Teaching GuideTerm Faculty of Computer Science |
Grao en Ciencia e Enxeñaría de Datos |
Subjects |
Omics Data Management and Modeling |
Contents |
Identifying Data | 2024/25 | |||||||||||||
Subject | Omics Data Management and Modeling | Code | 614G02042 | |||||||||||
Study programme |
|
|||||||||||||
Descriptors | Cycle | Period | Year | Type | Credits | |||||||||
Graduate | 2nd four-month period |
Fourth | Optional | 6 | ||||||||||
|
Topic | Sub-topic |
1. Introdución aos datos ómicos | 1.1. O ADN 1.2. O dogma central da bioloxía molecular 1.3. As ómicas |
2. Traballo con secuencias moleculares | 2.1. O formato FASTA 2.2. Bases de datos abertas 2.3. Ferramentas para a análise de secuencias moleculares: BLAST, Clustal, Galaxy... |
3. Tecnoloxías de secuenciación masiva (NGS) | 3.1. A orixe coa secuenciación Sanger 3.2. Novas tecnoloxías NGS 3.3. Illumina, PacBio, MinION, Solexa 3.4. Diferenzas entre plataforma de secuenciación curta e longa, aplicacións máis frecuentes |
4. Análise da calidade e filtrado de secuencias | 4.1. Formato FASTAQ 4.2. Control e avaliación de calidade das secuencias 4.3. Filtrado das secuencias |
5. Ensamblaxe de xenomas e metaxenomas | 5.1. Ensamblaxe de xenomas 5.2. Ensamblaxe de novo 5.3. Ensamblaxe contra xenoma de referencia 5.4. Ferramentas software de ensamblaxe 5.5. Mapeado contra xenoma 5.6. Anotación de secuencias 5.7. Exemplos de uso |
6. Análise de expresión xénica mediante RNA-Seq | 6.1. Preprocesado 6.2. Análise de expresión diferencial con R/Bioconductor: DESeq2 6.3. The Cancer Genome Atlas (TCGA) |
7. Análise do metaxenoma | 7.1. Secuenciación do xenoma completo (Shotgun) 7.2. Secuenciación do xenoma bacteriano 16S rRNA 7.2.1. Anotación baseada en asignación de OTUs e ASVs 7.2.2. Análise de diferenzas en equilibrio microbiano 7.3. American Gut Project (AGP), Human Microbiome Project (HMP) |
|