|
Guía DocenteCurso Facultade de Informática |
| Grao en Ciencia e Enxeñaría de Datos |
 Asignaturas |
| Xestión de Datos Ómicos e Modelización |
| Contidos |
| Datos Identificativos | 2022/23 | |||||||||||||
| Asignatura | Xestión de Datos Ómicos e Modelización | Código | 614G02042 | |||||||||||
| Titulación |
|
|||||||||||||
| Descriptores | Ciclo | Período | Curso | Tipo | Créditos | |||||||||
| Grao | 2º cuadrimestre |
Cuarto | Optativa | 6 | ||||||||||
|
||||||||||||||
| Temas | Subtemas |
| 1. Introdución aos datos ómicos | 1.1. O ADN 1.2. O dogma central da bioloxía molecular 1.3. As ómicas |
| 2. Traballo con secuencias moleculares | 2.1. O formato FASTA 2.2. Bases de datos abertas 2.3. Ferramentas para a análise de secuencias moleculares: BLAST, Clustal, Galaxy... |
| 3. Tecnoloxías de secuenciación masiva (NGS) | 3.1. A orixe coa secuenciación Sanger 3.2. Novas tecnoloxías NGS 3.3. Illumina, PacBio, MinION, Solexa 3.4. Diferenzas entre plataforma de secuenciación curta e longa, aplicacións máis frecuentes |
| 4. Análise da calidade e filtrado de secuencias | 4.1. Formato FASTAQ 4.2. Control e avaliación de calidade das secuencias 4.3. Filtrado das secuencias |
| 5. Ensamblaxe de xenomas e metaxenomas | 5.1. Ensamblaxe de novo 5.2. Ensamblaxe contra xenoma de referencia 5.3. Ferramentas software de ensamblaxe 5.4. Anotación de secuencias |
| 6. Análise de expresión xénica mediante RNA-Seq | 6.1. Preprocesado 6.2. Análise de expresión diferencial con R/Bioconductor: edgeR, DESeq2,... 6.3. Aplicación de machine learning a datos transcriptómicos: caret, mlr3, ... 6.4. The Cancer Genome Atlas (TCGA) |
| 7. Análise do metaxenoma | 7.1. Secuenciación do xenoma completo (Shotgun) 7.2. Secuenciación do xenoma bacteriano 16S rRNA 7.3. Anotación baseada en asignación de OTUs 7.4. Análise de diferenzas en equilibrio microbiano 7.5. American Gut Project (AGP), Human Microbiome Project (HMP) |
|
