Datos Identificativos 2016/17
Asignatura (*) Fundamentos de bioinformática Código 614522008
Titulación
Mestrado Universitario en Bioinformática para Ciencias da Saúde
Descriptores Ciclo Período Curso Tipo Créditos
Mestrado Oficial 1º cuadrimestre
Primeiro Obrigatoria 6
Idioma
Castelán
Inglés
Modalidade docente Presencial
Prerrequisitos
Departamento Medicina
Tecnoloxías da Información e as Comunicacións
Coordinación
Munteanu , Cristian Robert
Correo electrónico
c.munteanu@udc.es
Profesorado
Munteanu , Cristian Robert
Pereira Loureiro, Javier
Correo electrónico
c.munteanu@udc.es
javier.pereira@udc.es
Web
Descrición xeral En esta asignatura se va impartir conceptos sobre los principios básicos de anotación del genoma, el análisis de secuencias, las herramientas de procesamiento de información molecular, las herramientas para diseño de fármacos y la evaluación de la toxicidad, las bases de datos biológicas, omics y epigenética, los proyectos Genoma humano, Varioma y Exposoma, y las aplicaciones de bioinformática en la clínica.

Competencias do título
Código Competencias do título
A1 CE1 - Capacidade para coñecer o eido de aplicación da bioinformática e os seus aspectos más importantes
A6 CE6 – Capacidade para identificar as ferramentas software e fontes de datos de bioinformática máis relevantes, e adquirir destreza no seu uso
A7 CE7 - Capacidade para identificar a aplicabilidade do uso da bioinformática ao ámbito clínico
B1 CB6 – Posuír e comprender o coñecemento que fornecen unha base ou oportunidade de orixinalidade no desenvolvemento e / ou aplicación de ideas, a miúdo nun contexto de investigación.
B2 CB7 - Que os estudantes saiban aplicar os coñecementos adquiridos e a súa capacidade de resolución de problemas en contornas novas ou pouco coñecidas dentro de contextos máis amplos (ou multidisciplinares) relacionados coa súa área de estudo
B3 CB8 – Que os estudantes sexan capaces de integrar coñecementos e xestionar a complexidade de formular xuízos en base a información que, sendo incompleta ou limitada, inclúa reflexións sobre as responsabilidades sociais e éticas relacionadas coa aplicación dos seus coñecementos e xuízos
B5 CB10 – Que os estudantes posúan as habilidades de aprendizaxe que lles permitan continuar estudando dun xeito que terá de ser en gran parte auto-orientado ou autónomo.
B6 CG1 - Buscar e seleccionar a información útil necesaria para resolver problemas complexos, manexando con soltura as fontes bibliográficas do campo
B7 CG2 - Manter e estender enfoques teóricos fundados para permitir a introdución i explotación de tecnoloxías novas e avanzadas
B8 CG3 - Ser capaz de traballar en equipa, en especial de carácter interdisciplinar
C1 CT1 - Expresarse correctamente, tanto de xeito oral como escrito, nas linguas oficiais da comunidade autónoma
C2 CT2 - Dominar a expresión e a comprensión de xeito oral e escrito dun idioma estranxeiro
C3 CT3 - Utilizar as ferramentas básicas das tecnoloxías da información e as comunicacións (TIC) necesarias para o exercicio da súa profesión e para a aprendizaxe ao longo da súa vida
C6 CT6 - Valorar criticamente o coñecemento, a tecnoloxía e a información dispoñibles para resolver os problemas cos que deben enfrontarse
C8 CT8 - Valorar a importancia que ten a investigación, a innovación e o desenvolvemento tecnolóxico no avance socioeconómico e cultural da sociedade

Resultados de aprendizaxe
Resultados de aprendizaxe Competencias do título
Identificar las características del ámbito de aplicación de las ciencias de la computación a las ciencias de la salud AP1
AP6
BP1
BP2
BP3
Ser capaz de desarrollar un proyecto de investigación en el ámbito de la informática biomédica de acuerdo a las exigencias éticas y de seguridad de los datos de salud AP7
BP5
BP6
BP7
BP8
CP1
CP2
CP3
CP6
CP8
Saber identificar campos de aplicación de las tecnologías de la información y las comunicaciones para mejorar la prestación de servicios sanitarios al ciudadano AP7
CP1
CP2
CP3
CP6
CP8

Contidos
Temas Subtemas
Principios básicos de anotación de genomas
Análisis de secuencias
Herramientas de procesamiento de información molecular
Herramientas para diseño de fármacos y la evaluación de la toxicidad
Bases de datos biológicas
Omics y epigenética: Genómica, proteómica, transcriptómica
Proyectos: Genoma humano, Varioma, Exposoma
Aplicaciones de bioinformática en la clínica
.

Planificación
Metodoloxías / probas Competencias Horas presenciais Horas non presenciais / traballo autónomo Horas totais
Prácticas a través de TIC A1 A6 A7 B1 B2 B3 B5 B6 B7 B8 C1 C2 C3 C6 C8 30 30 60
Presentación oral A1 C1 C2 C3 C6 C8 5 5 10
Traballos tutelados A1 C1 C2 C3 C6 C8 10 10 20
Proba obxectiva A1 A6 A7 B1 B2 B3 B5 B6 B7 B8 C1 C2 C3 C6 C8 1 14 15
Sesión maxistral A1 A6 A7 B1 B2 B3 B5 B6 B7 B8 C1 C2 C3 C6 C8 20 20 40
 
Atención personalizada 5 0 5
 
*Os datos que aparecen na táboa de planificación son de carácter orientativo, considerando a heteroxeneidade do alumnado

Metodoloxías
Metodoloxías Descrición
Prácticas a través de TIC Practicas en laboratorios de practicas
Presentación oral Exposición en publico del trabajo tutelado
Traballos tutelados Trabajo practico sobre el contenido teórico de la asignatura
Proba obxectiva Examen sobre los contenidos teóricos y los trabajos tutelados realizados durante la asignatura. Esta prueba podría ser compensada por los trabajos tutelados.
Sesión maxistral Clases teoricas en las aulas

Atención personalizada
Metodoloxías
Traballos tutelados
Proba obxectiva
Presentación oral
Sesión maxistral
Prácticas a través de TIC
Descrición
Para resolver los aspectos mas complejos de la materia, se realizaran tutorías individuales o grupales con los alumnos.

Avaliación
Metodoloxías Competencias Descrición Cualificación
Traballos tutelados A1 C1 C2 C3 C6 C8 El trabajo propuesto en la asignatura será parte de la evaluación. 30
Proba obxectiva A1 A6 A7 B1 B2 B3 B5 B6 B7 B8 C1 C2 C3 C6 C8 En caso de considerarlo necesario, se podrá realizar un examen sobre los contenidos teóricos y prácticos de la materia, incluyendo los temas de las clases magistrales y los trabajos tutelados que se exponen públicamente. El profesor podrá distribuir los puntos de esta prueba entre las otras metodologías en caso de considerarlo oportuno. 30
Presentación oral A1 C1 C2 C3 C6 C8 La exposición en público del trabajo tutelado formará parte de la valoración final de la materia. 30
Prácticas a través de TIC A1 A6 A7 B1 B2 B3 B5 B6 B7 B8 C1 C2 C3 C6 C8 Se valorará la cualidad y entrega en plazo en las practicas. 10
 
Observacións avaliación

Para superar la asignatura será necesario obtener un porcentaje mínimo en cada una de las metodologías


Fontes de información
Bibliografía básica Ohlebusch, Enno (2013). Bioinformatics algorithms : sequence analysis, genome rearrangements, and phylogenetic reconstruction. Ulm : Oldenbusch Verlag
Dan E. Krane, Michael L. Raymer (2003). Fundamental concepts of bioinformatics. San Francisco, California : Benjamin Cummings
Edward Keedwell and Ajit Narayanan (2005). Intelligent bioinformatics the application of artificial intelligence techniques to bioinformatics problems. Chichester : John Wiley & Sons
Stekel, Dov. (2003). Microarray bioinformatics. Cambridge: Cambridge University Press, 2003

Graph-based Processing of Macromolecular Information, Current Bioinformatics 10(5): 606-631 (2016), DOI: 10.2174/1574893610666151008012438 | Cristian R. Munteanu, Vanessa Aguiar-Pulido, Ana Freire, Marcos Martínez-Romero, Ana B. Porto-Pazos, Javier Pereira, Julian Dorado | online


RRegrs: An R package for Computer-aided Model Selection with Multiple Regression Models, Journal of Cheminformatics  7(1), 1-16, doi:10.1186/s13321-015-0094-2 (2015) | Georgia Tsiliki, Cristian R. Munteanu, Jose A Seoane, Carlos Fernandez-Lozano, Haralambos Sarimveis, Egon L. Willighagen | GitHub| 10.5281/zenodo.21946 | online 

Bio-AIMS Collection of Chemoinformatics Web Tools based on Molecular Graph Information and Artificial Intelligence Models, Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening 18(8):735-50 (2015) | Cristian R. Munteanu, Humberto González-Díaz, Rafael García, Mabel Loza, Alejandro Pazos | online 

S2SNet: A Tool for Transforming Characters and Numeric Sequences into Star Network Topological Indices in Chemoinformatics, Bioinformatics, Biomedical, and Social-Legal sciences, Current Bioinformatics 8(4), 429-437 (2013) | Cristian R. Munteanu, Alexandre L Magalhães, Aliuska Duardo Sánchez, Alejandro Pazos, Humberto González-Díaz | online

Tutorial Biopython: http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html
Bibliografía complementaria


Recomendacións
Materias que se recomenda ter cursado previamente

Materias que se recomenda cursar simultaneamente

Materias que continúan o temario

Observacións


(*)A Guía docente é o documento onde se visualiza a proposta académica da UDC. Este documento é público e non se pode modificar, salvo casos excepcionais baixo a revisión do órgano competente dacordo coa normativa vixente que establece o proceso de elaboración de guías