PRIMERA OPORTUNIDAD:

Tendrá calificación de NO PRESENTADO cualquier estudiante que no realice la prueba mixta.

SEGUNDA OPORTUNIDAD:

Podrán presentarse a la segunda oportunidad ÚNICAMENTE aquellos estudiantes que no superen la materia en la primera oportunidad. La recuperación de cada una de las partes se hará de la siguiente forma:

Prácticas (50%): los estudiantes podrán repetir las prácticas propuestas durante el curso en las mismas condiciones que en la primera oportunidad (las prácticas entregadas de forma tardía obtendrán un máximo de 80%). Así, en caso de repetir todas las prácticas, la nota máxima que se puede obtener es de 4 puntos.
Trabajos tutelados (20% de la nota final): realización en las mismas condiciones que en la primera oportunidad.
Prueba mixta (30% de la nota final): realización en las mismas condiciones que en la primera oportunidad.
En caso de no realizar la recuperación de alguna de las partes, se conservará la nota obtenida en la primera oportunidad en esa parte.
Para aprobar la asignatura es obligatorio obtener una nota mínima de 1,5 sobre 3 en la prueba mixta.
Tendrá calificación de NO PRESENTADO cualquier estudiante que no opte a la recuperación de ninguna de las partes.

OPORTUNIDAD ADELANTADA:

La evaluación en la oportunidad adelantada es equivalente a la evaluación de la primera oportunidad (50% entrega de las prácticas, 20% trabajo tutelado, que deberá realizarse de forma individual, 30% prueba escrita).

DISPENSA ACADÉMICA:

Aquellos estudiantes con matrícula a tiempo parcial y dispensa académica que les exima de la asistencia a las clases deberán contactar con los docentes durante las dos primeras semanas de clase para establecer las condiciones de entrega y defensa de las prácticas y de los trabajos tutelados.

Resultados de aprendizaje	Competencias del título
Conocer las estructuras de datos básicas y los algoritmos utilizados para el almacenamiento compacto de secuencias biológicas y su procesamiento.	AP1 AP2 AP9
Analizar y comparar las estructuras de datos y la complejidad de los algoritmos que las manejan.	AP2 AP3	BP1	CP6 CP7
Entender, analizar, diseñar e implementar soluciones a diferentes problemas fundamentales del alineamiento de secuencias, como la corrección de errores en las lecturas, ensamblaje de cóntigos, relleno de huecos, etc.	AP1 AP2 AP3 AP8 AP9	BP1 BP2 BP8	CP6 CP7
Explicar, analizar, diseñar e implementar soluciones a problemas relacionados con la evolución, como ensamblaje de haplotipos, descubrimiento de motivos, patrones de permutaciones, reordenamiento del genoma, etc.	AP1 AP2 AP3 AP8 AP9	BP1 BP2 BP8	CP6 CP7

Tema	Subtema
Introducción al análisis de algoritmos y complejidad	Análisis de algoritmos Complejidad
Búsqueda de patrones en secuencias	Métodos de búsqueda exacta Métodos de búsqueda aproximada Árboles y arrays de sufijos
Introducción a la compresión e indexación de secuencias	Técnicas de compresión Índices y autoíndices
Aplicaciones sobre secuencias biológicas	Comparación de secuencias Búsqueda de motivos Reordenamiento del genoma Alineamiento de secuencias Ensamblaje de secuencias Análisis filogenético

Metodologías / pruebas	Competéncias	Horas presenciales	Horas no presenciales / trabajo autónomo	Horas totales
Prácticas a través de TIC	A2 A3 B1 B2 B8 C6 C7	14	60	74
Trabajos tutelados	A1 A2 A3 A8 A9 B1 B2 B8 C6 C7	3	30	33
Prueba mixta	A1 A2 A3 A8 A9 B2	0	5	5
Sesión magistral	A1 A2 A3 A8 A9	28	10	38

Atención personalizada		0	0	0

(*)Los datos que aparecen en la tabla de planificación són de carácter orientativo, considerando la heterogeneidad de los alumnos

Metodologías	Descripción
Prácticas a través de TIC	Realización de prácticas en ordenador y boletines para desarrollar los conceptos adquiridos en las clases magistrales.
Trabajos tutelados	Realización de un trabajo, individualmente o en grupo, bajo la supervisión del equipo docente de la asignatura.
Prueba mixta	Realización de una prueba escrita para demostrar los conocimientos y competencias adquiridos en relación a la materia durante las sesiones magistrales y las prácticas en el aula.
Sesión magistral	Exposición de los contenidos de la asignatura

Metodologías	Competéncias	Descripción	Calificación
Prueba mixta	A1 A2 A3 A8 A9 B2	Constará de una prueba escrita en la que deben ser demostrados los conocimientos y las competencias adquiridos durante las clases magistrales y las prácticas. Para aprobar la asignatura globalmente hay que obtener en la prueba mixta una NOTA MÍNIMA de 1,5 (sobre 3). No siendo así, la nota máxima GLOBAL de la asignatura no será en ningún caso superior a un 4,9 (y por lo tanto la asignatura se considerará SUSPENSA).	30
Trabajos tutelados	A1 A2 A3 A8 A9 B1 B2 B8 C6 C7	Los estudiantes deberán realizar un trabajo, individual o en grupo, sobre un artículo científico, teniendo que defenderlo ante el profesorado.	20
Prácticas a través de TIC	A2 A3 B1 B2 B8 C6 C7	Se realizará una evaluación del trabajo realizado por el alumnado durante las prácticas. Los estudiantes deberán entregar boletines con las soluciones a los problemas propuestos y defenderlos ante el profesorado.	50

Observaciones evaluación
PRIMERA OPORTUNIDAD: Tendrá calificación de NO PRESENTADO cualquier estudiante que no realice la prueba mixta. SEGUNDA OPORTUNIDAD: Podrán presentarse a la segunda oportunidad ÚNICAMENTE aquellos estudiantes que no superen la materia en la primera oportunidad. La recuperación de cada una de las partes se hará de la siguiente forma: Prácticas (50%): los estudiantes podrán repetir las prácticas propuestas durante el curso en las mismas condiciones que en la primera oportunidad (las prácticas entregadas de forma tardía obtendrán un máximo de 80%). Así, en caso de repetir todas las prácticas, la nota máxima que se puede obtener es de 4 puntos. Trabajos tutelados (20% de la nota final): realización en las mismas condiciones que en la primera oportunidad. Prueba mixta (30% de la nota final): realización en las mismas condiciones que en la primera oportunidad. En caso de no realizar la recuperación de alguna de las partes, se conservará la nota obtenida en la primera oportunidad en esa parte. Para aprobar la asignatura es obligatorio obtener una nota mínima de 1,5 sobre 3 en la prueba mixta. Tendrá calificación de NO PRESENTADO cualquier estudiante que no opte a la recuperación de ninguna de las partes. OPORTUNIDAD ADELANTADA: La evaluación en la oportunidad adelantada es equivalente a la evaluación de la primera oportunidad (50% entrega de las prácticas, 20% trabajo tutelado, que deberá realizarse de forma individual, 30% prueba escrita). DISPENSA ACADÉMICA: Aquellos estudiantes con matrícula a tiempo parcial y dispensa académica que les exima de la asistencia a las clases deberán contactar con los docentes durante las dos primeras semanas de clase para establecer las condiciones de entrega y defensa de las prácticas y de los trabajos tutelados.

Básica	Dan Gusfield (1997). Algorithms on Strings, Trees and Sequences. Cambridge University Press Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner (2004). An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press Veli Mäkinen, Djamal Belazzougui, Fabio Cunial, Alexandru I. Tomescu (2015). Genome-Scale Algorithm Design. Cambridge University Press

Complementária	Enno Ohlebusch (2013). Bioinformatics Algorithms: Sequence Analysis, Genome Rearrangements, and Phylogenetic Reconstruction. Oldenbusch Verlag A. Moffat y A. Turpin (2002). Compression and Coding Algorithms. Kluwer Academic Publishers G. Navarro y M Raffinot (2002). Flexible Pattern Matching in Strings. Cambridge University Press T. C. Bell, J. G. Clearly y I. H. Witten (1990). Text Compression. Prentice Hall

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