Es necesario para aprobar la materia:

- Obtener una calificación global igual o superior al 50%.

- Obtener una cualificación en el trabajo tutelado igual o superior a 2.5/10.

- Completar la presentación oral.

- Asistir de forma activa a las presentaciones orales de los compañeros.

En caso de obtener
una cualificación global igual o superior al 50% pero no cumplir con
alguna de las condiciones necesarias la calificación será un Suspenso (4.5).

En la
segunda oportunidad se permitirá recuperar el 80% de la
calificación: trabajo tutelado, presentación oral y prueba objetiva.
Únicamente la calificación de prácticas de laboratorio no se podrá
recuperar. La cualificación de las prácticas de laboratorio obtenida en la
primera oportunidad se mantiene de cara a la segunda oportunidad.

Un
alumno que non se presente a la prueba objetiva será considerado "no
presentado", aunque complete las prácticas de laboratorio, el trabajo
tutelado y/o la presentación oral.

La calificación de los alumnos con matrícula a tempo parcial seguirá las
mismas pautas que los de matrícula ordinaria. Estos alumnos también están
obligados a asistir a la presentación oral de los compañeros para poder
aprobar la materia. La asistencia a las clases magistrales y a las prácticas de
laboratorio no es obligatoria para ningún alumno.

Los alumnos que repitan la asignatura por no alcanzar la nota
necesaria el curso anterior podrán guardar las notas parciales de los
apartados que deseen (prácticas, trabajo tutelado, presentación oral
o exámen escrito). Si quieren mantener alguna de las notas deben avisar al profesor en la primera semana de clase.

Resultados de aprendizaje	Competencias del título
Comprender las principales diferencias de organización en las arquitecturas paralelas	AP2	BP7
Entender los principales modelos de programación para computación de altas prestaciones	AP3	BP2 BP5
Aplicar los conocimientos adquiridos a la ejecución eficiente de aplicaciones paralelas en el campo de la bioinformática	AP2	BP5	CP1 CP3

Tema	Subtema
1) Introducción a la programación paralela	1.1) Conceptos básicos de paralelismo 1.2) Arquitecturas de computador paralelas 1.3) Paradigmas de programación paralelas 1.4) Medidas de prestaciones de algoritmos paralelos
2) Programación paralela para arquitecturas de memoria compartida	2.1) Arquitecturas de memoria compartida 2.2) Modelo de programación de memoria compartida 2.3) Lenguajes de programación para arquitecturas de memoria compartida
3) Programación paralela para arquitecturas de paso de mensajes	3.1) Arquitecturas de memoria distribuida 3.2) Modelo de programación de paso de mensajes 3.3) Lenguajes de programación para arquitecturas de memoria distribuida
4) Programación paralela para arquitecturas emergentes	4.1) GPUs 4.2) Lenguajes de programación para GPUs 4.3) Intel Xeon Phi
5) Ejecución de herramientas bioinformáticas en entornos paralelos	5.1) Análisis de herramientas bioinformáticas paralelas 5.2) Ejecución en sistemas de memoria compartida 5.3) Ejecución en sistemas de memoria distribuida 5.4) Ejecución en GPUs 5.5) Uso de colas de ejecución en sistemas de supercomputación abiertos

Metodologías / pruebas	Competéncias	Horas presenciales	Horas no presenciales / trabajo autónomo	Horas totales
Sesión magistral	A2 A3 B2 B5 B7	14	28	42
Prácticas de laboratorio	A2 B2 B5 C3	21	52.5	73.5
Trabajos tutelados	A2 C1 C3	3	18	21
Presentación oral	A2 C1 C3	2	6	8
Prueba objetiva	A2 A3 B2 B5 B7	2	0	2

Atención personalizada		3.5	0	3.5

(*)Los datos que aparecen en la tabla de planificación són de carácter orientativo, considerando la heterogeneidad de los alumnos

Metodologías	Descripción
Sesión magistral	Exposición oral complementada con el uso de medios audiovisuales y la introducción de fases de debate con los estudiantes. Todo esto con la finalidad de transmitir conocimientos y facilitar el aprendizaje. Se harán sesiones magistrais sobre los temas 1, 2, 3 y 4. Será el punto de partida para el resto de actividades previstas.
Prácticas de laboratorio	Actividad que permite a los estudiantes aprender y afianzar los conocimientos ya adquiridos mediante la realización de sesiones prácticas en ordenadores. Permitirán a los alumnos familiarizarse con los aspectos prácticos da asignatura. En particular, se focalizará la atención en el tema 5 del temario, y será el punto de partida para poder desarrollar el trabajo tutelado y la prueba oral.
Trabajos tutelados	Se realizará un trabajo individual en el que cada alumno deberá emplear una herramienta bioinformática en un entorno paralelo. Permitirá evaluar si el alumno adquirió las capacidades explicadas en las prácticas de laboratorio y si es capaz de emplear los nuevos conocimientos en otras situaciones.
Presentación oral	Actividad en la que los alumnos deberán exponer al profesor y al resto de la clase los resultados de su trabajo tutelado. También habrá turno de preguntas en el que el resto del alumnado debe estar activo y participativo.
Prueba objetiva	Actividad realizada para la evaluación del conocimiento y las capacidades adquiridas por los alumnos durante las sesiones magistrales. Consiste en una prueba escrita con preguntas para la evaluación individual objetiva de cada alumno.

Metodologías	Competéncias	Descripción	Calificación
Prueba objetiva	A2 A3 B2 B5 B7	Prueba escrita sobre los contenidos presentados en las clases magistrales y en las prácticas de laboratorio.	30
Presentación oral	A2 C1 C3	Presentación ante el profesor y el resto de la clase de los resultados del trabajo tutelado. Es condición necesaria (pero no suficiente) para aprobar la asignatura completar esta presentación y asistir de forma activa a las presentaciones de los compañeros.	10
Prácticas de laboratorio	A2 B2 B5 C3	La puntuación se obtendrá mediante la correcta realización de un ejercicio práctico y la asistencia a las clases de laboratorio.	20
Trabajos tutelados	A2 C1 C3	Realización de un trabajo tutelado que terminará con la entrega de un informe escrito. La nota de este trabajo dependerá de la calidad tanto de los resultados obtenidos como del informe. Es condición necesaria (pero no suficiente) para aprobar la asignatura entregar el mencionado informe y obtener como mínimo un 25% de su puntuación (que equivale a un 10% del total de la asignatura)	40

Observaciones evaluación
Es necesario para aprobar la materia: - Obtener una calificación global igual o superior al 50%. - Obtener una cualificación en el trabajo tutelado igual o superior a 2.5/10. - Completar la presentación oral. - Asistir de forma activa a las presentaciones orales de los compañeros. En caso de obtener una cualificación global igual o superior al 50% pero no cumplir con alguna de las condiciones necesarias la calificación será un Suspenso (4.5). En la segunda oportunidad se permitirá recuperar el 80% de la calificación: trabajo tutelado, presentación oral y prueba objetiva. Únicamente la calificación de prácticas de laboratorio no se podrá recuperar. La cualificación de las prácticas de laboratorio obtenida en la primera oportunidad se mantiene de cara a la segunda oportunidad. Un alumno que non se presente a la prueba objetiva será considerado "no presentado", aunque complete las prácticas de laboratorio, el trabajo tutelado y/o la presentación oral. La calificación de los alumnos con matrícula a tempo parcial seguirá las mismas pautas que los de matrícula ordinaria. Estos alumnos también están obligados a asistir a la presentación oral de los compañeros para poder aprobar la materia. La asistencia a las clases magistrales y a las prácticas de laboratorio no es obligatoria para ningún alumno. Los alumnos que repitan la asignatura por no alcanzar la nota necesaria el curso anterior podrán guardar las notas parciales de los apartados que deseen (prácticas, trabajo tutelado, presentación oral o exámen escrito). Si quieren mantener alguna de las notas deben avisar al profesor en la primera semana de clase.

Básica	Peter S. Pacheco (2011). An introduction to parallel programming. Morgan Kaufmann Jason Sanders (2011). CUDA by example : an introduction to general-purpose GPU programming. Addison-Wesley Thomas Rauber [et al.] (2013). Parallel Programming for Multicore and Cluster Systems. Springer

Complementária	Francisco Almeyda [et al.] (2008). Introducción a la programación paralela. Paraninfo Cengage Learning Bertil Schmidt (2010). Bioinformatics: High Performance Parallel Computer Architectures. CRC Press

Otros comentarios
Es recomendable tener de antemano unas nociones básicas de programación y arquitectura de computadores