learning outcomes Study programme competences
Interiorizar as boas prácticas de programación. AJ3
 BJ5
BJ8
Usar as estructuras de datos adecuadas e programar os algoritmos de manipulación para solucionar problemas reais. AJ3
 BJ1
BJ8
Capacidade para realizar programas sinxelos no computador empregando unha linguaxe de alto nivel. AJ3
 BJ1
BJ5
BJ8
 CJ3
CJ6
Ser capaz de deseñar, avaliar, comparar e analizar solucións algorítmicas básicas a problemas usuais en Bioinformática. AJ3
 BJ1
 CJ6

Contents
Topic Sub-topic
1. Introducción a. Algoritmos. Representación. Accións primitivas/no primitivas
b. Programas. Proceso de construcción
c. Linguaxes de programación: máquina, baixo nivel, alto nivel
d. Compiladores. Intérpretes
e. Entornos de desenvolvemento e ferramentas: Python
2. Conceptos básicos a. Estructura de un programa
b. Constantes, Variables.
c. Tipos de datos: entero, real, lógico, carácter, …
d. Estructuras simples: listas (arrays), cadenas, …
e. Operadores y expresiones (aritméticas, lógicas)
f. Declaración de variables e constantes
g. Entrada y salida estándar
3. Sentencias de control
 a. Secuencial
b. Alternativa
c. Repetitiva: while, for
4. Funcións a. Definición, declaración e chamada de función
b. O ámbito das variables
c. Paso de argumentos
d. Recursividad
e. Módulos
5. Ficheiros a. Apertura e peche
b. Lectura e escritura de datos
c. Acceso directo aos datos
6. Introducción a estructuras abstractas a. Listas
b. Pilas
c. Colas
d. Árbores
6. Introducción á orientación a obxetos a. Clases
b. Obxetos
c. Propiedades
d. Métodos
e. Concepto de herencia
7. Excepcións a. Tipos
b. Captura
c. Lanzamento
d. Creación
8. Librerías científicas en Python a. SciPy
b. NumPy
c. Matplotlib
d. BioPython

Planning
Methodologies / tests Competencies Ordinary class hours Student’s personal work hours Total hours
Laboratory practice A3 B8 C3 C6 14 42 56
Problem solving A3 B8 5 15 20
Mixed objective/subjective test A3 2 6 8
Guest lecture / keynote speech A3 B5 B1 21 42 63
 
Personalized attention 3 0 3
 
(*)The information in the planning table is for guidance only and does not take into account the heterogeneity of the students.

Methodologies
Methodologies Description
Laboratory practice Desenvolvemento de prácticas no laboratorio. Esta actividade supoñerá o estudo de casos prácticos e exemplos ademais da realización de distintos exercicios de programación de entrega obrigatoria. A proposta de actividades estará dispoñible ao alumno con suficiente antelación. O labor do profesor será a supervisión das sesións, solucionando dúbidas e corrixindo erros de interpretación, malos hábitos de programación, erros de sintaxes, etc.
Problem solving Co fin de afianzar os conceptos teóricos presentaranse supostos prácticos, que nun principio serán resoltos polo profesor para que orienten os alumnos. A medida que se avance no desenvolvemento teórico formularase a resolución de problemas por parte dos alumnos, constituídos en grupos de traballo. Dita actividade, así como a discusión e participación activa en clase, valoraranse na nota final.

Poderanse formular exercicios adicionais que o alumno deberá resolver e comentar/corrixir co profesor durante as horas de titorías, colectivas e/ou individuais.
Mixed objective/subjective test Avaliación sumativa do alumno mediante un exame escrito cunha parte teórica con distintos tipos de preguntas e unha parte práctica para resolver pequenos problemas de programación. A proba tratará de medir se o alumno adquiriu os conceptos fundamentais de programación e adestrouse o suficiente como para posuír as habilidades precisas para resolver supostos prácticos.
Guest lecture / keynote speech Actividade presencial para expoñer conceptos fundamentais da materia. Consistirá na exposición oral do profesor apoiada con medios multimedia. Durante a presentación tratarase de interactuar co alumno formulando preguntas dirixidas co fin de afianzar conceptos e facilitar a aprendizaxe.

Personalized attention
Methodologies
Laboratory practice
Description
É fundamental a atención ao alumno para resolvar cantas dúbidas de concepto ou de procedemento poidan xurdir durante a resolución dos supostos prácticos. Prestarase especial atención a aqueles alumnos que presenten maiores dificultades na súa aprendizaxe co fin de que o seu progreso non se vexa retardado respecto ao xeneral do resto de estudantes.

Assessment
Methodologies Competencies Description Qualification
Problem solving A3 B8 Valorarase a participación do alumno durante estas clases así como a realización de diversos traballos puntuables que se detallarán durante o curso e que se resolverán nas titorías de grupos reducidos. 5
Laboratory practice A3 B8 C3 C6 Realización obrigatoria segun as condicións establecidas no enunciado de cada práctica. Necesario aprobar as prácticas para superar a materia. 60
Mixed objective/subjective test A3 Realización obrigatoria. Necesario aprobar o exame para superar a materia 35
 
Assessment comments

Traballos prácticos

- Soamente os alumnos con cualificación de NON APTO ou NON PRESENTADO en prácticas na primeira oportunidade poderán entregar os traballos de acordo ao enunciado práctico que se propoña para a segunda oportunidade.

- De acordo ao artigo 14, apartado 4, da normativa*, o plaxio dos traballos prácticos levará unha nota global de NON APTO, tanto ao estudante que presente material copiado como ao que o facilitara, e por tanto a cualificación de SUSPENSO na convocatoria anual.

Primeira e segunda oportunidade

- As cualificacións obtidas en actividades como prácticas de laboratorio e solución de problemas serán válidas tan só para o curso académico no que se realicen. Manteranse para aqueles alumnos suspensos ou non presentados na primeira oportunidade. Só aqueles con prácticas SUSPENSAS terán a opción de realizar de novo as prácticas.

Matrícula a tempo parcial

- Os alumnos matriculados a tempo parcial terán que entregar as actividades avaliables nas condicións e prazos específicos que se establecerán. Será obrigación do estudante comunicar a súa situación ao profesorado.

Non presentado

- Terá a condición de ?Non presentado? (NP) quen non concorra á proba obxectiva no período oficial de avaliación.

Oportunidade adiantada de Decembro

- A avaliación da oportunidade adiantada basearase exclusivamente nunha proba escrita.

* Normativa de avaliación, revisión e reclamación das cualificacións dos estudos de grao e máster universitario, aprobadas polo Consello de Goberno da Universidade dá Coruña o 19 de diciembro de 2013.


Sources of information
Basic Luis Joyanes Aguilar (2008). Fundamentos de programación : algoritmos, estructuras de datos y objetos. McGraw Hill
Mark Lutz (2013). Learning Python, Fifth Edition. O’Reilly Media, Inc
Raúl González Duque (). Python PARA TODOS. http://edge.launchpad.net/improve-python-spanish-doc/0.4/0.4.0/+download/Python%20para%20todos.pdf
Vernon L Ceder (2010). The quick Python book. Greenwich : Manning
Jesús J. García Molina, Francisco J. Montoya Dato, José L. Fernández Alemán, Mª José Majado Rosales (2005). Una introducción a la programación : un enfoque algorítmico. Thomson

Complementary Mitchell L Model (2009). Bioinformatics Programming Using Python. O'Reilly Media
Bill Lubanovic (2014). Introducing Python: Modern Computing in Simple Packages. O'Reilly Media


Recommendations
Subjects that it is recommended to have taken before

Subjects that are recommended to be taken simultaneously

Subjects that continue the syllabus
Introdución ás bases de datos/614522002
Estruturas de datos e algoritmia para secuencias biolóxicas/614522013

Other comments


(*)The teaching guide is the document in which the URV publishes the information about all its courses. It is a public document and cannot be modified. Only in exceptional cases can it be revised by the competent agent or duly revised so that it is in line with current legislation.