PRIMEIRA OPORTUNIDADE:

Terá cualificación de NON PRESENTADO calquera estudante que non realice a proba mixta.

SEGUNDA OPORTUNIDADE:

Poderán presentarse á segunda oportunidade ÚNICAMENTE aqueles estudantes que non superen a materia na primeira oportunidade. A recuperación de cada unha das partes farase da seguinte forma:

Prácticas (50%): os estudantes poderán repetir as prácticas propostas durante o curso nas mesmas condicións que na primeira oportunidade (as prácticas entregadas de forma tardía obterán un máximo de 80%). Así, en caso de repetir todas as prácticas, a nota máxima que pode obterse é de 4 puntos.
Traballos tutelados (20% da nota final): a defensa realizarase mediante unha proba escrita.
Proba mixta (30%): realización nas mesmas condicións que na primeira oportunidade.
En caso de non realizar a recuperación dalgunha das partes, conservarase a nota obtida na primeira oportunidade nesa parte.
Para aprobar a materia é obrigatorio obter unha nota mínima de 1,5 sobre 3 na proba mixta.
Terá cualificación de NON PRESENTADO calquera estudante que non opte á recuperación de ningunha das partes.

OPORTUNIDADE ADIANTADA:

A avaliación na oportunidade adiantada consistirá dunha proba escrita (100% da nota final), que recollerá os coñecementos e competencias adquiridos durante as sesións maxistrais, prácticas e traballo tutelado.

DISPENSA ACADÉMICA:

Aqueles estudantes con matrícula a tempo parcial e dispensa académica que lles exima da asistencia ás clases deberán contactar cos docentes durante as dúas primeiras semanas de clase para establecer as condicións de entrega e defensa das prácticas e dos traballos tutelados.

Resultados de aprendizaxe	Competencias do título
Coñecer as estruturas de datos básicas e os algoritmos utilizados para o almacenamento compacto de secuencias biolóxicas e o seu procesamento.	AP1 AP2 AP9
Analizar e comparar as estruturas de datos e a complexidade dos algoritmos que as manexan.	AP2 AP3	BP1	CP6 CP7
Entender, analizar, deseñar e implementar solucións a diferentes problemas fundamentais do aliñamento de secuencias, como a corrección de erros nas lecturas, ensamblaxe de cóntigos, recheo de ocos, etc.	AP1 AP2 AP3 AP8 AP9	BP1 BP2 BP8	CP6 CP7
Explicar, analizar, deseñar e implementar solucións a problemas relacionados coa evolución, como ensamblaxe de haplotipos, descubrimento de motivos, patróns de permutacións, reordenamiento do xenoma, etc.	AP1 AP2 AP3 AP8 AP9	BP1 BP2 BP8	CP6 CP7

Temas	Subtemas
Introdución á análise de algoritmos e complexidade	Análise de algoritmos Complexidade
Busca de patróns en secuencias	Métodos de busca exacta Métodos de busca aproximada Árbores e arrays de sufixos
Introdución á compresión e indexación de secuencias	Técnicas de compresión Índices e autoíndices
Aplicacións sobre secuencias biolóxicas	Comparación de secuencias Busca de motivos Reordenamento do xenoma Aliñamento de secuencias Ensamblaxe de secuencias Análise filoxenético

Metodoloxías / probas	Competencias	Horas presenciais	Horas non presenciais / traballo autónomo	Horas totais
Prácticas a través de TIC	A2 A3 B1 B2 B8 C6 C7	14	60	74
Traballos tutelados	A1 A2 A3 A8 A9 B1 B2 B8 C6 C7	3	30	33
Proba mixta	A1 A2 A3 A8 A9 B2	0	5	5
Sesión maxistral	A1 A2 A3 A8 A9	28	10	38

Atención personalizada		0	0	0

*Os datos que aparecen na táboa de planificación son de carácter orientativo, considerando a heteroxeneidade do alumnado

Metodoloxías	Descrición
Prácticas a través de TIC	Realización de prácticas en ordenador e boletíns para desenvolver os conceptos adquiridos nas clases maxistrais.
Traballos tutelados	Realización dun traballo, individualmente ou en grupo, baixo a supervisión do equipo docente da materia.
Proba mixta	Realización dunha proba escrita para demostrar os coñecementos e competencias adquiridos en relación á materia durante as sesións maxistrais e as prácticas na aula.
Sesión maxistral	Exposición dos contidos da materia.

Metodoloxías	Competencias	Descrición	Cualificación
Proba mixta	A1 A2 A3 A8 A9 B2	Constará dunha proba escrita na que deben ser demostrados os coñecementos e as competencias adquiridos durante as clases maxistrais e as prácticas. Para aprobar a materia globalmente hai que obter na proba mixta unha NOTA MÍNIMA de 1,5 (sobre 3). Non sendo así, a nota máxima GLOBAL da materia non será en ningún caso superior a un 4,9 (e polo tanto a materia se considerará SUSPENSA).	30
Traballos tutelados	A1 A2 A3 A8 A9 B1 B2 B8 C6 C7	Os estudantes deberán realizar un traballo, individual ou en grupo, sobre un artigo científico, tendo que defendelo de forma oral. Na segunda oportunidade a defensa do traballo realizarase mediante unha proba escrita.	20
Prácticas a través de TIC	A2 A3 B1 B2 B8 C6 C7	Realizarase unha avaliación do traballo realizado polo alumnado durante as prácticas. Os estudantes deberán entregar boletíns coas solucións aos problemas propostos e defendelos oralmente. Na segunda oportunidade a defensa das prácticas realizarase mediante unha proba escrita.	50

Observacións avaliación
PRIMEIRA OPORTUNIDADE: Terá cualificación de NON PRESENTADO calquera estudante que non realice a proba mixta. SEGUNDA OPORTUNIDADE: Poderán presentarse á segunda oportunidade ÚNICAMENTE aqueles estudantes que non superen a materia na primeira oportunidade. A recuperación de cada unha das partes farase da seguinte forma: Prácticas (50%): os estudantes poderán repetir as prácticas propostas durante o curso nas mesmas condicións que na primeira oportunidade (as prácticas entregadas de forma tardía obterán un máximo de 80%). Así, en caso de repetir todas as prácticas, a nota máxima que pode obterse é de 4 puntos. Traballos tutelados (20% da nota final): a defensa realizarase mediante unha proba escrita. Proba mixta (30%): realización nas mesmas condicións que na primeira oportunidade. En caso de non realizar a recuperación dalgunha das partes, conservarase a nota obtida na primeira oportunidade nesa parte. Para aprobar a materia é obrigatorio obter unha nota mínima de 1,5 sobre 3 na proba mixta. Terá cualificación de NON PRESENTADO calquera estudante que non opte á recuperación de ningunha das partes. OPORTUNIDADE ADIANTADA: A avaliación na oportunidade adiantada consistirá dunha proba escrita (100% da nota final), que recollerá os coñecementos e competencias adquiridos durante as sesións maxistrais, prácticas e traballo tutelado. DISPENSA ACADÉMICA: Aqueles estudantes con matrícula a tempo parcial e dispensa académica que lles exima da asistencia ás clases deberán contactar cos docentes durante as dúas primeiras semanas de clase para establecer as condicións de entrega e defensa das prácticas e dos traballos tutelados.

Bibliografía básica	Dan Gusfield (1997). Algorithms on Strings, Trees and Sequences. Cambridge University Press Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner (2004). An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press Veli Mäkinen, Djamal Belazzougui, Fabio Cunial, Alexandru I. Tomescu (2015). Genome-Scale Algorithm Design. Cambridge University Press

Bibliografía complementaria	Enno Ohlebusch (2013). Bioinformatics Algorithms: Sequence Analysis, Genome Rearrangements, and Phylogenetic Reconstruction. Oldenbusch Verlag A. Moffat y A. Turpin (2002). Compression and Coding Algorithms. Kluwer Academic Publishers G. Navarro y M Raffinot (2002). Flexible Pattern Matching in Strings. Cambridge University Press T. C. Bell, J. G. Clearly y I. H. Witten (1990). Text Compression. Prentice Hall

Observacións