| Study programme competencies |
| Code | Study programme competences |
| A3 | CE3 – To analyze, design, develop, implement, verify and document efficient software solutions based on an adequate knowledge of the theories, models and techniques in the field of Bioinformatics |
| B1 | CB6 - Own and understand knowledge that can provide a base or opportunity to be original in the development and/or application of ideas, often in a context of research |
| B5 | CB10 - Students should possess learning skills that allow them to continue studying in a way that will largely be self-directed or autonomous. |
| B8 | CG3 - Be able to work in a team, especially of interdisciplinary nature |
| C3 | CT3 - Use the basic tools of the information technology and communications (ICT) necessary for the exercise of their profession and lifelong learning |
| C6 | CT6 - To assess critically the knowledge, technology and information available to solve the problems they face to. |
| Learning aims | |||
| Learning outcomes | Study programme competences | ||
| Interiorizar as boas prácticas de programación. | AJ3 |
BJ5 BJ8 |
|
| Usar as estructuras de datos adecuadas e programar os algoritmos de manipulación para solucionar problemas reais. | AJ3 |
BJ1 BJ8 |
|
| Capacidade para realizar programas sinxelos no computador empregando unha linguaxe de alto nivel. | AJ3 |
BJ1 BJ5 BJ8 |
CJ3 CJ6 |
| Ser capaz de deseñar, avaliar, comparar e analizar solucións algorítmicas básicas a problemas usuais en Bioinformática. | AJ3 |
BJ1 |
CJ6 |
| Contents |
| Topic | Sub-topic |
| 1. Introducción | a. Algoritmos. Representación. Accións primitivas/no primitivas b. Programas. Proceso de construcción c. Linguaxes de programación: máquina, baixo nivel, alto nivel d. Compiladores. Intérpretes e. Entornos de desenvolvemento e ferramentas: Python |
| 2. Conceptos básicos | a. Estructura de un programa b. Constantes, Variables. c. Tipos de datos: entero, real, lógico, carácter, … d. Estructuras simples: listas (arrays), cadenas, … e. Operadores y expresiones (aritméticas, lógicas) f. Declaración de variables e constantes g. Entrada y salida estándar |
| 3. Sentencias de control |
a. Secuencial b. Alternativa c. Repetitiva: while, for |
| 4. Funcións | a. Definición, declaración e chamada de función b. O ámbito das variables c. Paso de argumentos d. Recursividad e. Módulos |
| 5. Ficheiros | a. Apertura e peche b. Lectura e escritura de datos c. Acceso directo aos datos |
| 6. Introducción a estructuras abstractas | a. Listas b. Pilas c. Colas d. Árbores |
| 6. Introducción á orientación a obxetos | a. Clases b. Obxetos c. Propiedades d. Métodos e. Concepto de herencia |
| 7. Excepcións | a. Tipos b. Captura c. Lanzamento d. Creación |
| 8. Librerías científicas en Python | a. SciPy b. NumPy c. Matplotlib d. BioPython |
| Planning | ||||
| Methodologies / tests | Competencies | Ordinary class hours | Student’s personal work hours | Total hours |
| Guest lecture / keynote speech | A3 B1 B5 | 15 | 30 | 45 |
| Case study | A3 B1 B5 | 1 | 2 | 3 |
| Mixed objective/subjective test | A3 | 3 | 15 | 18 |
| Problem solving | A3 B8 C3 C6 | 20 | 60 | 80 |
| Personalized attention | 4 | 0 | 4 | |
| (*)The information in the planning table is for guidance only and does not take into account the heterogeneity of the students. | ||||
| Methodologies |
| Methodologies | Description |
| Guest lecture / keynote speech | Actividade presencial para expoñer conceptos fundamentais da materia. Consistirá na exposición oral do profesor apoiada con medios multimedia. Durante a presentación tratarase de interactuar co alumno formulando preguntas dirixidas co fin de afianzar conceptos e facilitar a aprendizaxe. A proporción de uso desta metodoloxía será maior fronte a estudo de casos cando o número de estudantes sexa alto e será acordado con estes. |
| Case study | Actividade non presencial para afondar nos conceptos fundamentais da materia. Consistirá no estudo persoal do alumno, a través do material suxerido e proporcionado polo profesor. A proporción de uso desta metodoloxía será maior fronte a sesión maxistral cando o número de estudantes sexa baixo e será acordado con estes. |
| Mixed objective/subjective test | Avaliación sumativa do alumno mediante un exame escrito cunha parte teórica con preguntas tipo test e unha parte práctica para resolver pequenos problemas de programación. A proba tratará de medir se o alumno adquiriu os conceptos fundamentais de programación e adestrouse o suficiente como para posuír as habilidades precisas para resolver supostos prácticos. O alumno poderá facer uso do ordenador para, ademais de contestar ás preguntas, consultar dúbidas acerca da sintaxe concreta de algún comando. |
| Problem solving | Esta actividade suporá o estudo de casos prácticos e exemplos ademáis da realización de distintos exercicios de programación. Co fin de afianzar os conceptos teóricos presentaranse supostos prácticos, que nun principio serán resoltos polo profesor para que orienten os alumnos. A medida que se avance no desenvolvemento teórico formularase a resolución de problemas por parte dos alumnos. A proposta de actividades estará dispoñible ao alumno con suficiente antelación. O labor do profesor será a supervisión solucionando dúbidas e corrixindo erros de interpretación, malos hábitos de programación, erros de sintaxe, etc. |
| Personalized attention |
|
|
| Assessment | |||
| Methodologies | Competencies | Description | Qualification |
| Problem solving | A3 B8 C3 C6 | Valorarase a participación do alumno así como a realización de diversos traballos puntuables que se detallarán durante o curso e que poderán resolverse na clase ou na titoría. Non é necesario entregar todos os traballos para aprobar, aínda que sí para conseguir a máxima nota. | 65 |
| Mixed objective/subjective test | A3 | Realización obrigatoria. Necesario aprobar o exame para superar a materia. O exame constará dunha parte tipo test (40% da nota final) e unha parte práctica (60%). | 35 |
| Assessment comments | |||
|
T |
|||
| Sources of information |
| Basic |
Luis Joyanes Aguilar (2008). Fundamentos de programación : algoritmos, estructuras de datos y objetos. McGraw Hill
Mark Lutz (2013). Learning Python, Fifth Edition. O’Reilly Media, Inc
Ljubomir Perkovic (2015). ntroduction to Computing Using Python: An Application Development Focus, 2nd Edition. Wiley
Raúl González Duque (). Python PARA TODOS. http://edge.launchpad.net/improve-python-spanish-doc/0.4/0.4.0/+download/Python%20para%20todos.pdf
Vernon L Ceder (2010). The quick Python book. Greenwich : Manning
Jesús J. García Molina, Francisco J. Montoya Dato, José L. Fernández Alemán, Mª José Majado Rosales (2005). Una introducción a la programación : un enfoque algorítmico. Thomson |
|
|
|
| Complementary |
Mitchell L Model (2009). Bioinformatics Programming Using Python. O'Reilly Media
Bill Lubanovic (2014). Introducing Python: Modern Computing in Simple Packages. O'Reilly Media |
|
|
| Recommendations | ||
| Subjects that it is recommended to have taken before |
| Subjects that are recommended to be taken simultaneously |
| Subjects that continue the syllabus | ||
|
| Other comments | |