Datos Identificativos 2021/22
Asignatura (*) Fundamentos de bioinformática Código 614522008
Titulación
Mestrado Universitario en Bioinformática para Ciencias da Saúde
Descriptores Ciclo Período Curso Tipo Créditos
Mestrado Oficial 1º cuadrimestre
Primeiro Obrigatoria 6
Idioma
Inglés
Modalidade docente Híbrida
Prerrequisitos
Departamento Ciencias da Computación e Tecnoloxías da Información
Computación
Fisioterapia, Medicina e Ciencias Biomédicas
Coordinación
Munteanu , Cristian Robert
Correo electrónico
c.munteanu@udc.es
Profesorado
Fernández Lozano, Carlos
Munteanu , Cristian Robert
Correo electrónico
carlos.fernandez@udc.es
c.munteanu@udc.es
Web http://moodle.udc.es
Descrición xeral Esta materia impártese en inglés. Expóñense os conceptos sobre os principios básicos da anotación do xenoma, o análise de secuencias, as ferramentas de procesamento de información molecular, as ferramentas para deseño de fármacos e a avaliación da toxicidade, as bases de datos biolóxicas, omics e epixenética, os proxectos Xenoma humano, Varioma e Exposoma, e as aplicacións de bioinformática en la clínica.
Plan de continxencia 1. Modificacións nos contidos
sen modificacións

2. Metodoloxías
Metodoloxías docentes que se manteñen
Mantéñense as mesmas metodoloxías excepto polos mecanismos de avaliación e as clases que se pasarán da aula a sistemas online como Teams

Metodoloxías docentes que se modifican

3. Mecanismos de atención personalizada ao alumnado
Usarase moodle para proporcionar o material docente aos estudantes. Usaranse os foros de moodle como medio de comunicación de cambios na materia (cambios, entregas de prácticas, etc). Realizaranse clases síncronas en horario oficial de clase e poderanse deixar vídeos asíncronos en Stream. As titorías realizaranse vía Teams e responderanse dúbidas por email.

4. Modificacións na avaliación
Os mecanismos de avaliación manteranse coa condición de que se pasarán de clase presencial na facultade para ser vía Teams.

Observacións de avaliación:

5. Modificacións da bibliografía ou webgrafía
sen cambios

Competencias do título
Código Competencias do título
A1 CE1 - Capacidade para coñecer o eido de aplicación da bioinformática e os seus aspectos más importantes
A6 CE6 – Capacidade para identificar as ferramentas software e fontes de datos de bioinformática máis relevantes, e adquirir destreza no seu uso
A7 CE7 - Capacidade para identificar a aplicabilidade do uso da bioinformática ao ámbito clínico
B1 CB6 – Posuír e comprender o coñecemento que fornecen unha base ou oportunidade de orixinalidade no desenvolvemento e / ou aplicación de ideas, a miúdo nun contexto de investigación.
B2 CB7 - Que os estudantes saiban aplicar os coñecementos adquiridos e a súa capacidade de resolución de problemas en contornas novas ou pouco coñecidas dentro de contextos máis amplos (ou multidisciplinares) relacionados coa súa área de estudo
B3 CB8 – Que os estudantes sexan capaces de integrar coñecementos e xestionar a complexidade de formular xuízos en base a información que, sendo incompleta ou limitada, inclúa reflexións sobre as responsabilidades sociais e éticas relacionadas coa aplicación dos seus coñecementos e xuízos
B5 CB10 – Que os estudantes posúan as habilidades de aprendizaxe que lles permitan continuar estudando dun xeito que terá de ser en gran parte auto-orientado ou autónomo.
B6 CG1 - Buscar e seleccionar a información útil necesaria para resolver problemas complexos, manexando con soltura as fontes bibliográficas do campo
B7 CG2 - Manter e estender enfoques teóricos fundados para permitir a introdución i explotación de tecnoloxías novas e avanzadas
B8 CG3 - Ser capaz de traballar en equipa, en especial de carácter interdisciplinar
C1 CT1 - Expresarse correctamente, tanto de xeito oral como escrito, nas linguas oficiais da comunidade autónoma
C2 CT2 - Dominar a expresión e a comprensión de xeito oral e escrito dun idioma estranxeiro
C3 CT3 - Utilizar as ferramentas básicas das tecnoloxías da información e as comunicacións (TIC) necesarias para o exercicio da súa profesión e para a aprendizaxe ao longo da súa vida
C6 CT6 - Valorar criticamente o coñecemento, a tecnoloxía e a información dispoñibles para resolver os problemas cos que deben enfrontarse
C8 CT8 - Valorar a importancia que ten a investigación, a innovación e o desenvolvemento tecnolóxico no avance socioeconómico e cultural da sociedade

Resultados de aprendizaxe
Resultados de aprendizaxe Competencias do título
Identificar as características do ámbito de aplicación das ciencias da computación ás ciencias da saúde AP1
AP6
BP1
BP2
BP3
Ser capaz de desenvolver un proxecto de investigación no ámbito da informática biomédica segundo ás exixencias éticas e de seguridade dos datos de saúde AP7
BP5
BP6
BP7
BP8
CP1
CP2
CP3
CP6
CP8
Saber identificar campos de aplicación das tecnoloxías da información e as comunicacións para mellorar a prestación de servizos sanitarios ao cidadán AP7
CP1
CP2
CP3
CP6
CP8

Contidos
Temas Subtemas
Fundamentos de Bioinformática Principios básicos de anotación de xenomas
Análise de secuencias
Ferramentas de procesamento de información molecular
Ferramentas para deseño de fármacos e a avaliación da toxicidade
Bases de datos biolóxicas
Omics e epixenética: Xenómica, proteómica, transcriptómica
Proxectos: Xenoma humán, Varioma, Exposoma
Aplicacións de bioinformática na clínica

Planificación
Metodoloxías / probas Competencias Horas presenciais Horas non presenciais / traballo autónomo Horas totais
Prácticas a través de TIC A1 A6 A7 B1 B2 B3 B5 B6 B7 B8 C1 C2 C3 C6 C8 30 30 60
Presentación oral A1 C1 C2 C3 C6 C8 5 5 10
Traballos tutelados A1 C1 C2 C3 C6 C8 10 10 20
Proba obxectiva A1 A6 A7 B1 B2 B3 B5 B6 B7 B8 C1 C2 C3 C6 C8 1 14 15
Sesión maxistral A1 A6 A7 B1 B2 B3 B5 B6 B7 B8 C1 C2 C3 C6 C8 20 20 40
 
Atención personalizada 5 0 5
 
*Os datos que aparecen na táboa de planificación son de carácter orientativo, considerando a heteroxeneidade do alumnado

Metodoloxías
Metodoloxías Descrición
Prácticas a través de TIC A práctica de laboratorio pode ser presencial ou a través de plataformas informáticas como TEAMS.
Presentación oral A presentación pública do traballo supervisado pode ser presencial ou a través de plataformas informáticas como TEAMS.
Traballos tutelados O traballo práctico sobre o contido teórico do curso pode ser presencial ou a través de plataformas informáticas como TEAMS.
Proba obxectiva Exame sobre o contido teórico e o traballo supervisado realizado ao longo do curso si non hai traballo supervisado. Pode ser presencial ou a través de plataformas informáticas como TEAMS.
Sesión maxistral Nas sesións teóricas, o profesor describe os obxectivos e contidos da asignatura, para dar unha visión particular do tema a tratar e relacionalo con outros dentro da asignatura.

A continuación, o tema correspondente desenvólvese en forma dunha sesión de clase, utilizando os instrumentos técnicos dispoñibles, facendo fincapé en certas cuestións nas que o estudante debe profundar o seu autoaprendizaje.

As sesións magistrales poden ser presenciales ou a través de plataformas informáticas como os TEAMS. Tamén é posible incluír videos explicativos de diferentes partes dos contidos teóricos.

Atención personalizada
Metodoloxías
Traballos tutelados
Proba obxectiva
Presentación oral
Sesión maxistral
Prácticas a través de TIC
Descrición
Para resolver os aspectos mais complexos da materia, realizaranse titorías individuais ou grupais cos alumnos.

Avaliación
Metodoloxías Competencias Descrición Cualificación
Traballos tutelados A1 C1 C2 C3 C6 C8 O traballo proposto na materia será parte da avaliación. 30
Proba obxectiva A1 A6 A7 B1 B2 B3 B5 B6 B7 B8 C1 C2 C3 C6 C8 En caso de consideralo necesario, poderase realizar un exame sobre os contidos teóricos e prácticos da materia, incluíndo os temas das clases maxistrales e os traballos tutelados que se expoñen publicamente. O profesor poderá distribuír os puntos desta proba entre as outras metodoloxías en caso de consideralo oportuno. 30
Presentación oral A1 C1 C2 C3 C6 C8 A exposición en público do traballo tutelado formará parte da valoración final da materia. 30
Prácticas a través de TIC A1 A6 A7 B1 B2 B3 B5 B6 B7 B8 C1 C2 C3 C6 C8 Valorarase a calidade e entrega en prazo nas practicas. 10
 
Observacións avaliación

Para superar a materia será preciso
obter un porcentaxe mínimo en cada unha das metodoloxías.

Plaxio:

En calquera entrega na que se detecte plaxio, a entrega será valorada cun cero. O plaxio na proba obxectiva será sancionado de acordo coa normativa vixente da universidade.


Fontes de información
Bibliografía básica Ohlebusch, Enno (2013). Bioinformatics algorithms : sequence analysis, genome rearrangements, and phylogenetic reconstruction. Ulm : Oldenbusch Verlag
Dan E. Krane, Michael L. Raymer (2003). Fundamental concepts of bioinformatics. San Francisco, California : Benjamin Cummings
Edward Keedwell and Ajit Narayanan (2005). Intelligent bioinformatics the application of artificial intelligence techniques to bioinformatics problems. Chichester : John Wiley & Sons
Stekel, Dov. (2003). Microarray bioinformatics. Cambridge: Cambridge University Press, 2003

Graph-based Processing of Macromolecular Information, Current Bioinformatics 10(5): 606-631 (2016), DOI: 10.2174/1574893610666151008012438 | Cristian R. Munteanu, Vanessa Aguiar-Pulido, Ana Freire, Marcos Martínez-Romero, Ana B. Porto-Pazos, Javier Pereira, Julian Dorado | online


RRegrs: An R package for Computer-aided Model Selection with Multiple Regression Models, Journal of Cheminformatics  7(1), 1-16, doi:10.1186/s13321-015-0094-2 (2015) | Georgia Tsiliki, Cristian R. Munteanu, Jose A Seoane, Carlos Fernandez-Lozano, Haralambos Sarimveis, Egon L. Willighagen | GitHub| 10.5281/zenodo.21946 | online 

Bio-AIMS Collection of Chemoinformatics Web Tools based on Molecular Graph Information and Artificial Intelligence Models, Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening 18(8):735-50 (2015) | Cristian R. Munteanu, Humberto González-Díaz, Rafael García, Mabel Loza, Alejandro Pazos | online 

S2SNet: A Tool for Transforming Characters and Numeric Sequences into Star Network Topological Indices in Chemoinformatics, Bioinformatics, Biomedical, and Social-Legal sciences, Current Bioinformatics 8(4), 429-437 (2013) | Cristian R. Munteanu, Alexandre L Magalhães, Aliuska Duardo Sánchez, Alejandro Pazos, Humberto González-Díaz | online

Tutorial Biopython: http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html
Bibliografía complementaria


Recomendacións
Materias que se recomenda ter cursado previamente

Materias que se recomenda cursar simultaneamente

Materias que continúan o temario

Observacións

Materia impartida en inglés



(*)A Guía docente é o documento onde se visualiza a proposta académica da UDC. Este documento é público e non se pode modificar, salvo casos excepcionais baixo a revisión do órgano competente dacordo coa normativa vixente que establece o proceso de elaboración de guías