Grao en Ciencia e Enxeñaría de Datos |
Asignaturas |
Gestión de Datos Ómicos y Modelización |
Contenidos |
Datos Identificativos | 2022/23 | |||||||||||||
Asignatura | Gestión de Datos Ómicos y Modelización | Código | 614G02042 | |||||||||||
Titulación |
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Descriptores | Ciclo | Periodo | Curso | Tipo | Créditos | |||||||||
Grado | 2º cuatrimestre |
Cuarto | Optativa | 6 | ||||||||||
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Tema | Subtema |
1. Introducción a los datos ómicos | 1.1. El ADN 1.2. El dogma central de la biología molecular 1.3. Las ómicas |
2. Trabajo con secuencias moleculares | 2.1. El formato FASTA 2.2. Bases de datos abiertas 2.3. Herramientas para el análisis de secuencias moleculares: BLAST, Clustal, Galaxy... |
3. Tecnologías de secuenciación masiva (NGS) | 3.1. El origen con la secuenciación Sanger 3.2. Nuevas tecnologías NGS 3.3. Illumina, PacBio, MinION, Solexa... 3.4. Diferencias entre plataforma de secuencia corta y larga, aplicaciones más frecuentes |
4. Análisis de calidad y filtrado de secuencias | 4.1. Formato FASTAQ 4.2. Control y evaluación de calidad de las secuencias 4.3. Filtrado de las secuencias |
5. Ensamblaje de genomas y metagenomas | 5.1. Ensamblaje de novo 5.2. Ensamblaje contra genoma de referencia 5.3. Herramientas software de ensamblaje 5.4. Anotación de las secuencias |
6. Análisis de expresión génica mediante RNA-Seq | 6.1. Preprocesado 6.2. Análisis de expresión diferencial con R/Bioconductor: edgeR, DESeq2, ... 6.3. Aplicación de machine learning a datos transcriptómicos: Caret, mlr3, ... 6.4. The Cancer Genome Atlas (TCGA) |
7. Análisis del metagenoma | 7.1. Secuenciación del genoma completo (shotgun) 7.2. Secuenciación del genoma bateriano 16S rRNA 7.3. Anotación basada en asignación de OTUs 7.4. Análisis de diferencias en equilibrio microbiano 7.5. American Gut Project (AGP), Human Microbiome Project (HMP) |
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