Datos Identificativos 2019/20
Asignatura (*) Métodos estatísticos avanzados en bioinformática Código 614522009
Titulación
Mestrado Universitario en Bioinformática para Ciencias da Saúde
Descriptores Ciclo Período Curso Tipo Créditos
Mestrado Oficial 2º cuadrimestre
Primeiro Obrigatoria 6
Idioma
Castelán
Inglés
Modalidade docente Presencial
Prerrequisitos
Departamento Matemáticas
Coordinación
Lopez de Ullibarri Galparsoro, Ignacio
Correo electrónico
ignacio.lopezdeullibarri@udc.es
Profesorado
Lopez de Ullibarri Galparsoro, Ignacio
Correo electrónico
ignacio.lopezdeullibarri@udc.es
Web
Descrición xeral Preténdese proporcionar ó alumnado os coñecementos necesarios para abordar unha selección de problemas importantes en Bioinformática dende unha perspectiva eminentemente estatística/probabilística
Plan de continxencia

Competencias do título
Código Competencias do título
A5 CE5 – Desenvolvemento de habilidades no manexo de técnicas estatísticas e a súa aplicación a conxuntos de datos no campo da Bioinformática
A6 CE6 – Capacidade para identificar as ferramentas software e fontes de datos de bioinformática máis relevantes, e adquirir destreza no seu uso
B1 CB6 – Posuír e comprender o coñecemento que fornecen unha base ou oportunidade de orixinalidade no desenvolvemento e / ou aplicación de ideas, a miúdo nun contexto de investigación.
B2 CB7 - Que os estudantes saiban aplicar os coñecementos adquiridos e a súa capacidade de resolución de problemas en contornas novas ou pouco coñecidas dentro de contextos máis amplos (ou multidisciplinares) relacionados coa súa área de estudo
B6 CG1 - Buscar e seleccionar a información útil necesaria para resolver problemas complexos, manexando con soltura as fontes bibliográficas do campo
B7 CG2 - Manter e estender enfoques teóricos fundados para permitir a introdución i explotación de tecnoloxías novas e avanzadas
C3 CT3 - Utilizar as ferramentas básicas das tecnoloxías da información e as comunicacións (TIC) necesarias para o exercicio da súa profesión e para a aprendizaxe ao longo da súa vida
C6 CT6 - Valorar criticamente o coñecemento, a tecnoloxía e a información dispoñibles para resolver os problemas cos que deben enfrontarse

Resultados de aprendizaxe
Resultados de aprendizaxe Competencias do título
Coñecer os principios estatísticos da análise de sistemas de altas prestacións para o estudo da expresión xénica AP5
AP6
BP1
BP2
BP6
BP7
CP3
CP6
Comprender os aspectos estatísticos da construción de árbores filoxenéticas AP5
AP6
BP1
BP2
BP6
BP7
CP3
CP6
Coñecer os fundamentos dos principais modelos estocásticos empregados en xenética de poblacións AP5
AP6
BP1
BP2
BP6
BP7
CP3
CP6
Entender as bases probabilísticas e estatísticas dos métodos de análise de secuencias biolóxicas AP5
AP6
BP1
BP2
BP6
BP7
CP3
CP6

Contidos
Temas Subtemas
1. Análise estatística de sistemas de altas prestacións para o estudo da expresión xénica

Preprocesamento dos datos de microarrays.
Multiplicidade dos contrastes de hipóteses nos estudos de expresión xénica diferencial.
Análise de conglomerados de mostras e xenes.
2. Árbores filoxenéticas
Modelos de evolución das secuencias de ADN.
Construción e estimación de árbores filoxenéticas: métodos baseados nos conceptos de parsimonia, distancia e máxima verosimilitude.
Contrastes sobre filoxenias e métodos relacionados.
3. Introducción ós modelos estocásticos en xenética de poblacións O modelo de Wright-Fisher.
O coalescente: o coalescente básico, contrastes da hipótese de neutralidade, extensións do coalescente.
4. Aspectos estatísticos da análise de secuencias biolóxicas Sistemas de puntuación de alineamentos.
Análise da significación estatística de alineamentos de secuencias.

Planificación
Metodoloxías / probas Competencias Horas presenciais Horas non presenciais / traballo autónomo Horas totais
Sesión maxistral A5 B1 B7 18 40 58
Solución de problemas B2 B6 C6 12 28 40
Prácticas a través de TIC A5 A6 B2 C3 12 25 37
Proba mixta A5 3 0 3
Traballos tutelados B6 0 10 10
 
Atención personalizada 2 0 2
 
*Os datos que aparecen na táboa de planificación son de carácter orientativo, considerando a heteroxeneidade do alumnado

Metodoloxías
Metodoloxías Descrición
Sesión maxistral Exposición oral complementada co uso de medios audiovisuais, coa finalidade de transmitir ó estudiante os coñecementos teóricos
Solución de problemas Seminarios en grupos de tamaño intermedio destinados á resolución de exercicios e problemas
Prácticas a través de TIC Resolución de supostos prácticos e teóricos mediante a utilización de software estatístico
Proba mixta Proba con preguntas de tipo test de opcións múltiples e/ou preguntas de resposta breve realizada co fin de evaluar globalmente a adquisición de coñecementos polo estudiante
Traballos tutelados Traballos realizados polo estudiante sobre temas relacionados coa materia

Atención personalizada
Metodoloxías
Sesión maxistral
Solución de problemas
Prácticas a través de TIC
Traballos tutelados
Descrición
A atención personalizada farase mediante titorías presenciais no despacho do profesor

Avaliación
Metodoloxías Competencias Descrición Cualificación
Proba mixta A5 Proba que constará de preguntas de tipo test con opcións múltiples e/ou con preguntas de breve resposta 75
Traballos tutelados B6 Traballo optativo realizado polo alumno ou alumna 25
 
Observacións avaliación

Avaliación na primeira oportunidade

Poderá ser tido en
conta o seguimento obxetivable do
curso e a
participación activa pola parte do estudiante, reflectíndose na
calificación con ata un 20% da nota final. A porcentaxe restante
da calificación (entre 80% e 100%) dependerá da evaluación
da Proba mixta e, se procede, do Traballo tutelado optativo, e
calcularase reescalando se é preciso as porcentaxes que figuran na
táboa superior.

Para superar a materia é necesario acadar unha calificación total mínima de 50 puntos, sendo en

todo caso obligatoria a presentación á Proba mixta. Quen non se
presente á Proba mixta será calificado como 'non presentado'.

Avaliación na segunda oportunidade

Farase con criterios similares aos da primeira oportunidade. O alumnado que houbera presentado un Traballo tutelado optativo na primeira
oportunidade poderá optar entre conservar a nota obtida na súa avaliación na primeira oportunidade ou presentar un novo traballo.

O alumnado con recoñecemento de dedicación a tiempo
parcial e dispensa académica de exención de asistencia que decida non asistir regularmente ás clases, será
evaluado nas dúas oportunidades como o resto do alumnado que se atopa nunha situación similar.


Fontes de información
Bibliografía básica Gentleman R, Carey V J, Huber W, Irizarry R A, Dudoit S (eds.) (2005). Bioinformatics and Computational Biology Solutions using R and Bioconductor. Springer
Wakeley J (2008). Coalescent Theory. Freeman
Felsenstein J (2004). Inferring Phylogenies. Sinauer
Bioconductor Project (). Sitio web Bioconductor. https://www.bioconductor.org/
R (2018). Sitio web programa R. http://www.r-project.org/
Ewens W J, Grant G R (2005). Statistical Methods in Bioinformatics. Springer

Bibliografía complementaria


Recomendacións
Materias que se recomenda ter cursado previamente

Materias que se recomenda cursar simultaneamente

Materias que continúan o temario

Observacións


(*)A Guía docente é o documento onde se visualiza a proposta académica da UDC. Este documento é público e non se pode modificar, salvo casos excepcionais baixo a revisión do órgano competente dacordo coa normativa vixente que establece o proceso de elaboración de guías