Datos Identificativos 2018/19
Asignatura (*) Xenómica Código 614522006
Titulación
Mestrado Universitario en Bioinformática para Ciencias da Saúde
Descriptores Ciclo Período Curso Tipo Créditos
Mestrado Oficial 1º cuadrimestre
Primeiro Optativa 6
Idioma
Castelán
Modalidade docente Presencial
Prerrequisitos
Departamento Bioloxía
Coordinación
Vila Taboada, Marta
Correo electrónico
marta.vila.taboada@udc.es
Profesorado
Becerra Fernandez, Manuel
Cerdan Villanueva, Maria Esperanza
Vila Taboada, Marta
Vizoso Vázquez, Ángel José
Correo electrónico
manuel.becerra@udc.es
esper.cerdan@udc.es
marta.vila.taboada@udc.es
a.vizoso@udc.es
Web
Descrición xeral Denomínase xenómica ao conxunto de ciencias e técnicas dedicadas ao estudo integral do funcionamento, a evolución e a orixe dos xenomas. A xenómica usa coñecementos derivados de distintas ciencias como son: xenética, bioloxía molecular, bioquímica, informática, estatística, matemáticas, física, etc.
A diferenza da xenética clásica que a partir dun fenotipo, xeralmente mutante, busca o ou os xenes responsables de devandito fenotipo, a xenómica ten como obxectivo predicir a función dos xenes a partir da súa secuencia ou das súas interaccións con outros xenes.
As ciencias xenómicas han tido un importante auxe nos últimos anos, sobre todo grazas ás tecnoloxías avanzadas de secuenciación de ADN, aos avances en bioinformática e ás técnicas cada vez máis sofisticadas para realizar análises de xenomas completos.


Competencias
COMPETENCIAS DO TíTULO
TipoA Código  
  Profesionalizador
  AP8 CE8 - Comprender a base da información do material hereditario, a súa transmisión, análise e evolución
  AP9 CE9 - Entender os beneficios e comprender os problemas asociados a secuenciación e ao uso de secuencias biolóxicas, así como coñecer as estruturas e técnicas para o seu procesamento
TipoB Código  
  Profesionalizador
  BP1 CB6 – Posuír e comprender o coñecemento que fornecen unha base ou oportunidade de orixinalidade no desenvolvemento e / ou aplicación de ideas, a miúdo nun contexto de investigación.
  BP2 CB7 - Que os estudantes saiban aplicar os coñecementos adquiridos e a súa capacidade de resolución de problemas en contornas novas ou pouco coñecidas dentro de contextos máis amplos (ou multidisciplinares) relacionados coa súa área de estudo
  BP5 CB10 – Que os estudantes posúan as habilidades de aprendizaxe que lles permitan continuar estudando dun xeito que terá de ser en gran parte auto-orientado ou autónomo.
  BP6 CG1 - Buscar e seleccionar a información útil necesaria para resolver problemas complexos, manexando con soltura as fontes bibliográficas do campo
  BP7 CG2 - Manter e estender enfoques teóricos fundados para permitir a introdución i explotación de tecnoloxías novas e avanzadas
  BP8 CG3 - Ser capaz de traballar en equipa, en especial de carácter interdisciplinar
TipoC Código  
  Profesionalizador
  CP1 CT1 - Expresarse correctamente, tanto de xeito oral como escrito, nas linguas oficiais da comunidade autónoma
  CP2 CT2 - Dominar a expresión e a comprensión de xeito oral e escrito dun idioma estranxeiro
  CP3 CT3 - Utilizar as ferramentas básicas das tecnoloxías da información e as comunicacións (TIC) necesarias para o exercicio da súa profesión e para a aprendizaxe ao longo da súa vida
  CP7 CT7 - Manter e asentar estratexias encamiñadas a actualización científica como criterio de mellora profesional.
  CP8 CT8 - Valorar a importancia que ten a investigación, a innovación e o desenvolvemento tecnolóxico no avance socioeconómico e cultural da sociedade

Obxectivos de aprendizaxe

Contidos
Temas Subtemas
Introdución: da Xenética Molecular á Xenómica Marcadores moleculares
Aplicacións das tecnoloxías de ADN recombinante
PCR
Secuenciación Sanger
PCR cuantitativa en tempo real
Técnicas de edición do ADN
O proxecto Xenoma Humano Técnicas de secuenciación de xenomas
Next Generation Sequencing (NGS) Plataformas
Librarías paired-end
Ficheiros de datos
Whole Genome Sequencing Librarías mate-pair
Anotación
Xenómica comparada
Paleoxenómica

Metaxenómica Metabarcoding
Xenómica clínica Amplicon-seq
Panel-seq
Exome-seq
Hibridación xenómica comparada (CGH)
Farmacoxenómica
Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) Genome wide association studies (GWAS)
Digital genetic testing
Xenómica funcional Estudo do transcriptoma: microarrais e NGS (RNA-seq e CHiP-seq)
Proxecto ENCODE
Epixenómica
Exercicios prácticos Aliñamento de secuencias
Exploración de bases de datos e proxectos xenómicos
Resolución de exercicios utilizando GALAXY e/ou GENOMESPACE
Análise de expresión xénica: microchips e microarrays

Planificación
Metodoloxías / probas Competencias Horas presenciais Horas non presenciais / traballo autónomo Horas totais
Prácticas a través de TIC B2 B5 B8 C3 21 42 63
Proba mixta A8 A9 B2 C1 C2 C3 2 8 10
Sesión maxistral A8 A9 B1 B6 B7 C1 C2 C7 C8 21 52.5 73.5
 
Atención personalizada 3.5 0 3.5
 
*Os datos que aparecen na táboa de planificación son de carácter orientativo, considerando a heteroxeneidade do alumnado

Metodoloxías
Metodoloxías Descrición
Prácticas a través de TIC Realización de exercicios prácticos utilizando un portátil propio
Proba mixta Proba na que se avaliará o aproveitamento das sesión teóricas e prácticas. Poderá incluir preguntas tipo test, cálculo de problemas e resolución de exercicios utilizando portátil propio. Poderán avaliarse separadamente a teoría e as prácticas.
Sesión maxistral O profesorado explica os contidos mínimos de cada tema procurando a máxima interacción co alumnado

Atención personalizada
Metodoloxías
Prácticas a través de TIC
Descrición
Durante as sesións prácticas a través de TIC supervisarase o traballo realizado polo alumno.
Para o alumnado con recoñecemento de dedicación a tempo parcial e dispensa académica de exención de asistencia, os profesores adoptarán as medidas que consideren oportunas para non perxudicar a súa cualificación.

Avaliación
Metodoloxías Competencias Descrición Cualificación
Sesión maxistral A8 A9 B1 B6 B7 C1 C2 C7 C8 A asistencia ás sesións maxistráis é obrigatoria. Cómpre un 80% de asistencia para poder superar a materia.
Avaliarase o aproveitamento desta parte mediante un exame no que o alumnado cumplimentará un test de resposta múltiple, puidendo plantexarse a resolución de exercicios de cálculo semellantes aos resoltos nas sesións.
70
Prácticas a través de TIC B2 B5 B8 C3 A asistencia a prácticas é obrigatoria. Cómpre un 80% de asistencia para poder superar a materia.
Avaliarase o aproveitamento das prácticas mediante un exame no que o alumnado resolverá unha serie de exercicios utilizando o propio portátil. Este exame poderá ser o mesmo día ca o exame de teoría ou nunha data diferente consensuada co alumnado.
30
 
Observacións avaliación

Para o alumnado con recoñecemento de dedicación a tempo parcial e dispensa académica de exención de asistencia, os profesores adoptarán as medidas que consideren oportunas para non perxudicar a súa cualificación. 


Fontes de información
Bibliografía básica Lesk, Arthur (2012). Introduction to Genomics. Oxford University Press
Campbell, AM & Heyer LJ (2007). Discovering Genomics, Proteomics & Bioinformatics. Pearson Benjamin Cummings

Bibliografía complementaria



Recomendacións
Materias que se recomenda ter cursado previamente
Introdución á bioloxía molecular /614522004
Xenética e evolución molecular/614522005

Materias que se recomenda cursar simultaneamente

Materias que continúan o temario
Fundamentos de bioinformática/614522008

Observacións

Para cursar esta materia cómpre, como mínimo, un nivel de inglés equivalente a un B1.



(*)A Guía docente é o documento onde se visualiza a proposta académica da UDC. Este documento é público e non se pode modificar, salvo casos excepcionais baixo a revisión do órgano competente dacordo coa normativa vixente que establece o proceso de elaboración de guías