| Grao en Ciencia e Enxeñaría de Datos |
 Asignaturas |
| Gestión de Datos Ómicos y Modelización |
| Contenidos |
| Datos Identificativos | 2023/24 | |||||||||||||
| Asignatura | Gestión de Datos Ómicos y Modelización | Código | 614G02042 | |||||||||||
| Titulación |
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| Descriptores | Ciclo | Periodo | Curso | Tipo | Créditos | |||||||||
| Grado | 2º cuatrimestre |
Cuarto | Optativa | 6 | ||||||||||
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| Tema | Subtema |
| 1. Introducción a los datos ómicos | 1.1. El ADN 1.2. El dogma central de la biología molecular 1.3. Las ómicas |
| 2. Trabajo con secuencias moleculares | 2.1. El formato FASTA 2.2. Bases de datos abiertas 2.3. Herramientas para el análisis de secuencias moleculares: BLAST, Clustal, Galaxy... |
| 3. Tecnologías de secuenciación masiva (NGS) | 3.1. El origen con la secuenciación Sanger 3.2. Nuevas tecnologías NGS 3.3. Illumina, PacBio, MinION, Solexa... 3.4. Diferencias entre plataforma de secuencia corta y larga, aplicaciones más frecuentes |
| 4. Análisis de calidad y filtrado de secuencias | 4.1. Formato FASTAQ 4.2. Control y evaluación de calidad de las secuencias 4.3. Filtrado de las secuencias |
| 5. Ensamblaje de genomas y metagenomas | 5.1. Ensamblaje de genomas 5.2. Ensamblajede novo 5.3. Ensamblaje contra genoma de referencia 5.4. Herramientas software de ensamblaje 5.5. Mapeado contra genoma 5.6. Anotación de las secuencias 5.7. Ejemplos de uso |
| 6. Análisis de expresión génica mediante RNA-Seq | 6.1. Preprocesado 6.2. Análisis de expresión diferencial con R/Bioconductor: DESeq2, ... 6.3. The Cancer Genome Atlas (TCGA) |
| 7. Análisis del metagenoma | 7.1. Secuenciación del genoma completo (shotgun) 7.2. Secuenciación del genoma bateriano 16S rRNA 7.2.1. Anotación basada en asignación de OTUs y ASVs 7.2.2. Análisis de diferencias en equilibrio microbiano 7.3. American Gut Project (AGP), Human Microbiome Project (HMP) |
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